專利名稱：：小細(xì)胞肺癌的診斷方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明涉及對(duì)小細(xì)胞肺癌進(jìn)行檢測(cè)、診斷和提供預(yù)后的方法，還涉及治療和預(yù)防小細(xì)胞肺癌的方法。
背景技術(shù)：
：肺癌是人類最常見的致命性腫瘤之一?，F(xiàn)已報(bào)道了許多與肺癌發(fā)生和發(fā)展有關(guān)的遺傳變化，但其確切的分子機(jī)制尚不明確(Sozzi,(2001)EurJCancer.;37Suppl7:S63-73)。小細(xì)胞肺癌(SCLC)在所有肺癌中占15~20%(ChuteJPetal.,(1999)JClinOncol.;17:1794-801,SimonGRetal.,(2003)Chest;123(1Suppl"59S-271S)。雖然許多患者對(duì)多藥物化學(xué)治療反應(yīng)良好，^旦馬上又會(huì)復(fù)發(fā)。廣泛期(extensive-disease,ED)患者中只有不到5%在最初診斷后存活5年以上，而局限期(limited-stagedisease,LD)患者僅有20%通過聯(lián)合用藥療法(combinedmodalitytherapy)得以治愈(ChuteJPetal"(1999)JClinOncol.;17:1794-801,AlbainKSetal,,(1991)JClinOncol.;9:1618-26，SandlerABetal"(2003)SeminOncol.;30:9-25)。SCLC^皮歸類為一種特殊類型的肺腫瘤，其包括共有一定形態(tài)學(xué)、超微結(jié)構(gòu)、免疫組織化學(xué)及分子特征的肺神經(jīng)內(nèi)分泌肺瘤。特定的副胂瘤綜合征，例如抗利尿激素的不當(dāng)分泌、異位庫興氏綜合征(Cushing，ssyndrome)和伊頓-蘭伯特綜合征(Eaton-Lambertsyndrome)與SCLC具有特殊的關(guān)聯(lián)性，但至今尚不十分了解神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤的詳細(xì)分子特征。然而，SCLC對(duì)化學(xué)療法的初期應(yīng)答率較高，提示開發(fā)有效的新化學(xué)治療方案及靶標(biāo)化方案的可能性(SattlerM&SalgiaR,(2003)SeminOncol.;30:57-71,WolffNC,etal.,(2004)ClinCancerRes.10:3528-34)。使用cDNA微陣列的基因表達(dá)模式分析，使得進(jìn)行癌細(xì)胞中基因表達(dá)的綜合分析成為可能，并可以明確與之相關(guān)的詳細(xì)的表型信息和生物學(xué)信息(GolubTRetal.,(1999)Science.;286:531-7，PomeroySLetal.,(2002)Nature.;415:436-42，van'tVeerLJetal.，(2002)Nature.;415:530-6)。對(duì)于數(shù)千個(gè)基因間的表達(dá)水平的系統(tǒng)分析還是鑒定與肺癌發(fā)生途徑相關(guān)的未知分子的有用手段(KikuchiTetal.,(2003)Oncogene.;22:2192-205，KakiuchiSetal.，(2004)HumMolGenet,;13:3029-43&(2003)MolCancerRes.;1:485-99,ZembutsuH,etal.,(2003)IntJOncol.;23:29-39)，這些發(fā)現(xiàn)可以顯示新抗癌劑和/或診斷標(biāo)記開發(fā)的靶標(biāo)(SuzukiCetal.，(2003)CancerRes.;63:7038-41,IshikawaNetal.，(2004)ClinCancerRes.;10:8363-70)。發(fā)明概述本發(fā)明人利用通過〗敫光孩吏束顯孩支解剖(lasermicrobeammicrodissection,LMM)純化的15例SCLC在包含32256種基因的cDNA微陣列上的綜合基因表達(dá)模式，鑒定了開發(fā)肺癌治療藥物或免疫療法的多個(gè)合適候選基因。本發(fā)明人還發(fā)現(xiàn)特定基因在肺癌的兩種最常見組織類型即非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)和SCLC之間差異性表達(dá)。這些結(jié)果可以應(yīng)用于"個(gè)人化治療"。為了鑒定與肺的癌發(fā)生相關(guān)的、且可以用作新診斷標(biāo)記的、并且可以用作新藥物和免疫治療的靶標(biāo)的分子，本發(fā)明人構(gòu)建了使用cDNA微陣列的篩選系統(tǒng)。首先，本發(fā)明人使用了展示32256種基因的cDNA微陣列，來分析通過激光微束顯微解剖純化的15例小細(xì)胞肺癌(SCLC)的表達(dá)模式。本發(fā)明人建立了關(guān)于在SCLC中顯著上調(diào)或下調(diào)的基因群的詳細(xì)的全基因組數(shù)據(jù)庫。與對(duì)照相比，有776種轉(zhuǎn)錄物在超過50%的SCLC中至少0.2倍低表達(dá)，另外，有779種基因在超過50%的SCLC中顯示5倍高表達(dá)。本發(fā)明人采用半定量RT-PCR和/或northern印跡分析確認(rèn)了83種基因在肺瘤組織和正常組織中的表達(dá)圖式，確認(rèn)了這些基因是用于新藥物和免疫治療開發(fā)以及作為腫瘤標(biāo)志的合適候選。在這些基因中，本發(fā)明人等進(jìn)一步表征了Zic家族成員5(odd-paired同源物，果蠅(Drosophila);)。用的小干擾RNA(siRNA)處理SCLC細(xì)胞的治療抑制了癌細(xì)胞的生長。進(jìn)而，對(duì)通過隨機(jī)置換檢驗(yàn)(random-permutationtest)鑒定的475種基因的表達(dá)數(shù)據(jù)應(yīng)用聚類算法(clusteringalgorithm)，容易地區(qū)分了肺癌的兩種主要組織類型，即非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)和SCLC。特別是，本發(fā)明人獲得了在SCLC中大量表達(dá)的34種基因，其中的數(shù)種基因顯示出包括神經(jīng)發(fā)生和神經(jīng)保護(hù)在內(nèi)的神經(jīng)元功能特征。本發(fā)明人還鑒定了68種基因，這些基因在由接受廣泛化學(xué)治療的患者采集的晚期SCLC和晚期腺癌(ADC)中均大量表達(dá)。其中的一些是公知的轉(zhuǎn)錄因子和/或基因表達(dá)調(diào)控因子，例如7MF5丄、7FC尸2L4、尸7/F20、丄7W04、rCF20、iF^Y2和Z)XFZp547/^^;還有一些編碼核苷酸結(jié)合蛋白，例如C9o;y76、和G/M4P4。因而，這些數(shù)據(jù)提供了鑒定此類癌癥的新診斷系統(tǒng)和治療靶分子的有用信息。本發(fā)明部分基于與小細(xì)胞肺癌(SCLC)相關(guān)的基因表達(dá)圖式的發(fā)現(xiàn)。在本文中，小細(xì)胞肺癌中差異性表達(dá)的基因統(tǒng)稱為"SCLC核酸"或"SCLC多核苷酸"，對(duì)應(yīng)的由其編碼的多肽稱為"SCLC多肽"或"SCLC蛋白"。因而，本發(fā)明提供通過檢測(cè)來源于患者的生物樣品，如組織樣品中SCLC相關(guān)基因的表達(dá)水平，來對(duì)受試者中的小細(xì)胞肺癌進(jìn)行診斷或預(yù)后預(yù)測(cè)，或確定其發(fā)病傾向性(predisposition)的方法。術(shù)語"SCLC相關(guān)基因"或"小細(xì)胞肺癌相關(guān)基因"是指其特征在于表達(dá)水平在SCLC細(xì)胞中相比于正常細(xì)胞中的表達(dá)水平有差別的基因。正常細(xì)胞是從肺組織獲得的細(xì)胞。在本發(fā)明的上下文中，SCLC相關(guān)基因是表2-3中列出的基因(即SCLCNos.1-1555所示基因)，或者與表2-3中列出的基因具有至少90%,95%,96%，97%98%或99%的序列同一性、且具有相同功能的基因(例如同源物、遺傳變體及多態(tài)性)。兩個(gè)以上的核酸序列的序列同一性可以使用本
技術(shù)領(lǐng)域：
公知的算法來確定(例如BLAST,見下文)。與該基因的正常對(duì)照水平相比，基因表達(dá)水平的改變或差別，例如增加或減少，表示該受試者患有SCLC或存在發(fā)生SCLC的危險(xiǎn)。在本發(fā)明的上下文中，短語"對(duì)照水平"是指在對(duì)照樣品中檢出的蛋白表達(dá)水平，其包括正常對(duì)照水平和小細(xì)胞肺癌對(duì)照水平。對(duì)照水平可以是來自單個(gè)參照群體的單個(gè)表達(dá)圖式，也可以是來自多個(gè)參照群體的單個(gè)表達(dá)圖式。例如，對(duì)照水平可以是得自以前檢測(cè)的細(xì)胞的表達(dá)圖式數(shù)據(jù)庫。"正常對(duì)照水平，，是指在已知未患小細(xì)胞肺癌的正常健康個(gè)體或個(gè)體群中檢出的基因表達(dá)水平。正常個(gè)體是沒有小細(xì)胞肺癌臨床癥狀的個(gè)體。另一方面，"SCLC對(duì)照水平，，是指在患有SCLC的人群中發(fā)現(xiàn)的SCLC相關(guān)基因的表達(dá)模式。與正常對(duì)照水平相比，在受試樣品中檢出的表3中列出的一種或多種SCLC相關(guān)基因(即SCLCNos.777-1555所示基因)的表達(dá)水平增力口，表明(由其獲得樣品的)受試者患有小細(xì)胞肺癌或存在發(fā)生小細(xì)胞肺癌的危險(xiǎn)。相反，與正常對(duì)照水平相比，在受試樣品中檢出的一個(gè)或多個(gè)表2中列出的SCLC相關(guān)基因(即SCLCNos.1-776所示基因)的表達(dá)水平減少，表明該受試者患有SCLC或存在發(fā)生SCLC的危險(xiǎn)。或者，可以將樣品中一系列SCLC相關(guān)基因的表達(dá)與該系列基因的SCLC對(duì)照水平相比較。樣品表達(dá)與SCLC對(duì)照表達(dá)之間的相似性表明(由其獲得樣品的)受試者患有SCLC或存在發(fā)生SCLC的危險(xiǎn)。根據(jù)本發(fā)明，當(dāng)基因的表達(dá)與對(duì)照水平相比增加或減少10°/。、25%、50%時(shí)，視為基因表達(dá)水平"發(fā)生改變"或"有差別"?；蛘撸?dāng)基因的表達(dá)與對(duì)照水平相比增加或減少至少0.1倍、至少0.2倍、至少1倍、至少2倍、至少5倍、或至少IO倍或以上時(shí)，可認(rèn)為基因表達(dá)水平"增加"或"減少"?；虮磉_(dá)通過檢測(cè)SCLC相關(guān)基因探針與來自患者的組織樣品的基因轉(zhuǎn)錄物之間的雜交(例如在陣列上雜交)來確定。在本發(fā)明的上下文中，來自患者的組織樣品可以是得自測(cè)試受試者，例如已知或懷疑患有SCLC的患者的任何組織。例如，組織可以包含上皮細(xì)胞。更具體地，組織可以是來自肺癌的上皮細(xì)胞。本發(fā)明還提供SCLC參照表達(dá)模式，其中包含兩個(gè)以上的表2-3中所列SCLC相關(guān)基因的基因表達(dá)水平?；蛘撸琒CLC參照表達(dá)模式可以包含兩個(gè)以上的表2中所列SCLC相關(guān)基因或表3中所列SCLC相關(guān)基因的表達(dá)水平。本發(fā)明還提供通過使表達(dá)一種或多種SCLC相關(guān)基因的受試細(xì)胞與受試化合物接觸，并確定SCLC相關(guān)基因的表達(dá)水平或活性或其基因產(chǎn)物的活性，來鑒定抑制或增強(qiáng)一種或多種SCLC相關(guān)基因，例如表2-3中所列一種或多種SCLC相關(guān)基因之表達(dá)或活性的物質(zhì)的方法。受試細(xì)胞可以是上皮細(xì)胞，例如得自肺癌的上皮細(xì)胞。與不存在受試化合物時(shí)檢出的水平或活性相比，上調(diào)SCLC相關(guān)基因的表達(dá)水平或其基因產(chǎn)物的活性減少，則表明該受試物質(zhì)是SCLC相關(guān)基因的抑制劑，可用于減輕SCLC的癥狀，例如一種或多種表3中所列SCLC相關(guān)基因的表達(dá)。或者，與不存在受試化合物時(shí)檢出的水平或活性相比，下調(diào)SCLC相關(guān)基因的表達(dá)水平或其基因產(chǎn)物的活性增加，則表明該受試物質(zhì)是SCLC相關(guān)基因表達(dá)或功能的增強(qiáng)劑，可用于減輕SCLC的癥狀，例如一種或多種表2中所列SCLC相關(guān)基因的過低表達(dá)。本發(fā)明還提供試劑盒，其含有與一種或多種SCLC核酸或SCLC多肽結(jié)合的檢測(cè)試劑。本發(fā)明還提供與一種或多種SCLC核酸結(jié)合的核酸陣列。本發(fā)明的治療方法包括治療或預(yù)防受試者中SCLC的方法，所述方法包括給受試者施用反義組合物(即包含一種或多種反義寡核苷酸的組合物)的步驟。在本發(fā)明的上下文中，反義組合物降低特定耙基因的表達(dá)。例如，反義組合物可以含有與一種或多種SCLC相關(guān)基因序列互補(bǔ)的一個(gè)或多個(gè)核苦酸，所述SCLC相關(guān)基因序列選自表3中所列的SCLC相關(guān)基因?；蛘?，本發(fā)明的方法可以包括給受試者施用小干擾RNA(siRNA)組合物(即包含一種或多種siRNA寡核苷酸的組合物)的步驟。在本發(fā)明的上下文中，siRNA組合物降低選自表3中所列SCLC相關(guān)基因的一種或多種SCLC核酸的表達(dá)，例如降低ZIC5的表達(dá)。在另一種方法中，通過給受試者施用核酶組合物(即包含一種或多種核酶的組合物)來治療或預(yù)防受試者中的SCLC。在本發(fā)明上下文中，核酸特異性核酶組合物降低選自表3中所列SCLC相關(guān)基因的一種或多種SCLC核酸的表達(dá)。因此，在本發(fā)明的一些實(shí)施方案中，一種或多種表3中所列SCLC相關(guān)基因是小細(xì)胞肺癌的治療靶標(biāo)。其它治療方法包括給受試者施用化合物，所述化合物提高一種或多種表2中所列SCLC相關(guān)基因的表達(dá)，或者提高由一種或多種表2中所列SCLC相關(guān)基因編碼之多肽的活性。本發(fā)明還包括疫苗和接種(vaccination)方法。例如，治療或預(yù)防受試者中SCLC的方法可包括給受試者施用疫苗組合物，所述疫苗組合物含有由選自表3中所列SCLC相關(guān)基因的一種或多種核酸所編碼的多肽或所述多肽的免疫活性片段。在本發(fā)明的上下文中，免疫活性片段是長度短于全長天然蛋白、但其誘導(dǎo)的免疫應(yīng)答與全長蛋白所誘導(dǎo)的免疫應(yīng)答相類似的多肽。例如，免疫活性片段的長度應(yīng)為至少8個(gè)殘基，并能夠刺激免疫細(xì)胞，如T細(xì)胞或B細(xì)胞。免疫細(xì)胞刺激可通過檢測(cè)細(xì)胞增殖、細(xì)胞因子(如IL-2)生成(elaboration)或抗體產(chǎn)生來測(cè)定。參見例如HarlowandLane，C/s/"gjZ^60rato77Mawwa/，1998,ColdSpringHarborLaboratoryPress;andColigan,da/"Cw^rew/iVotoco/s/w麵wo/ogy，1991-2006,JohnWiley&Sons。本發(fā)明還部分基于下述令人驚奇的發(fā)現(xiàn)ZIC5的表達(dá)抑制可有效抑制包括SCLC相關(guān)癌細(xì)胞在內(nèi)的多種癌細(xì)胞的細(xì)胞生長。本申請(qǐng)中記載的發(fā)明部分基于該發(fā)現(xiàn)。本發(fā)明提供抑制細(xì)胞生長的方法。在這些方法中，有些方法包括使下述組合物與細(xì)胞接觸的步驟，所述組合物包含抑制ZIC5表達(dá)的一種或多種小干擾RNA寡核苷酸(siRNA)。本發(fā)明還提供抑制受試者中肺瘤細(xì)胞的生長的方法。這些方法包括對(duì)受試者施用含一種或多種小干擾RNA(siRNA)的組合物的步驟，所述小干擾RNA與來自ZIC5的序列特異性雜交。本發(fā)明的另一個(gè)方面提供抑制生物樣品細(xì)胞中ZIC5基因表達(dá)的方法。通過將足以抑制ZIC5基因表達(dá)的量的一種或多種雙鏈核糖核酸(RNA)分子導(dǎo)入細(xì)胞，可以抑制該基因的表達(dá)。本發(fā)明的另一個(gè)方面涉及包含核酸序列和載體的產(chǎn)品以及包含它們的組合物，它們對(duì)于例如本發(fā)明提供的方法是有用的。在這些產(chǎn)品中，提供具有被導(dǎo)入表達(dá)ZIC5基因的細(xì)胞時(shí)抑制該基因表達(dá)的性質(zhì)的siRNA分子。在這些分子中還有這樣的分子，它們包含有義鏈和反義鏈，所述有義鏈包含對(duì)應(yīng)于ZIC5靶序列的核糖核苷酸序列，其中所述反義鏈包含與所述有義鏈互補(bǔ)的核糖核苷酸序列。該分子的有義鏈和反義鏈相互雜交，形成雙鏈分子。本發(fā)明的特征是抑制細(xì)胞生長的方法。通過使ZIC5的小千擾RNA(siRNA)組合物與細(xì)胞接觸，抑制細(xì)胞生長。還可以使細(xì)胞與轉(zhuǎn)染增強(qiáng)劑接觸。細(xì)胞可以以體內(nèi)、體外或離體形式提供。受試者可以是哺乳動(dòng)物，包括人、非人靈長類動(dòng)物、小鼠、大鼠、犬、貓、馬或牛。細(xì)胞是肺上皮細(xì)胞。或者，細(xì)胞是腫瘤細(xì)胞(即癌細(xì)胞(cancercell))，例如癌(carcinoma)細(xì)胞或腺癌細(xì)胞。例如，細(xì)胞是小細(xì)胞肺癌細(xì)胞。"抑制細(xì)胞生長"指與未處理細(xì)胞相比，受處理的細(xì)胞的增殖速度下降或生存力下降。采用本領(lǐng)域公知的增殖測(cè)定法來確定細(xì)胞生長。本發(fā)明還部分基于與抗化療性肺癌相關(guān)的基因表達(dá)圖式的發(fā)現(xiàn)。術(shù)語"化學(xué)治療"或"化療"(chemotherapy)通常指使用特殊化學(xué)藥物對(duì)疾病進(jìn)行治療。在本發(fā)明中，化學(xué)治療的對(duì)象可為癌細(xì)胞或癌組織，優(yōu)選為肺癌細(xì)胞或肺癌組織。在本文中，"化療劑"指通常用于治療癌癥特別是肺癌的藥物。用于治療癌癥的化療劑包括例如順鉑(cisplatin)、卡鉑(carboplatin)、依4乇泊普(etoposide)、長春#斤石威(vincristine)、J不石粦酰胺(cyclophosphamide)、多柔比星(doxorubicin)、異環(huán)磷酰胺(ifosfamide)、紫杉醇(paclitaxel)、吉西他濱(gemcitabine)和多西紫杉醇(docetaxel)。更具體地，本發(fā)明的化療劑包含包括順鉑和卡鉑在內(nèi)的鉑類抗癌劑。術(shù)語"抗化療性"(chemotherapy-resistant)指癌細(xì)胞或癌組織不受典型的選擇性破壞惡性細(xì)胞或惡性組織的化療劑的影響。在本文中，抗化療性肺癌中差異性表達(dá)的基因統(tǒng)稱為"抗化療性肺癌核酸"或"抗化療性肺癌多核苷酸"，對(duì)應(yīng)的由其編碼的多肽稱為"抗化療性肺癌多肽"或"抗化療性肺癌蛋白"。因而，本發(fā)明提供通過檢測(cè)來自患者的生物樣品中抗化療性肺癌相關(guān)基因的表達(dá)水平，來診斷受試者中的抗化療性肺癌或確定其發(fā)病傾向性的方法。術(shù)語"抗化療性肺癌相關(guān)基因"是指其特征在于表達(dá)水平在抗化療性肺癌細(xì)胞和化療敏感性肺癌細(xì)胞之間有差別的基因。在本發(fā)明的上下文中，抗化療性肺癌相關(guān)基因是表5中所列基因?；蛘撸诒景l(fā)明中，抗化療性SCLC相關(guān)基因是表6中所列基因。與該基因的對(duì)照水平相比，樣品中的表達(dá)水平增加，表示該受試者患有抗化療性肺癌或SCLC，或者存在發(fā)生抗化療性肺癌或SCLC的危險(xiǎn)。在本發(fā)明的上下文中，術(shù)語"對(duì)照水平"是指在患有化療敏感性肺癌或SCLC的個(gè)體或群體中檢出的基因表達(dá)水平。與對(duì)照水平相比，在受試樣品中檢出的一種或多種表5中所列化學(xué)治療性肺癌相關(guān)基因的表達(dá)水平增力口，表明(由其獲得樣品的)受試者患有抗化療性肺癌或存在發(fā)生抗化療性肺癌的危險(xiǎn)。類似地，與對(duì)照水平相比，在受試樣品中檢出的一種或多種表6中所列抗化療性SCLC相關(guān)基因的表達(dá)水平增加，表明該受試者患有抗化療性SCLC或存在發(fā)生抗化療性SCLC的危險(xiǎn)。根據(jù)本發(fā)明，當(dāng)抗化療性肺癌(或SCLC)相關(guān)基因的表達(dá)水平與正常對(duì)照水平相比增加至少約10%、25%、50%時(shí)，^見為基因表達(dá)水平"增加"。通過檢測(cè)(例如在陣列上檢測(cè))抗化療性肺癌(或SCLC)相關(guān)基因探針與來自患者的組織樣品的基因轉(zhuǎn)錄物之間的雜交，來確定表達(dá)。在本發(fā)明的上下文中，來自患者的組織樣品是得自受試者，例如已知或懷疑患有抗化療性肺癌或SCLC的患者的任何組織。本發(fā)明還提供抗化療性肺癌(或SCLC)參照表達(dá)模式，其中包含兩種以上的表5-6中所列抗化療性肺癌相關(guān)基因的基因表達(dá)水平?；蛘?，當(dāng)抗化療性肺癌為小細(xì)胞肺癌時(shí)，抗化療性肺癌參照表達(dá)模式包含兩種以上的表6中所列抗化療性肺癌相關(guān)基因的表達(dá)水平。本發(fā)明還提供通過使表達(dá)抗化療性肺癌(或SCLC)相關(guān)基因的受試細(xì)胞與受試化合物接觸，并測(cè)定該基因的表達(dá)水平或活性或其基因產(chǎn)物的活性，來鑒定抑制或增強(qiáng)抗化療性肺癌(或SCLC)相關(guān)基因，例如表5-6中所列的抗化療性肺癌(或SCLC)相關(guān)基因之表達(dá)或活性的作用物質(zhì)的方法。受試細(xì)胞可以是得自抗化療性肺癌(或SCLC)的細(xì)胞。與不存在受試物質(zhì)時(shí)檢出的表達(dá)水平或活性相比，上調(diào)抗化療性肺癌(或SCLC)相關(guān)基因的表達(dá)水平或其基因產(chǎn)物的活性下降，表明該受試物質(zhì)是抗化療性肺癌(或SCLC)相關(guān)基因的抑制劑，可用于減輕抗化療性肺癌(或SCLC)的癥狀，例如一種或多種表5一6中所列抗化療性肺癌(或SCLC)相關(guān)基因的表達(dá)。本發(fā)明還提供試劑盒，其含有與一種或多種抗化療性肺癌(或SCLC)核酸或抗化療性肺癌(或SCLC)多肽結(jié)合的檢測(cè)試劑。本發(fā)明還提供與一種或多種抗化療性肺癌(或SCLC)核酸結(jié)合的核酸的陣列。本發(fā)明的治療方法包括治療或預(yù)防受試者中抗化療性肺癌(或SCLC)的方法，該方法包括給受試者施用包含一種或多種反義寡核苷酸的反義組合物的步驟。在本發(fā)明的上下文中，反義組合物降低特異性靶基因的表達(dá)。例如，反義組合物可以含有一個(gè)或多個(gè)與抗化療性肺癌(或SCLC)相關(guān)基因序列互補(bǔ)的核苷酸，所述抗化療性肺癌(或SCLC)相關(guān)基因序列選自表5-6中所列抗化療性肺癌(或SCLC)相關(guān)基因。或者，本發(fā)明的方法可以包括給受試者施用包含一種或多種siRNA寡核香酸的小干擾RNA(siRNA)組合物的步驟。在本發(fā)明的上下文中，siRNA組合物降低選自表5-6中所列抗化療性肺癌(或SCLC)相關(guān)基因的一種或多種抗化療性肺癌(或SCLC)核酸的表達(dá)。在另一種方法中，受試者中抗化療性肺癌(或SCLC)的治療或預(yù)防可以通過給受試者施用包含一種或多種核酶的核酶組合物來實(shí)施。在本發(fā)明上下文中，核酸特異性核酶組合物可降低選自表5-6中所列抗化療性肺癌(或SCLC)相關(guān)基因的一種或多種抗化療性肺癌(或SCLC)核酸的表達(dá)。因此，在本發(fā)明中，表5-6中所列的抗化療性肺癌(或SCLC)相關(guān)基因是抗化療性肺癌的優(yōu)選治療靶標(biāo)。本發(fā)明還包括疫苗和接種方法。例如，治療或預(yù)防受試者中抗化療性肺癌(或SCLC)的方法可包括給受試者施用疫苗，所述疫苗含有由選自表5-6中所列抗化療性肺癌(或SCLC)相關(guān)基因的一種或多種核酸編碼的一種或多種多肽或所述多肽的免疫活性片段。在本發(fā)明的上下文中，免疫活性片段是長度短于全長天然蛋白、但其誘導(dǎo)的免疫應(yīng)答與全長蛋白所誘導(dǎo)的免疫應(yīng)答相類似的多肽。例如，免疫活性片段的長度應(yīng)為至少8個(gè)殘基，并能夠刺激免疫細(xì)胞，如T細(xì)胞或B細(xì)胞。可通過^r測(cè)細(xì)胞增殖、細(xì)胞因子(如IL-2)生成或抗體產(chǎn)生來測(cè)定免疫細(xì)胞刺激。除非另有定義，本文所用的所有技術(shù)和科學(xué)術(shù)語都與本發(fā)明所屬
技術(shù)領(lǐng)域：
中的普通技術(shù)人員所常規(guī)理解的意思相同。盡管在實(shí)施或檢驗(yàn)本發(fā)明時(shí)可使用與本文所述類似或等同的方法和材料，本文下文仍然描述了適當(dāng)?shù)姆椒ê筒牧?。本文引證并入本文提及的所有出版物、專利申請(qǐng)、專利和其它參考文獻(xiàn)的全部內(nèi)容。如有矛盾，以包括定義的本文為準(zhǔn)。另外，本文描述的材料、方法和實(shí)施例僅是為了說明而非限制本發(fā)明。本文記載的方法的一個(gè)優(yōu)勢(shì)是可以在檢測(cè)到小細(xì)胞肺癌的明顯臨床癥狀之前對(duì)疾病進(jìn)行鑒定。通過以下的詳細(xì)說明和權(quán)利要求書，本發(fā)明的其它特點(diǎn)和優(yōu)勢(shì)將更加顯而易見。圖1顯示兩種代表性SCLC的激光微束顯微解剖(LMM)的圖像。上圖(j、B)顯示解剖前的樣品；中圖(C、Z))，顯微解剖后的相同切片(H.E.染色x400)。此外，下圖(五、F)顯示了捕獲在收集帽(collectingcap)上的經(jīng)顯^i:解剖的癌細(xì)胞。圖2J顯示了83種候選基因的半定量RT-PCR，圖2fi顯示了使用抗兩種候選蛋白標(biāo)志A6636(SCAMP5)和A0245(CDC20)的抗體，針對(duì)來自受檢的SCLC組織及正常肺組織的代表性樣品進(jìn)行的免疫組織化學(xué)染色(x100,x200)。圖3使用多組織Northern印跡顯示的正常器官中8種候選基因的表達(dá)。圖4顯示了LC319細(xì)胞中siRNA針對(duì)ZIC5的敲低(knockdown)效應(yīng)。向LC319細(xì)胞中轉(zhuǎn)染siRNA表達(dá)載體(si-Z/C5)、荄光素酶siRNA表達(dá)載體(si-LUC)和作為陰性對(duì)照的亂序(Scramble)siRNA表達(dá)載體(si-SCR)。X:以爿C7S的表達(dá)為定量對(duì)照，通過RT-PCR確^人了對(duì)于27C5轉(zhuǎn)錄物的敲低效應(yīng)。5、C:si-Z/C5顯示了強(qiáng)敲低效應(yīng)，但si-LUC和si-SCR對(duì)于Z/C5轉(zhuǎn)錄物的水平未顯示任何效應(yīng)。與轉(zhuǎn)染了si-LUC或si-SCR的細(xì)胞相比，轉(zhuǎn)染si-ZIC5載體造成集落數(shù)(B)和活細(xì)胞數(shù)(C)的減少。圖5SCLC及NSCLC(腺癌)的監(jiān)督聚類分析(supervisedclusteranalysis)。涉及77例肺癌病例來源的樣品的基因的二維等級(jí)聚類分析(two-dimensionalhierarchicalclusteringanalysis)的杉M犬圖。各孑L的《貞色顯示紅色和綠色，表示轉(zhuǎn)錄物水平分別高于和低于該基因在所有樣品中的中位值。黑色，表達(dá)無變化；灰色，表達(dá)不可檢出。在表示77例肺癌的橫軸上，15例晚期SCLC、35例早期NSCLC(20例ADC和15例SCC),以及27例晚期ADC被分為4個(gè)樹干(trunk)。在縱軸上，根據(jù)相對(duì)表達(dá)比的相似性，將475種基因聚類于不同樹枝(branch)。聚類1包含34種基因，這些基因在SCLC中與在NSCLC中相比更大量地表達(dá)。在獨(dú)立的實(shí)驗(yàn)中進(jìn)行標(biāo)記和雜交的4個(gè)重復(fù)例(duplicatedcase)(No.13，20,K91和LC12)被聚類于同一組中最為接近的位置。此外，點(diǎn)樣于載玻片上不同位置的同一基因也被聚類于相鄰的行中。C:聚類2包含68種基因，它們?cè)诮邮芰嘶瘜W(xué)治療的晚期SCLC及晚期NSCLC中均表達(dá)。發(fā)明詳述除非另有特定的說明，本文中使用的詞語"一個(gè)(a)"或"一種(an)"或"該(the)"是指至少一個(gè)或至少一種。小細(xì)胞肺癌細(xì)胞一般以實(shí)體(solidmass)的形式存在，其具有高度炎性反應(yīng)并含有多種細(xì)胞組分。因此，先前公開的微陣列數(shù)據(jù)可能反映不均一的模式(heterogenousprofile)?？紤]到這些問題，本發(fā)明人通過激光微束顯微解剖法(LMM)制備純化的小細(xì)胞肺癌細(xì)胞群，并使用展示32256個(gè)基因的cDNA微陣列分析了15例SCLC的全基因組基因表達(dá)模式。這些數(shù)據(jù)不僅提供與小細(xì)胞肺癌癌發(fā)生相關(guān)的重要信息，還有助于候選基因的鑒定，這些候選基因的產(chǎn)物可作為診斷標(biāo)記和/或用于治療小細(xì)胞肺癌患者的分子靶標(biāo)，并提供臨床相關(guān)的化息。本發(fā)明部分地基于這一發(fā)現(xiàn)，即SCLC患者的上皮細(xì)胞和癌之間有多種核酸的表達(dá)圖式發(fā)生變化?；虮磉_(dá)的差異使用綜合cDNA微陣列系統(tǒng)進(jìn)行鑒定。使用與激光顯微解剖偶聯(lián)的展示32256個(gè)基因的cDNA微陣列分析了來自15例SCLC的癌細(xì)胞的基因表達(dá)模式。在診斷為SCLC的患者的癌細(xì)胞的表達(dá)圖式，與用激光顯微解剖完全選擇的正常細(xì)胞的表達(dá)圖式之間進(jìn)行比較，鑒定出776種在SCLC細(xì)胞中普遍下調(diào)的基因(示于表2)。類似地，還鑒定出779種在SCLC細(xì)胞中普遍上調(diào)的基因(示于表3)。此外，對(duì)可用于在患者的血清或痰(sputum)中檢測(cè)癌癥相關(guān)蛋白的候選分子標(biāo)記進(jìn)行了選擇，并發(fā)現(xiàn)了一些對(duì)人SCLC中信號(hào)抑制策略的開發(fā)有用的靶標(biāo)。其中，表2和3提供了在SCLC和正常組織之間表達(dá)發(fā)生改變的基因的列表。本發(fā)明所鑒定的差異表達(dá)的基因具有作為SCLC的標(biāo)志和SCLC基因靶標(biāo)的診斷用途，可改變這些基因的表達(dá)以治療或減輕SCLC的癥狀。在SCLC患者中表達(dá)水平被調(diào)變(即增加或減少)的基因列于表2_3，本文中將其統(tǒng)稱為"SCLC相關(guān)基因"、"SCLC核酸"或"SCLC多核苷酸"；對(duì)應(yīng)的由其編碼的多肽稱為"SCLC多肽"或"SCLC蛋白，，。除非另外說明，"SCLC，，指本文公開的任何序列(例如表2-3中所列SCLC相關(guān)基因)。對(duì)于先前已經(jīng)描述的基因，同時(shí)給出其數(shù)據(jù)庫登錄號(hào)。通過測(cè)定細(xì)胞樣品中各種基因的表達(dá)，可以診斷SCLC。類似地，測(cè)定這些基因應(yīng)答于各種作用物質(zhì)的表達(dá)，可以鑒定用于治療SCLC的作用物質(zhì)。本發(fā)明包括確定(例如測(cè)量)至少一種直至全部的表2-3中所列SCLC相關(guān)基因的表達(dá)。使用由已知序列的GenBankTM數(shù)據(jù)庫登錄項(xiàng)提供的序列信息，可使用本領(lǐng)域普通技術(shù)人員公知的技術(shù)檢測(cè)和測(cè)量SCLC相關(guān)基因。例如，可使用對(duì)應(yīng)于SCLC相關(guān)基因的序列數(shù)據(jù)庫登錄項(xiàng)中的序列構(gòu)建探針，用于在例如Northern印跡雜交分析中檢測(cè)對(duì)應(yīng)于SCLC相關(guān)基因的RNA序列。探針通常包括參照序列的至少10個(gè)、至少20個(gè)、至少50個(gè)、至少100個(gè)或至少200個(gè)核苷酸。作為另一個(gè)例子，可以使用這些序列構(gòu)建引物，用于在例如基于擴(kuò)增的檢測(cè)方法，如基于逆轉(zhuǎn)錄的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)中特異性擴(kuò)增SCLC核酸。然后將受試細(xì)胞群體，例如來自患者的組織樣品中的一種或多種SCLC相關(guān)基因的表達(dá)水平與參照群體中相同基因的表達(dá)水平相比較。參照細(xì)胞所述比較參數(shù)已知的細(xì)胞，即肺癌細(xì)胞(例如SCLC細(xì)胞)或正常肺細(xì)胞。與參照細(xì)胞群體相比，受試細(xì)胞群體中的基因表達(dá)圖式是否能表示SCLC或其傾向性取決于參照細(xì)胞群體的組成。例如，如果參照細(xì)胞群體由正常肺細(xì)胞組成，受試細(xì)胞群體和參照細(xì)胞群體之間基因表達(dá)圖式的相似性表示受試細(xì)胞群體不是SCLC。反之，如果參照細(xì)胞群體由SCLC細(xì)胞組成，受試細(xì)胞群體和參照細(xì)胞群體之間的基因表達(dá)模式的相似性則表示受試細(xì)胞群體含有SCLC細(xì)胞。如果受試細(xì)胞群體中SCLC標(biāo)志基因的表達(dá)水平與參照細(xì)胞群體中相應(yīng)SCLC標(biāo)志基因的表達(dá)水平相差大于1.1倍、大于1.5倍、大于2.0倍、大于5.0倍、或大于10.0倍或更多，即認(rèn)為其"發(fā)生改變"或"有差別"。受試細(xì)胞群體和參照細(xì)胞群體之間的差異基因表達(dá)可以相對(duì)于對(duì)照核酸，例如持家基因(housekeepinggene)進(jìn)行歸一化。例如，對(duì)照核酸是已知不依賴于細(xì)胞的癌性或非癌性狀態(tài)而發(fā)生差異的核酸。可以利用對(duì)照核酸的表達(dá)水平對(duì)受試和參照群體中的信號(hào)水平進(jìn)行歸一化。例示性的對(duì)照基因包括但不限于例如p-肌動(dòng)蛋白、甘油醛3-磷酸脫氫酶和核糖體蛋白Pl?？梢詫⑹茉嚰?xì)胞群體與多個(gè)參照細(xì)胞群體相比較。所述多個(gè)參照群體各自的已知參數(shù)可以不同。因此，可將受試細(xì)胞群體與已知含有例如SCLC細(xì)胞的第一參照細(xì)胞群體和已知含有例如正常肺細(xì)胞的第二參照細(xì)胞群體相比較。受試細(xì)胞可以包含在來自受試者的組織或細(xì)胞樣品中，所述組織或細(xì)胞樣品已知含有或疑似含有SCLC細(xì)胞。受試細(xì)胞得自身體組織或體液，例如生物流體(如血液或痰)。例如，受試細(xì)胞可以純化自肺組織。優(yōu)選受試細(xì)胞群體包括上皮細(xì)胞。上皮細(xì)胞優(yōu)選來自已知或疑似為肺癌的組織。參照細(xì)胞群體中的細(xì)胞可來自與受試細(xì)胞類似的組織類型。任選地，參照細(xì)胞群體是細(xì)胞系，例如SCLC細(xì)胞系(即陽性對(duì)照)或正常肺細(xì)胞系(即陰性對(duì)照)?；蛘?，對(duì)照細(xì)胞群體可來源于分子信息數(shù)據(jù)庫，所述分子信息來源于^1測(cè)參數(shù)或狀況已知的細(xì)胞。受試者優(yōu)選為哺乳動(dòng)物。例示性的哺乳動(dòng)物包括但不限于例如人、非人靈長類動(dòng)物、小鼠、大鼠、犬、貓、馬或牛?？墒褂帽绢I(lǐng)域已知的方法，在蛋白或核酸水平上確定本文公開的基因的表達(dá)。例如，可以使用Northern雜交分析確定基因表達(dá)，所述Northern雜交分析使用特異性識(shí)別這些核酸序列中的一種或多種序列的探針?；蛘?，可以使用例如差異表達(dá)基因序列的特異性引物，采用基于逆轉(zhuǎn)錄的PCR測(cè)定法來確定基因表達(dá)。還可以在蛋白水平上確定表達(dá)，即通過測(cè)定由本文所述基因編碼的多肽水平或其生物活性來確定表達(dá)。這樣的方法是本領(lǐng)域公知的，包括但不限于例如免疫測(cè)定法，該方法利用了針對(duì)所述基因編碼的蛋白的抗體。由這些基因編碼的蛋白的生物活性一般是公知的。參見SambrookandRussell,《M9/ecw/orC7om'"g.'^丄o6ora/o^yMawwa/》,3rdEdition:2001,ColdSpringHarborLaboratoryPress;Ausubel，Cwr耐尸ratoco/sMo/ecw/ar1987-2006，JohnWileyandSons;和HarlowandLane,《t/s7'"gv4w/ZWes:丄a6ora組少M(fèi)awi/<3/》，1998,ColdSpringHarborLaboratoryPress。小細(xì)胞肺癌的診斷在本發(fā)明的上下文中，通過測(cè)量來自受試細(xì)胞群體(即來自患者的生物樣品)中一種或多種SCLC核酸的表達(dá)水平來診斷SCLC。優(yōu)選受試細(xì)胞群體含有上皮細(xì)胞，例如由肺組織獲得的細(xì)胞。還可以從血液或其它體液，例如唾液或痰測(cè)量基因表達(dá)。其它生物樣品可用于測(cè)量蛋白水平。例如，可采用免疫測(cè)定法或其它常規(guī)生物學(xué)測(cè)定法來測(cè)量來自待診斷受試者的血液或血清中的蛋白水平。在受試細(xì)胞或生物樣品中確定一種或多種SCLC相關(guān)基因，例如表2-3中所列基因的表達(dá)，并將其與受測(cè)的一種或多種SCLC相關(guān)基因有關(guān)的正常對(duì)照表達(dá)水平進(jìn)行比較。正常對(duì)照水平是通常在已知未患SCLC的人群中典型存在的SCLC相關(guān)基因表達(dá)^^式。在來自患者的組織樣品中，一種或多種SCLC相關(guān)基因表達(dá)水平的差異(例如增加或減少)表示該受試者患有SCLC或存在發(fā)生SCLC的危險(xiǎn)。例如，與正常對(duì)照水平相比，受試群體中一種或多種表2所列之下調(diào)SCLC相關(guān)基因的表達(dá)減少，表示該受試者患有SCLC或存在發(fā)生SCLC的危險(xiǎn)。與之相對(duì)，與正常對(duì)照水平相比，受試群體中一種或多種表3所列之上調(diào)的SCLC相關(guān)基因的表達(dá)增加，表示該受試者患有SCLC或存在發(fā)生SCLC的危險(xiǎn)。與正常對(duì)照水平相比，受試群體中一種或多種SCLC相關(guān)基因的改變表示該受試者患有SCLC或存在發(fā)生SCLC的危險(xiǎn)。例如，一系列SCLC相關(guān)基因(表2-3列出的基因)的至少1%、至少5%、至少25%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%或更多的改變，表示該受試者患有SCLC或存在發(fā)生SCLC的危險(xiǎn)。通過定量分析對(duì)應(yīng)于SCLC相關(guān)基因的mRNA或者由這些基因編碼的蛋白，可以評(píng)估生物樣品中SCLC相關(guān)基因的表達(dá)水平。mRNA的定量分析方法是本領(lǐng)^或技術(shù)人員^^知的。例如，可以通過Northern印跡分析或RT-PCR來估計(jì)對(duì)應(yīng)于SCLC相關(guān)基因的mRNA的水平。由于SCLC相關(guān)基因的核苷酸序列是已知的，因此，任何本領(lǐng)域技術(shù)人員均能夠設(shè)計(jì)出用于定量分析SCLC相關(guān)基因的探針或引物的核苷酸序列。例如，包含表1所列核苷S吏序列的寡核苷酸可以用作SCLC相關(guān)基因特異性引物組。此外，可以基于由SCLC相關(guān)基因編碼的蛋白之活性或量(quantity),來分析這些基因的表達(dá)水平。測(cè)定SCLC相關(guān)基因編碼蛋白的量的方法在后面描述。例如，免疫測(cè)定方法在確定生物材料中的蛋白方面是十分有效的。只要肺癌患者的樣品中表達(dá)標(biāo)志基因(即SCLC相關(guān)基因)，可以將任何生物材料用作確定蛋白或其活性的生物樣品。例如，來自肺組織的上皮細(xì)胞。而體液，包括血液及痰同樣可以用于分析。另一方面，為了測(cè)定由SCLC相關(guān)基因編碼的蛋白的活性，可根據(jù)待分析的蛋白的活性選擇適當(dāng)?shù)姆椒?。?duì)受試生物樣品中的SCLC相關(guān)基因的表達(dá)水平進(jìn)行評(píng)估，并與正常樣品(例如來源于非患病受試者的樣品)中的表達(dá)水平相比較。如果這樣的比較顯示所述基因在受試樣品中的表達(dá)水平比正常樣品中的表達(dá)水平高(表3所示的SCLC相關(guān)基因，即777-1555)或低(表2所示的SCLC相關(guān)基因，即1-776),則判定該受試者,i有或易患SCLC?？梢酝瑫r(shí)測(cè)定來自正常受試者和待診斷受試者的生物樣品中SCLC相關(guān)基因的表達(dá)水平?；蛘呖梢圆捎媒y(tǒng)計(jì)學(xué)方法，基于分析從已知未患SCLC個(gè)體的對(duì)照組預(yù)先采集的樣品中基因表達(dá)水平所獲得的結(jié)果，確定出表達(dá)水平的正常范圍。將通過比較受試者樣品獲得的結(jié)果與正常范圍進(jìn)行比較，當(dāng)該結(jié)果未落入正常范圍時(shí)，判定受試者患有SCLC或存在發(fā)生SCLC的危險(xiǎn)。在本發(fā)明中，還提供診斷細(xì)胞增殖性疾病，包括SCLC的診斷試劑。本發(fā)明的診斷試劑包括與SCLC相關(guān)基因的多核苷酸或多肽結(jié)合的化合物。優(yōu)選地，與SCLC相關(guān)基因的多核苷酸雜交的寡核苷酸，或者與SCLC相關(guān)基因編碼的多肽結(jié)合的抗體，均可用作這樣的化合物。本發(fā)明的SCLC診斷方法可用于評(píng)價(jià)受試者中SCLC治療的有效性。根據(jù)本方法，包括受試細(xì)胞群體的生物樣品得自接受SCLC治療的受試者。本評(píng)價(jià)方法可依照診斷SCLC的常規(guī)方法進(jìn)行。必要時(shí)，在治療前、治療中和/或治療后的不同時(shí)間點(diǎn)由受試者獲取生物樣品。然后確定受試生物樣品中SCLC相關(guān)基因的表達(dá)水平，并與對(duì)照水平，例如來自包含SCLC狀態(tài)已知的細(xì)胞(即癌細(xì)胞或肺癌細(xì)胞)的參照細(xì)胞群體的對(duì)照水平相比較。對(duì)照水平在未接受所述治療的生物樣品中測(cè)定。如果對(duì)照水平來自不含癌性細(xì)胞的生物樣品，那么來自受試者的受試生物樣品中的表達(dá)水平與對(duì)照水平的相似性表示所述的治療是有效的。而來自受試者的受試生物樣品中的SCLC相關(guān)基因表達(dá)水平與對(duì)照水平的差異，表示臨床效果或預(yù)后較不理想。鑒定抑制或增強(qiáng)SCLC相關(guān)基因表達(dá)的作用物質(zhì)使表達(dá)一種或多種SCLC相關(guān)的上調(diào)基因的受試細(xì)胞群與受試物質(zhì)接觸，然后確定SCLC相關(guān)基因的表達(dá)水平或其基因產(chǎn)物的活性，可以鑒定抑制SCLC相關(guān)基因的表達(dá)或其基因產(chǎn)物的活性的作用物質(zhì)。與不存在受試物質(zhì)條件下的表達(dá)或活性水平相比，存在受試物質(zhì)條件下一種或多種種或多種SCLC相關(guān)的上調(diào)基因的抑制劑并可用于抑制SCLC。或者，使表達(dá)一種或多種SCLC相關(guān)的基因的受試細(xì)胞群與受試物質(zhì)接觸，然后測(cè)定SCLC相關(guān)的下調(diào)基因的表達(dá)水平或活性，可以鑒定增強(qiáng)一種或多種SCLC相關(guān)的下調(diào)基因的表達(dá)或其基因產(chǎn)物活性的作用物質(zhì)。與不存在受試物質(zhì)條件下的表達(dá)或活性水平相比，存在受試物質(zhì)條件下一種或多種SCLC相關(guān)基因的表達(dá)水平或其基因產(chǎn)物的活性水平增加，表明該受試物質(zhì)可增加一種或多種SCLC相關(guān)的下調(diào)基因的表達(dá)或其基因產(chǎn)物的活性。受試細(xì)胞群可以由表達(dá)SCLC相關(guān)基因的任何細(xì)胞構(gòu)成。例如，受試細(xì)胞群可包含上皮細(xì)胞，如來源于肺組織的細(xì)胞。而且，受試細(xì)胞還可以是來源于癌細(xì)胞的永生化細(xì)胞系?；蛘撸茉嚰?xì)胞還可以是用一種或多種SCLC相關(guān)基因轉(zhuǎn)染的細(xì)胞，或者是用與報(bào)道基因可操作相連的來自SCLC相關(guān)基因的調(diào)控序列(例如啟動(dòng)子序列)轉(zhuǎn)染的細(xì)胞。所述作用物質(zhì)可以是例如抑制性寡核苷酸(例如，反義寡核苷酸、siRNA、核酶)、抗體、多肽、有機(jī)小分子。所述作用物質(zhì)的篩選可以采用高通量方法進(jìn)4亍，該方法4吏用多孔板(例如％孑L，192孔，384孑L，768孑L,1536孔)同時(shí)進(jìn)行多種物質(zhì)的篩選。高通量篩選的自動(dòng)化系統(tǒng)可以從例如CaliperLifeSciences,Hopkinton,MA商購。可以用于篩選的有機(jī)小分子文庫可以從例如ReactionBiologyCorp.,Malvern,PA;TimTec，Newark,DE商購。評(píng)價(jià)受試者中SCLC治療的有效性在本文中鑒定的差異表達(dá)的SCLC相關(guān)基因，也可以用于監(jiān)測(cè)SCLC的治療過程。在該方法中，由接受SCLC治療的受試者提供受試細(xì)胞群體。必要時(shí)，在治療前、治療中和/或治療后的不同時(shí)間點(diǎn)由受試者獲取受試細(xì)胞群體。然后確定受試細(xì)胞群體中一種或多種SCLC相關(guān)基因的表達(dá)，并與包含SCLC狀態(tài)已知的細(xì)胞的參照細(xì)胞群體相比較。在本發(fā)明的上下文中，參照細(xì)胞群體未接受所述的治療。如果參照細(xì)胞群體不含有SCLC細(xì)胞，那么受試細(xì)胞群體和參照細(xì)胞群體中一種或多種SCLC相關(guān)基因表達(dá)的相似性表示所述的治療是有效的。而受試細(xì)胞群體和正常對(duì)照參照細(xì)胞群體中一種或多種SCLC相關(guān)基因表達(dá)的差異，表示臨床后果或預(yù)后較不理想。類似地，如果參照細(xì)胞群體含有SCLC細(xì)胞，那么受試細(xì)胞群體和參照細(xì)胞群體中一種或多種SCLC相關(guān)基因表達(dá)之間的差異表示所述的治療是有效的，而受試細(xì)胞群體和小細(xì)胞肺癌對(duì)照參照細(xì)胞群體中一種或多種SCLC相關(guān)基因表達(dá)的相似性則表示臨床后果或預(yù)后較不理想。另外，可將在治療后得到的來源于受試者的生物樣品中測(cè)定的一種或源于受試者的生物樣品中測(cè)定的一種或多種SCLC相關(guān)基因的表達(dá)水平(即治療前水平)相比較。如果SCLC相關(guān)基因是上調(diào)基因，那么治療后樣品中表達(dá)水平的減少表示所述的治療是有效的，而治療后樣品中表達(dá)水平的增加或維持則表示臨床效果或預(yù)后較不理想。相反地，如果SCLC相關(guān)基因是下調(diào)基因，那么治療后樣品中表達(dá)水平的增加表示所述的治療是有效的，而治療后樣品中表達(dá)水平的減少或維持則表示臨床效果或預(yù)后較不理想。在本文中，術(shù)語"有效的"表示治療引起受試者體內(nèi)病理性上調(diào)的基因的表達(dá)減少，或病理性下調(diào)的基因的表達(dá)增加，或肺癌的大小、發(fā)病率(prevalence)或轉(zhuǎn)移潛力降低。當(dāng)預(yù)防性施用所述的治療時(shí)，術(shù)語"有效的"指治療延遲或防止小細(xì)胞肺癌的形成，或者延遲、防止或減輕SCLC的臨床癥狀。小細(xì)胞肺癌的評(píng)價(jià)可以使用標(biāo)準(zhǔn)的臨床規(guī)程進(jìn)行。此外，可以與任何已知的診斷或治療SCLC的方法相關(guān)聯(lián)來確定有效性。例如，可以通過確定癥狀性異常(symptomaticanomalies)進(jìn)行SCLC的診斷，所述癥狀性異常例如體重減輕、腹痛、背痛、食欲減退、惡心、嘔吐和全身不適(generalizedmalaise)、虛弱和黃疽。選擇適于具體個(gè)體的用于治療SCLC的治療劑個(gè)體基因組成(geneticmakeup)的差異可導(dǎo)致其代謝多種藥物的相對(duì)能力的差異。在受試者體內(nèi)代謝從而起到抗SCLC劑作用的物質(zhì)，可以通過誘導(dǎo)受試者細(xì)胞中癌癥狀態(tài)特征性基因表達(dá)圖式向非癌癥狀態(tài)特征性基因表達(dá)圖式的轉(zhuǎn)變而顯現(xiàn)自己。因此，本文公開的差異表達(dá)的SCLC相關(guān)基因，可以用來在來自選定受試者的受試細(xì)胞群體中測(cè)試SCLC的治療性或預(yù)防性抑制劑，來確定該物質(zhì)在所述受試者中是否是合適的SCLC抑制劑。為了鑒定出適于具體受試者的SCLC抑制劑，將來自受試者的受試細(xì)胞群體暴露于治療劑，然后確定一種或多種表2-3的SCLC相關(guān)基因的表達(dá)。在本發(fā)明方法的上下文中，受試細(xì)胞群體含有表達(dá)一種或多種SCLC相關(guān)基因的SCLC細(xì)胞。優(yōu)選受試細(xì)胞群體包含上皮細(xì)胞。例如，可以在存在候選物質(zhì)的條件下溫育受試細(xì)胞群體，測(cè)量受試細(xì)胞群體的基因表達(dá)圖式(即表達(dá)模式)，并與一種或多種參照模式，例如SCLC參照表達(dá)模式或非SCLC參照表達(dá)模式進(jìn)行比較。相對(duì)于含有SCLC的參照細(xì)胞群體，受試細(xì)胞群體中一種或多種表3中所列的SCLC相關(guān)基因表達(dá)減少，或者一種或多種表2中所列的SCLC相關(guān)基因表達(dá)增加，表示該物質(zhì)具有治療用途。在本發(fā)明的上下文中，受試物質(zhì)可以是任何化合物或組合物。例示性的受試物質(zhì)包括但不限于免疫調(diào)節(jié)劑(例如抗體)、抑制性寡核苷酸(例如，反義寡核苷酸、抑制性短鏈寡核苷酸及核酶)和小分子有機(jī)化合物。鑒定治療劑的篩選測(cè)定選治療劑。本發(fā)明的方法包括篩選候選治療劑，以確定該候選治療劑是否能夠?qū)⒁环N或多種SCLC相關(guān)基因(包括SCLC1-1555)的SCLC狀態(tài)特征性表達(dá)模式轉(zhuǎn)變?yōu)榉荢CLC狀態(tài)特征性基因表達(dá)圖式。在本發(fā)明中，SCLC1-1555對(duì)于篩選用于治療或預(yù)防SCLC的治療劑是有用的。在一個(gè)實(shí)施方案中，將受試細(xì)胞暴露于一種或多種受試物質(zhì)(依次或組合)，并測(cè)定這些細(xì)胞中一種或多種SCLC1-1555基因的表達(dá)。將在受試群體中測(cè)得的SCLC相關(guān)基因的表達(dá)模式與未暴露于受試物質(zhì)的參照細(xì)胞群體中相同SCLC相關(guān)基因的表達(dá)模式進(jìn)行比較。能夠刺激過低表達(dá)基因的表達(dá)或抑制過高表達(dá)基因的表達(dá)的物質(zhì)具有潛在的臨床益處?？梢栽趧?dòng)物或受試者中進(jìn)一步測(cè)試該物質(zhì)防止SCLC生長的能力。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供在SCLC治療中有用的候選物質(zhì)的篩選方法。正如上文所詳細(xì)討論的，通過控制一種或多種標(biāo)志基因的表達(dá)水平或它們基因產(chǎn)物的活性，可以控制SCLC的發(fā)生和發(fā)展。因此，采用將所述表達(dá)水平和活性作為癌性或非癌性狀態(tài)指標(biāo)的篩選方法，可以鑒定出在SCLC治療中有用的候選物質(zhì)。在本發(fā)明的上下文中，所述篩選可包括例如下述步驟a)使受試化合物與多肽接觸，其中所述多肽由選自SCLC1-1555的多核苷酸編碼；b)檢測(cè)多肽與受試化合物之間的結(jié)合活性；和c)選擇與多肽結(jié)合的受試化合物。用于篩選的標(biāo)志基因編碼的一種或多種SCLC多肽可以是重組多肽，也可以是來源于自然界的蛋白，或它們的部分肽。與受試化合物相接觸的多肽例如可以是例如純化的多肽、可溶性蛋白、與載體結(jié)合的形態(tài)或與其它多肽融合的融合蛋白?？墒褂帽绢I(lǐng)域技術(shù)人員公知的許多方法來篩選與由標(biāo)志基因編碼的一種或多種SCLC多肽結(jié)合的蛋白。這樣的篩選可通過，例如免疫沉淀法，具體地以下述方式進(jìn)行。通過將一種或多種標(biāo)志基因插入外源基因表達(dá)載體，如pSV2neo，pcDNAI,pcDNA3.1,pCAGGS和pCD8,使之在宿主(例如動(dòng)物)細(xì)胞等中表達(dá)。用于表達(dá)的啟動(dòng)子可以是通常使用的任何啟動(dòng)子，并包括，例如SV40早期啟動(dòng)子(RigbyinWilliamson(ed.)，(1982)GeneticEngineering,vol.3,AcademicPress,London,83-141)、EF-a啟動(dòng)子(Kimda/.,Gene91:217-23(1990》、CAG啟動(dòng)子(Niwa"a/.,(1991)Gene108:193-9)、RSVLTR啟動(dòng)子(Cullen,(1987)MethodsinEnzymology152:684-704)、SRa啟動(dòng)子(Takebeda/.，(1988)MolCellBiol8:466-72)、CMV立即早期啟動(dòng)子(CMVimmediateearlypromoter)(SeedandAruffo,(1987)ProcNatlAcadSciUSA84:3365-9)、SV40晚期啟動(dòng)子(GheysenandFiers，(1982)JMolAppIGenet1:385-94)、！^病毒晚期啟動(dòng)子(Adenoviruslatepromoter)(Kaufman"a/.,(1989)MolCellBiol9:946-58)、HSVTK啟動(dòng)子等?？梢愿鶕?jù)任何方法將基因?qū)胗磉_(dá)外源基因的宿主細(xì)胞，這些方法例如電穿孔法(Chu"a/.,(1987)NucleicAcidsRes15:1311-26)、磷酸4丐法(ChenandOkayama，(1987)MolCellBiol7:2745-52)、DEAE葡聚糖法(Lopatawa/.,(1984)NucleicAcidsRes12:5707-17;SussmanandMilman,(1984)MolCellBiol4:1641-3)、脂質(zhì)轉(zhuǎn)染(Lipofectin)法(DerijardB，"a/"(1994)Cell76:1025-37;Lamba/"(1993)NatureGenetics5:22-30:Rabindran"a/.，(1993)Science259:230-4)等。通過將特異性已知的單克隆抗體的識(shí)別位點(diǎn)(表位)導(dǎo)入多肽的N末端或C末端，可以以包含單克隆抗體的識(shí)別位點(diǎn)的融合蛋白的形式表達(dá)由標(biāo)志基因編碼的一種或多種SCLC多肽。也可以使用可商購的表位-抗體系統(tǒng)(ExperimentalMedicine13:85-90(1995))?？梢岳闷涠嗫寺∥稽c(diǎn)表達(dá)與例如P-半乳糖苷酶、麥芽糖-結(jié)合蛋白、谷胱甘肽-S-轉(zhuǎn)移酶、綠色熒光蛋白(GFP)等所成的融合蛋白的載體是可商購的。還報(bào)道了通過以不因融合而改變多肽的特性的方式僅引入由幾個(gè)到十幾個(gè)氨基酸組成的小表位而制備的融合蛋白。表位，如聚組氨酸(His標(biāo)簽)、流感病毒聚集體(influenzaaggregate)HA、人c-myc、FLAG、水泡性口膜炎病毒糖蛋白(Vesicularstomatitisvirusglycoprotein)(VSV-GP)、T7基因10蛋白(T7才示簽)、人單純皰滲病毒沖唐蛋白(humansimpleherpesvirusglycoprotein)(HSV標(biāo)簽)、E標(biāo)簽(單克隆噬菌體上的表位)等，以及識(shí)別它們的單克隆抗體都可以用作表位-抗體系統(tǒng)來篩選結(jié)合由標(biāo)志基因編碼的多肽的蛋白(ExperimentalMedicine13:85國卯(1995))。在免疫沉淀中，向用合適的洗滌劑(detergent)制備的細(xì)胞裂解物中添加這些抗體，形成免疫復(fù)合物。所述免疫復(fù)合物由標(biāo)志基因所編碼的SCLC多肽、具有與該多肽結(jié)合的能力的多肽和抗體組成。除使用抗上述表位的抗體之外，還可以使用抗標(biāo)志基因所編碼的SCLC多肽的抗體進(jìn)行免疫沉淀，所述抗體可以如上所述制備。當(dāng)所述抗體是小鼠IgG抗體時(shí)，可以通過例如蛋白ASepharose或蛋白GSepharose沉淀免疫復(fù)合物。如果將由標(biāo)志基因編碼的一種或多種SCLC多肽制備成帶有表位，如GST的融合蛋白，可使用與這些表位特異性結(jié)合的物質(zhì)，例如谷胱甘肽-Sepharose4B,按照與使用抗多肽的抗體相同的方式形成免疫復(fù)合物。免疫沉淀可以才艮據(jù)或遵照，例如文獻(xiàn)(HarlowandLane,Antibodies,511-52,ColdSpringHarborLaboratorypublications,NewYork(1988》中的方法進(jìn)行。通常使用SDS-PAGE對(duì)免疫沉淀的蛋白進(jìn)行分析，可以使用合適濃度的凝膠通過蛋白的分子量來分析結(jié)合的蛋白。由于采用常規(guī)染色法例如考馬斯(Coomassie)染色或銀染色難以檢測(cè)與標(biāo)志基因所編碼的SCLC多肽結(jié)合的蛋白，可以通過下述方法改進(jìn)所述蛋白的檢測(cè)靈敏度在含有放射性同位素"S-曱硫氨酸或"S-半胱氨酸的培養(yǎng)基中培養(yǎng)細(xì)胞，在細(xì)胞中標(biāo)記蛋白，并檢測(cè)蛋白。在已知蛋白的分子量時(shí)，可以從SDS-聚丙烯酰胺凝膠直接純化目標(biāo)蛋白并測(cè)定其序列。作為使用多肽來篩選與標(biāo)志基因所編碼的SCLC多肽結(jié)合的蛋白的方法，可以采用例如West-Western印跡分析(Skolnik"a/,(1991)Cell65:83-90)。具體地說，可以通過下述方法獲得能夠結(jié)合標(biāo)志基因所編碼的SCLC多肽的蛋白使用噬菌體載體(例如ZAP)，由期望表達(dá)與標(biāo)志基因所編碼的SCLC多肽結(jié)合的蛋白的細(xì)胞、組織、器官(例如，組織包括睪丸、卵巢)或者培養(yǎng)的細(xì)胞(例如DMS114、DMS273、SBC-3、SBC-5、NCI-H196和NCI-H446)制備cDNA文庫；使該蛋白在LB-瓊脂糖(LB-agarose)上表達(dá)，將表達(dá)的蛋白固定在濾膜(filter)上，再使經(jīng)純化和標(biāo)記的多肽與上述濾膜反應(yīng)，然后根據(jù)標(biāo)記來檢測(cè)表達(dá)與標(biāo)志基因所編碼的多肽結(jié)合的噬斑(plaques)?？梢岳蒙锼嘏c抗生物素蛋白之間的結(jié)合，或者利用抗體，來對(duì)由標(biāo)志基因編碼的一種或多種SCLC多肽進(jìn)行標(biāo)記，其中上述抗體與標(biāo)志基因編碼的SCLC多肽特異性結(jié)合，或者與融合于標(biāo)志基因編碼的SCLC多肽的肽或多肽(例如GST)特異性結(jié)合。也可以采用使用放射性同位素或焚光等的方法?；蛘?，在本發(fā)明的篩選方法的另一實(shí)施方案中，可以使用利用細(xì)胞的雙雜交系統(tǒng)(two-hybridsystem)("MATCHMAKER雙雜交系統(tǒng)"、"哺乳動(dòng)物MATCHMAKER雙雜交測(cè)定試劑盒"、"MATCHMAKER單雜交系統(tǒng)"(Clontech);"HybriZAP雙雜交載體系統(tǒng)，，(Stratagene);參照"DaltonandTreisman，(1992)Cell68:597-612"，"FieldsandSternglanz,(1994)TrendsGenet10:286-92")。在雙雜交系統(tǒng)中，將本發(fā)明的多肽與SRF-結(jié)合區(qū)或GAL4-結(jié)合區(qū)融合，并在酵母細(xì)胞中表達(dá)。由預(yù)期表達(dá)與本發(fā)明多肽結(jié)合之蛋白的細(xì)胞制備cDNA文庫，使得該文庫在表達(dá)時(shí)與VP16或GAL4轉(zhuǎn)錄活化區(qū)域融合。然后將cDNA文庫導(dǎo)入上述酵母細(xì)胞，并從檢測(cè)為陽性的克隆分離出來源于所述文庫的cDNA(當(dāng)在酵母細(xì)胞中表達(dá)與本發(fā)明多肽結(jié)合的蛋白時(shí)，兩者的結(jié)合激活報(bào)道基因，使得陽性克隆能夠被檢測(cè)到)。將上述分離的cDNA導(dǎo)入大腸桿菌并表達(dá)蛋白，可以制備由該cDNA編碼的蛋白。就報(bào)道基因而言，除HIS3基因外，還可以使用例如Ade2基因、lacZ基因、CAT基因、螢光素酶基因等。采用親和層析法同樣可以篩選可與由標(biāo)志基因編碼的一種或多種SCLC多肽結(jié)合的化合物。例如，可以將由標(biāo)志基因編碼的SCLC多肽固定于親和層析柱的載體上，并將受試化合物施加于該層析柱，所述受試化合物包含能與由標(biāo)志基因編碼的SCLC多肽結(jié)合的蛋白。此處的受試化合物可以是例如細(xì)胞提取物、細(xì)胞裂解物等。在將所述受試化合物上樣后，對(duì)層析柱進(jìn)行洗滌，可制備出已與所述多肽結(jié)合的化合物。當(dāng)受試化合物是蛋白時(shí)，分析所獲蛋白的氨基酸序列，基于該序列合成寡聚DNA,以該寡聚DNA為探針篩選cDNA文庫，從而獲得編碼所述蛋白的DNA。在本發(fā)明中，可以將利用表面等離子體共振現(xiàn)象(surfaceplasmonphenomenon)的生物傳感器(biosensor)用作對(duì)結(jié)合的化合物進(jìn)行檢測(cè)或定量的手段。當(dāng)使用這類生物傳感器時(shí)，而且只使用極少量的多肽且不需標(biāo)記(例如BIAcore,Pharmacia),可通過表面等離子體共振信號(hào)實(shí)時(shí)》見察本發(fā)明多肽和受試化合物之間的相互作用。因此，可以使用生物傳感器諸如BIAcore來評(píng)價(jià)由標(biāo)志基因編碼的一種或多種SCLC多肽和受試化合物之間的結(jié)合。當(dāng)固定化的由標(biāo)志基因編碼的SCLC多肽暴露于合成化合物、天然物質(zhì)庫或隨機(jī)噬菌體肽展示文庫時(shí)，篩選與之結(jié)合的分子的方法，以及用于分離所述蛋白及結(jié)合所述蛋白的化合物(包括激動(dòng)劑和拮抗劑)的、基于組合化學(xué)技術(shù)的高通量篩選方法(Wrighton等，Science273:458-64(1996);Verdine,Nature384:11-13(1996);Hogan,Nature384:17-9(1996)),是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的?；蛘?，本發(fā)明提供使用由標(biāo)志基因編碼的一種或多種多肽篩選用于治療或預(yù)防小細(xì)胞肺癌的化合物的方法，該方法包括以下步驟(a)使受試化合物與多肽接觸，所述多肽由選自SCLC1-1555的多核苷酸編碼；(b)檢測(cè)步驟(a)的多肽的生物活性；和(c)選擇下述化合物(i)與不存在受試化合物的條件下檢出的生物活性相比較，該化合物抑制由選自SCLC777-1555的多核芬酸編碼的多肽的生物活性，或者(ii)與不存在受試化合物的條件下檢出的生物活性相比較，化合物增強(qiáng)由選自SCLC1-776的多核苷酸編碼的多肽的生物活性。可以使用標(biāo)志基因的核苷酸序列，以重組蛋白的形式獲得可用于本發(fā)明的篩選方法的蛋白。任何具有由標(biāo)志基因編碼的多肽的生物活性的多肽均可用于篩選?；谂c標(biāo)志基因及其編碼的蛋白有關(guān)的信息，本領(lǐng)域技術(shù)人員可以選擇蛋白的任何生物活性作為篩選指標(biāo)，并可以選擇任何適當(dāng)?shù)臏y(cè)量方法來測(cè)定選擇的生物活性。通過這種篩選分離的化合物是由標(biāo)志基因編碼的多肽的激動(dòng)劑或拮抗劑的候選物。術(shù)語"激動(dòng)劑"指通過與所述多肽結(jié)合而活化其功能的分子。同樣地，術(shù)語"拮抗劑"指通過與所述多肽結(jié)合而抑制其功能的分子。而且，通過這種篩選而分離的化合物將抑制或刺激由標(biāo)志基因編碼的多肽與分子(包括DNA和蛋白)在體內(nèi)的相互作用。當(dāng)本發(fā)明的方法中片t測(cè)的生物活性為細(xì)胞增殖時(shí)，可以通過如下方法進(jìn)行檢測(cè)制備表達(dá)由標(biāo)志基因編碼的多肽的細(xì)胞，在存在受試化合物的條件下培養(yǎng)所述細(xì)胞，確定細(xì)胞增殖速度，測(cè)量細(xì)胞周期等，以及如實(shí)施例所述測(cè)量集落形成活性。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供篩選用于治療或預(yù)防SCLC的化合物的方法。如上詳細(xì)描述，通過控制標(biāo)志基因的表達(dá)水平，可以控制SCLC的發(fā)病和進(jìn)展。因而，通過以標(biāo)志基因的表達(dá)水平為指標(biāo)進(jìn)行篩選，可以鑒定能夠用于治療或預(yù)防SCLC的化合物。在本發(fā)明的上下文中，這樣的篩選可包括例如以下步驟(a)使候選化合物與表達(dá)一種或多種標(biāo)志基因的細(xì)胞接觸，其中所述一種或多種標(biāo)志基因選自SCLC1-1555;和(b)選擇下述候選化合物與不存在候選化合物的條件下檢出的表達(dá)水平相比，所述化合物抑制選自SCLC777-1555的一種或多種標(biāo)志基因表達(dá)水平、或提高選自SCLC1-776的一種或多種標(biāo)志基因表達(dá)水平。表達(dá)標(biāo)志基因的細(xì)胞，包括例如由SCLC建立的細(xì)胞系；這樣的細(xì)胞可以用于本發(fā)明的上述篩選(例如DMS114，DMS273,SBC-3，SBC-5,NCI-H196和NCI-H446)。表達(dá)水平可以采用本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的方法進(jìn)行評(píng)估。在本篩選方法中，降低或增強(qiáng)一種或多種標(biāo)志基因的表達(dá)水平的化合物具有治療或預(yù)防SCLC的用途?；蛘?，本發(fā)明的篩選方法可以包括以下步驟a)使候選化合物與導(dǎo)入了載體的細(xì)胞接觸，其中所述載體含有一種或多種標(biāo)志基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)及在該轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)的調(diào)控下表達(dá)的報(bào)道基因，其中所述一種或多種標(biāo)志基因選自SCLC1-1555;b)測(cè)定該報(bào)道基因的表達(dá)水平或活性；和c)選擇下述候選化合物與沒有該候選化合物時(shí)檢測(cè)到的表達(dá)水平相比，當(dāng)所述一種或多種標(biāo)志基因?yàn)檫x自SCLC777-1555的上調(diào)標(biāo)志基因時(shí)，所述候選化合物減少報(bào)道基因的表達(dá)或活性水平，或，所述一種或多種標(biāo)志基因?yàn)檫x自SCLC1-776的下調(diào)標(biāo)志基因時(shí)，所述候選化合物增加報(bào)道基因的表達(dá)水平。合適的報(bào)告基因和宿主細(xì)胞是本領(lǐng)域公知的?？梢允褂脴?biāo)志基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)制備篩選所需的報(bào)道分子構(gòu)建體。當(dāng)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知標(biāo)志基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)時(shí)，可以使用先前的序列信息來制備報(bào)道分子構(gòu)建體。當(dāng)標(biāo)志基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)仍未鑒定時(shí)，可以基于標(biāo)志基因的核苷酸序列信息從基因組文庫中分離含有轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)的核苷酸區(qū)段?？捎糜诮Y(jié)合蛋白的支持物(support)的實(shí)例包括不溶性多糖，包括瓊脂糖、纖維素和葡聚糖；及合成樹脂，包括聚丙烯酰胺、聚苯乙烯和硅；優(yōu)選使用由上述材料制備的可商購的珠子和板(例如多孔板，生物傳感器芯片等)。使用珠子時(shí)，可以將其填入柱子。蛋白與支持物的結(jié)合可根據(jù)常規(guī)方法進(jìn)行，這些方法例如化學(xué)結(jié)合或物理吸附?；蛘?，蛋白可藉由特異性識(shí)別它的抗體而與支持物結(jié)合。此外，還可以利用抗生物素蛋白和生物素來進(jìn)行多肽與支持物的結(jié)合。蛋白之間的結(jié)合在緩沖液中進(jìn)行，緩沖液例如但不限于磷酸鹽緩沖液和Tris緩沖液，只要所述緩沖液不抑制蛋白之間的結(jié)合即可。本發(fā)明中，利用表面等離子體共振現(xiàn)象的生物傳感器可用作檢測(cè)或定量已結(jié)合的蛋白的裝置。使用這樣的生物傳感器(例如BIAcore,Pharmacia)時(shí)，僅使用少量的多肽，而且無需標(biāo)記，即可通過表面等離子體共振信號(hào)實(shí)時(shí)觀察蛋白之間的相互作用?；蛘撸梢詫?duì)標(biāo)志基因編碼的多肽進(jìn)行標(biāo)記，結(jié)合蛋白的標(biāo)記可用于檢測(cè)或測(cè)量已結(jié)合的蛋白。具體地，對(duì)一種蛋白進(jìn)行預(yù)標(biāo)記之后，在受試化合物存在的條件下使標(biāo)記的蛋白與其它蛋白接觸，然后在洗滌之后根據(jù)標(biāo)記檢測(cè)或測(cè)定已結(jié)合的蛋白。本發(fā)明的方法中，可以使用標(biāo)記物質(zhì)來標(biāo)記蛋白，所述標(biāo)記物質(zhì)如放射性同位素(例如3H、14C、32P、33P、35S、125I、131I)、酶(例如堿性磷酸酶、辣根過氧化物酶、p-半乳糖苷酶、p-葡糖苷酶)、熒光物質(zhì)(例如，異為H氰酸焚光素(FITC)、羅丹明)和生物素/抗生物素蛋白。當(dāng)用放射性同位素標(biāo)記蛋白時(shí)，可通過液體閃爍法(liquidscintillation)進(jìn)行檢測(cè)或測(cè)量?；蛘?，可以通過加入該酶的底物，用吸收光度計(jì)(absorptiometer)4企測(cè)或測(cè)定底物的酶促變化(如產(chǎn)生顏色)，來檢測(cè)或測(cè)量酶標(biāo)記的蛋白。此外，將熒光物質(zhì)用作標(biāo)記的情況中，可利用熒光光度計(jì)檢測(cè)或測(cè)量已結(jié)合的蛋白。在本發(fā)明的篩選中使用抗體的情況下，所述抗體優(yōu)選利用上述標(biāo)記物質(zhì)之一進(jìn)行標(biāo)記，并基于標(biāo)記物質(zhì)進(jìn)行;險(xiǎn)測(cè)或測(cè)量?；蛘?，也可以將抗標(biāo)志基因編碼的多肽或抗生物素的抗體用作第一抗體(primaryantibody),使用以標(biāo)記物質(zhì)標(biāo)記的第二抗體對(duì)其進(jìn)行檢測(cè)。此外，本發(fā)明的篩選中與蛋白結(jié)合的抗體，可使用蛋白G或蛋白A柱進(jìn)行檢測(cè)或測(cè)量。在本發(fā)明的篩選方法中可以使用任何受試化合物，這些化合物包括但不限于細(xì)胞提取物、細(xì)胞培養(yǎng)物上清、發(fā)酵微生物的產(chǎn)物、海洋生物提取物、植物提取物、純化或粗制蛋白、肽、非肽化合物、合成的小分子化合物以及天然化合物。在本發(fā)明中，受試化合物還可以使用本領(lǐng)域已知的組合文庫法中多種方法中的任何方法獲得，所述方法包括(l)生物學(xué)文庫，(2)空間可尋址平4亍固相或溶液相文庫(spatiallyaddressableparallelsolidphaseorsolutionphaselibraries),(3)需要去巻積(deconvolution)的合成文庫法，(4)"一珠一化合物(onebeadonecompound)"文庫法和(5)使用親和層析選擇的合成文庫法。其中，使用親和層析選擇的生物學(xué)文庫法僅限于肽文庫，而其它四種方法適用于肽，非肽寡聚體或化合物小分子文庫(Lam(1997)AnticancerDrugDes.12:145)。合成分子文庫的方法的舉例可見于本
技術(shù)領(lǐng)域：
(DeWittW"/.(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:6909-13;Erbe/"/.(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA91:11422-6;ZuckermannWa/.(1994)J.Med.Chem.37:2678-85;Choda/.(1993)Science261:1303-5;Carell"a/.(1994)Angew.Chem.Int.Ed.Engl,33:2059;Carell"a/.(1994)Angew.Chem.Int.Ed.Engl.33:2061;Gallop"a/.(1994)J.Med.Chem.37:1233-51)。化合物文庫可存在于溶液中(參見Houghten(1992)Bio/Techniques13:412-21),和珠子上(Lam(1991)Nature354:82-4),芯片(Fodor(1993)Nature364:555-6),細(xì)菌(美國專利5,223,409)，孢子(美國專利5,571,698;5,403,484和5,223,409)，質(zhì)粒(Cull等(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:1865-9)或噬菌體(ScottandSmith(1990)Science249:386-90;Delvin(1990)Science249:404-6;Cwirla等(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA87:6378-82;Felici(1991)J.Mol.Biol.222:301-10;美國專利申請(qǐng)2002103360)。通過本發(fā)明的篩選方法分離的化合物可用于抑制或刺激由標(biāo)志基因編碼的一種或多種SCLC多肽的活性，來治療或預(yù)防起因于例如細(xì)胞增殖性疾病的疾病，例如SCLC。此外，通過本發(fā)明的篩選方法獲得的化合物，還而得的化合物。用于治療或預(yù)防SCLC的藥物組合物本發(fā)明提供用于治療或預(yù)防SCLC的組合物，其含有通過本發(fā)明的篩選方法選擇的任意化合物。當(dāng)將通過本發(fā)明的篩選方法分離的化合物作為藥物施用于人或其它哺乳動(dòng)物，包括但不限于小鼠、大鼠、豚鼠、兔、貓、犬、綿羊、豬、牛、猴、狒狒和黑猩猩時(shí)，分離的化合物可以直接施用，或者可以利用已知的藥物制備方法配制成劑型。例如，根據(jù)需要，所述藥物可以作為糖衣片劑、膠嚢劑、酏劑和微膠嚢口服施用；或者用水或任何其它藥學(xué)可接受的液體配制成無菌溶液或懸浮液，以注射劑的形式非口服施用。例如，可以在一般接受的藥物施用方式所需的單位劑型中將化合物與藥學(xué)可接受的載體或介質(zhì)混合在一起，所述載體或介質(zhì)具體說有無菌水、生理鹽水、植物油、乳化劑、懸浮劑、表面活性劑、穩(wěn)定劑、調(diào)味劑、賦形劑(excipient)、溶々某(vehicle)、防腐劑、粘合劑等。這些制劑中活性成分量使指定范圍內(nèi)的合適劑量能夠獲得。能夠混合到片劑和膠嚢中的添加劑的例子包括但不限于粘合劑如明膠、玉米淀粉、黃蓍膠(tragacanthgum)和阿拉伯膠，賦形劑例如結(jié)晶纖維素，溶脹劑例如玉米淀粉、明膠和海藻酸(alginicacid)，潤滑劑例如硬脂酸鎂，增甜劑例如蔗糖、乳糖或糖精，和調(diào)味劑例如薄荷(peppermint)、Gaw/AeWa^fewoAWx油和櫻桃。當(dāng)單位劑型為膠嚢劑時(shí)，上述成分中還可以包括液體載體，例如油。注射用無菌組合物可以使用溶媒例如注射用蒸餾水，按照標(biāo)準(zhǔn)的藥物配制方式進(jìn)4于配制。生理鹽水、葡萄糖以及包含輔料如D-山梨醇、D-甘露糖、D-甘露醇和氯化鈉的其它等滲液體，可用作注射用水溶液。這些可以與合適的增溶劑組合使用，所述增溶劑例如醇例如乙醇，多元醇例如丙二醇和聚乙二醇，非離子表面活性劑例如Polysorbate80(TM)和HCO-50。芝麻油或大豆油可以用作油質(zhì)液體，可以與苯曱酸千酯或苯曱醇組合使用作為增溶劑，還可與緩沖液如磷酸鹽緩沖液和乙酸鈉緩沖液、鎮(zhèn)痛劑如鹽酸普魯卡因、穩(wěn)定劑如苯曱醇和酚和/或抗氧化劑配制在一起。制備的注射劑可以裝入到合適的安瓿(ampoule)中。可以利用本領(lǐng)域技術(shù)人員所公知的方法給患者施用本發(fā)明的藥物組合物，例如作為動(dòng)脈內(nèi)、靜脈內(nèi)或經(jīng)皮注射，或作為鼻內(nèi)、經(jīng)支氣管、肌內(nèi)或口服給藥施用于患者。施用劑量和方法根據(jù)患者的體重和年齡以及施用方法而變化；不過，本領(lǐng)域技術(shù)人員能夠按常規(guī)選擇合適的施用方法。如果所述化合物可以由DNA編碼，可將該DNA插入到基因治療載體中，并給患者施用該載體以進(jìn)行治療。施用的劑量和方法因患者的體重、年齡和癥狀而異，但是本領(lǐng)域技術(shù)人員能夠合適地選擇它們。舉例來說，當(dāng)向普通成年人(體重約60kg)口服給藥時(shí)，雖然根據(jù)癥狀存在一些差異，但與本發(fā)明的蛋白結(jié)合并調(diào)節(jié)其活性的化合物的劑量通常為約0.1mg-約100mg每天，優(yōu)選為約1.0mg-約50mg每天，更優(yōu)選為約l.Omg-約20mg每天。當(dāng)以注射劑形式向普通成年人(體重約60kg)非消化道給藥時(shí)，雖然根據(jù)患者、靶器官、癥狀和給藥方法存在一些差異，但方便的做法是靜脈內(nèi)注射約0.01mg-約30mg每天，優(yōu)選約0.1mg-約20mg每天，更優(yōu)選約0.1mg-約10mg每天的劑量。而且，在其它動(dòng)物的情況下，可以按60kg體重的標(biāo)準(zhǔn)常規(guī)換算出合適的施用量。評(píng)估患小細(xì)胞肺癌的受試者的預(yù)后本發(fā)明還提供評(píng)估患有SCLC的受試者的預(yù)后的方法，所述方法包括將受試細(xì)胞群體中的一種或多種SCLC相關(guān)基因的表達(dá)與的來自一系列疾病階段的患者的參照細(xì)胞群體中的相同SCLC相關(guān)基因的表達(dá)相比較的步驟。通過比較受試細(xì)胞群體與參照細(xì)胞群體中一種或多種SCLC相關(guān)基因的基因表達(dá)，或隨時(shí)間比較來源于受試者的受試細(xì)胞群體中基因的表達(dá)圖式，可以評(píng)估受試者的預(yù)后。例如，與正常對(duì)照中的表達(dá)相比，一種或多種上調(diào)SCLC相關(guān)基因，包括表3中所列的那些基因的表達(dá)增加，或與正常對(duì)照中的表達(dá)相比，一種或多種下調(diào)的SCLC相關(guān)基因，包括表2中所列的那些基因的表達(dá)減少，表示預(yù)后不佳。相反地，一種或多種表2-3中所列的SCLC相關(guān)基因的表達(dá)與正常對(duì)照中的表達(dá)相似，表示受試者預(yù)后比較良好。優(yōu)選地，可以通過比較選自表2和3中所列基因的一種或多種基因的基因表達(dá)模式來評(píng)估受試者的預(yù)后情況。區(qū)分SCLC和NSCLC本發(fā)明還提供通過比較一種或多種表4所列標(biāo)志基因的表達(dá)水平來區(qū)分SCLC和NSCLC的方法。與NSCLC表達(dá)水平相比，一種或多種表4所列標(biāo)志基因的表達(dá)水平增加，表示受試者患有SCLC。在本發(fā)明的上下文中，短語"NSCLC表達(dá)水平"是指在NSCLC患者來源的樣品中檢出的、一種或多種標(biāo)志基因或其編碼的蛋白的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方式中，NSCLC表達(dá)水平作為對(duì)照水平。對(duì)照水平可以是來自單個(gè)參照群體的單個(gè)表達(dá)沖莫式，或來自多個(gè)表達(dá)圖式的單個(gè)表達(dá)模式。例如，對(duì)照水平可以是以前檢測(cè)的來自NSCLC對(duì)照樣品的表達(dá)圖式的數(shù)據(jù)庫。在本發(fā)明中，優(yōu)選的NSCLC對(duì)照樣品可以是采用標(biāo)準(zhǔn)診斷方法，例如病理組織學(xué)試驗(yàn)鑒定的NSCLC組織或NSCLC細(xì)胞。或者，"NSCLC表達(dá)水平"是指在來源于NSCLC患者的樣品或來源于已知患有NSCLC的個(gè)體群的樣品中檢出的基因表達(dá)水平?？够熜韵嚓P(guān)基因的鑒定在本發(fā)明中，鑒定了晚期SCLC和晚期NSCLC中上調(diào)的基因，并與化療敏感性肺癌進(jìn)行了比較。這些抗化療性肺癌相關(guān)基因列于表5(SLC1590-1657)。SLC1590-1657中的一種或多種基因可用作確定包括SCLC和NSCLC在內(nèi)的抗化療性肺癌的診斷標(biāo)志。因此，在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供診斷受試者中的抗化療性肺癌或抗化療性肺癌發(fā)病傾向性的方法，包括確定來源于患者的生物樣品中選自表5所列基因的一種或多種抗化療性肺癌相關(guān)基因的表達(dá)水平，其中與該基因的對(duì)照水平相比，該樣品的表達(dá)水平增加，表示該受試者患有抗化療性肺癌或存在發(fā)生該抗化療性肺癌的危險(xiǎn)。在本發(fā)明中，對(duì)照水平可以得自化學(xué)治療敏感性肺癌樣品。例如，對(duì)照水平可以通過得自化學(xué)治療敏感性肺癌受試者的細(xì)胞或組織中的SLC1590-1657的表達(dá)才莫式來確定?；蛘?，可使用得自化學(xué)治療敏感性肺癌受試者的細(xì)胞或組織作為對(duì)照樣品。表5所列的抗化療性肺癌相關(guān)基因還可以用作治療或預(yù)防抗化療性肺癌的治療靶標(biāo)。因而，本發(fā)明進(jìn)一步提供治療或預(yù)防抗化療性肺癌的化合物的篩選方法。或者，本發(fā)明還提供治療或預(yù)防受試者中抗化療性肺癌的方法。在本發(fā)明中，本說明書中記載的SCLC相關(guān)的篩選方法或治療方法，還可以適用于抗化療性肺癌，使用SLC15卯-1657中的一個(gè)和多個(gè)基因作為耙標(biāo)基因。例如，本發(fā)明的治療方法包括下述步驟減少其表達(dá)在抗化療性肺癌中異常增加("上調(diào)，，或"過高表達(dá)"基因)的一種或多種基因的基因產(chǎn)物的表達(dá)或活性、或者表達(dá)和活性?？梢圆捎帽?br>技術(shù)領(lǐng)域：
內(nèi)公知的若干方法中的任何一種來抑制表達(dá)。例如，通過給受試者施用能抑制或拮抗一種或多種過高表達(dá)基因之表達(dá)的核酸可以抑制表達(dá)，所述核酸例如破壞一種或多種過高表達(dá)基因之表達(dá)的反義寡核香酸或小干擾RNA。此外，本發(fā)明中，鑒定了與化療敏感性SCLC相比在晚期SCLC中上調(diào)的基因。這些抗化療性SCLC相關(guān)基因列于表6(SCL1658-1663)。表6所列的基因是在表3所列的上調(diào)基因中作為抗化療性SCLC相關(guān)基因選出的。SCLC1658-1663可以用作確定抗化療性SCLC受試者的"^斷標(biāo)記。因此，在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供診斷受試者中的抗化療性SCLC或抗化療性SCLC發(fā)病傾向性的方法。本方法包括測(cè)定來源于患者的生物樣品中選自表6所列基因的一種或多種抗化療性肺癌相關(guān)基因的表達(dá)水平的步驟，與該基因的對(duì)照水平相比，該樣品表達(dá)水平增加，表示該受試者患有抗化療性SCLC或存在發(fā)生抗化療性SCLC的危險(xiǎn)。在本發(fā)明中，對(duì)照水平可以得自化療敏感性SCLC樣品。例如，對(duì)照水平可以根據(jù)從化療每丈感性SCLC受試者獲得的細(xì)胞或組織中SLC1658-1663的表達(dá)模式來確定?；蛘撸墒褂脧幕瘜W(xué)治療敏感性SCLC受試者獲得的細(xì)胞或組織作為對(duì)照樣品。表6所列的抗化療性肺癌相關(guān)基因還可以用作治療或預(yù)防抗化療性SCLC的治療靶標(biāo)。因而，本發(fā)明進(jìn)一步提供治療或預(yù)防抗化療性SCLC的化合物的篩選方法?；蛘?，本發(fā)明還提供治療或預(yù)防受試者中抗化療性肺癌的方法。在本發(fā)明中，本文中記載的SCLC相關(guān)的篩選方法或治療方法還可以適用于抗化療性SCLC，使用SLC1658-1663作為靶標(biāo)基因。試劑盒本發(fā)明還包括SCLC檢測(cè)試劑，例如特異性結(jié)合或鑒定一種或多種SCLC核酸的核酸，包括與SCLC核酸的一部分互補(bǔ)的寡核苷酸序列，或者與由SCLC核酸編碼的一種或多種蛋白結(jié)合的抗體。所述檢測(cè)試劑可以以試劑盒的形式包裝在一起。例如，可以將檢測(cè)試劑包裝在不同的容器中，例如核酸或抗體(可與固體基質(zhì)結(jié)合，或與使其同基質(zhì)結(jié)合的試劑分開包裝)、對(duì)照試劑(陽性和/或陰性)和/或可檢測(cè)標(biāo)記。試劑盒內(nèi)還可以包括實(shí)施所述測(cè)定的說明(如書面說明書、磁帶、VCR、CD-ROM等)。試劑盒的測(cè)定樣式可以為Northern雜交或夾心ELISA，二者都是本領(lǐng)域已知的。參見例如SambrookandRussell,Mo/ecw/arC7om'wg:jZ^oratojMa咖a/，3rdEdition:2001，ColdSpringHarborLaboratoryPress;andHarlowandLane,^w說ck^s,同上。例如，可以將SCLC檢測(cè)試劑固定于固體基質(zhì)如多孔片條(porousstrip)上，以形成至少一個(gè)SCLC檢測(cè)位點(diǎn)。多孔片條的測(cè)量區(qū)或檢測(cè)區(qū)可以包括多個(gè)位點(diǎn)，每個(gè)位點(diǎn)都含有核酸。測(cè)試片條也可以含有陰性和/或陽性對(duì)照的位點(diǎn)。或者，對(duì)照位點(diǎn)可以設(shè)置于與測(cè)試片條不同的片條上。任選地，不同的檢測(cè)位點(diǎn)可以含有不同量的固定化核酸，即第一個(gè)檢測(cè)位點(diǎn)量較多，隨后的位點(diǎn)量較少。添加受試樣品時(shí)，顯示可檢測(cè)信號(hào)的位點(diǎn)數(shù)目提供樣品中存在的SCLC的量的定量指標(biāo)。檢測(cè)位點(diǎn)的形狀可以是任何適宜的可檢測(cè)的形狀，一般為跨越測(cè)試片條寬度的條狀或點(diǎn)狀?；蛘?，試劑盒還含有包含一種或多種核酸的核酸基質(zhì)(nucleicacidsubstrate)陣列。陣列上的核酸特異性地鑒定由表2-3中所列的SCLC相關(guān)基因表示的一種或多種核酸序列。通過與陣列測(cè)試片條或芯片的結(jié)合水平可以鑒定由表2-3中所列的SCLC相關(guān)基因表示的2,3，4,5,6,7,8,9,10,15,20，25，40,50或更多種核酸的表達(dá)?；|(zhì)陣列可以存在于例如固體基質(zhì)上，所述固體基質(zhì)如美國專利5，744，305(本文引證并入其全部內(nèi)容)中描述的"芯片"。本發(fā)明中使用的陣列基質(zhì)可從例如Affymetrix，SantaClara,CA購置。陣列和核酸群(。luralities):本發(fā)明還包括含有一種或多種核酸的核酸基質(zhì)陣列。陣列上的核酸特異性地對(duì)應(yīng)由表2-3中所列的SCLC相關(guān)基因所示的一種或多種核酸序列。通過檢測(cè)與陣列結(jié)合的核酸，可鑒定由表2-3中所列的SCLC相關(guān)基因表示的2，3，4，5,6，7，8，9，10，15，20，25,40，50或更多種核酸的表達(dá)水平。本發(fā)明還包括分離的(isolated)多種核酸的群(即兩種以上核酸的混合物)。核酸可以存在于液相或固相中，例如固定于如硝酸纖維素膜的固體支持物上。核酸群包含由表2-3中所列的SCLC相關(guān)基因表示的一種或多種核酸。在多個(gè)實(shí)施方案中，核酸群包含由表2-3中所列的SCLC相關(guān)基因表示的2，3,4,5，6,7,8,9,10,15，20，25，40，50或更多種核酸。抑制小細(xì)胞肺癌的方法本發(fā)明還提供通過減少一種或多種表3中所列的SCLC相關(guān)基因的表達(dá)(或其基因產(chǎn)物的活性)、或者增加一種或多種表2中所列的SCLC相關(guān)基因的表達(dá)(或其基因產(chǎn)物的活性)來治療或減輕受試者中的SCLC癥狀的方法?？梢詫⑦m當(dāng)?shù)闹委熁衔镱A(yù)防性或治療性地施用于患有SCLC或處于SCLC發(fā)病危險(xiǎn)中(或?qū)CLC易感)的受試者。采用標(biāo)準(zhǔn)的臨床方法或者通過檢測(cè)一種或多種表2-3中所列的SCLC相關(guān)基因的異常表達(dá)水平或其基因產(chǎn)物的異?；钚?，可以鑒定出上述受試者。在本發(fā)明的上下文中，適當(dāng)?shù)闹委焺┌?，例如?xì)胞周期調(diào)控、細(xì)胞增殖和蛋白激酶活性的抑制劑。本發(fā)明的治療方法包括增加一種或多種下述基因的表達(dá)和/或其基因產(chǎn)物的活性的步驟與獲取SCLC細(xì)胞的相同組織類型的正常細(xì)胞相比，所述基因在SCLC細(xì)胞中表達(dá)減少("下調(diào)"或"過低表達(dá)"基因)。在這些方法中，使用有效量的化合物對(duì)受試者進(jìn)行治療，所述化合物提高受試者中一種或多種過低表達(dá)(下調(diào))的基因的量。給藥可以是全身給藥或局部給藥。適宜的治療化合物包括過低表達(dá)基因的多肽產(chǎn)物，其生物活性片段，和編碼過低表達(dá)基因且具有允許在SCLC細(xì)胞中表達(dá)的表達(dá)調(diào)控元件的核酸；例如提高SCLC細(xì)胞內(nèi)源性的此類基因的表達(dá)水平(即其上調(diào)一種或多種過低表達(dá)基因的表達(dá)水平)的物質(zhì)。施用這樣的化合物對(duì)抗受試者小細(xì)胞肺癌細(xì)胞中一種或多種異常過低表達(dá)基因的影響，并改善受試者的臨床狀況?；蛘撸景l(fā)明的治療方法可包括如下步驟減少在肺細(xì)胞中表達(dá)異常增加的基因("上調(diào)的"或"過高表達(dá)的"基因)的一種或多種基因產(chǎn)物的表達(dá)和/或活性。可以按照本領(lǐng)域已知的幾種方法中的任何一種來抑制表達(dá)。例如，通過給受試者施用抑制或拮抗一種或多種過高表達(dá)基因的表達(dá)的核酸可以抑制表達(dá)，所述核酸例如破壞一種或多種過高表達(dá)基因的表達(dá)的反義寡核苷酸或小干擾RNA。抑制性核酸如上所述，使用與表3中所列的SCLC相關(guān)基因的核苷酸序列互補(bǔ)的抑制性核酸(例如，反義寡核苷酸、siRNA、核酶)，可以減少所述基因的表達(dá)水平。例如，對(duì)于小細(xì)胞肺癌的治療，與表3中所列的在小細(xì)胞肺癌中上調(diào)的SCLC相關(guān)基因互補(bǔ)的抑制性核酸是有用的。具體地說，本發(fā)明的抑制性核酸通過與表3中所列的SCLC相關(guān)基因或與之對(duì)應(yīng)的mRNA結(jié)合，抑制基因的轉(zhuǎn)錄或翻譯，促進(jìn)mRNA降解和/或抑制表3中所列的SCLC相關(guān)基因所編碼的蛋白的表達(dá)，由此抑制蛋白的功能來發(fā)揮作用。在本文中，術(shù)語"抑制性核酸，，包括與靶序列完全互補(bǔ)的核苷酸和具有一個(gè)或多個(gè)核苷酸錯(cuò)配的核苷酸，只要該反義核酸能與靶序列特異性雜交。本發(fā)明的抑制性核酸包括那些在至少15個(gè)連續(xù)核苷酸的范圍內(nèi)，具有至少70%,75%,80%，85%,90%,95%,96%,97%,98%,99%或更高的同源性的多核香酸。兩個(gè)或兩個(gè)以上的核酸序列的同源性可使用本領(lǐng)域已知的算法確定。Altschul等最初發(fā)表于(1990)J.Mol.Biol.215:403-10的BLAST2.0是一個(gè)有用的算法。進(jìn)行BLAST分析的軟件通過美國國立生物技術(shù)信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation)對(duì)公眾開放(可以從萬維網(wǎng)www.ncbi.nlm.nih.gov獲4尋)。該算法首先通過鑒定查詢序列(querysequence)中長度為W的短字串(word)來鑒定高得分序列對(duì)(highscoringsequencepair,HSP)，在與數(shù)據(jù)庫序列中的等長字串進(jìn)行比對(duì)時(shí)，所述短字串與之一致或滿足正值閾值得分(positive-valuedthresholdscore)T。T稱為鄰域字串得分閾值(neighborhoodwordscorethreshold)(Altschuletal.,同前)。以這些最初的鄰域字串命中(neighborhoodwordhit)作為種子(seed)來開始檢索以尋找包含它們的更長的HSP。接著，沿各序列向兩邊延長字串命中，只要累積比對(duì)得分(cumulativealignmentscore)增加。對(duì)于核苷酸序列，可以使用參數(shù)M(對(duì)于匹配的殘基對(duì)的獎(jiǎng)分，總大于0)和N(對(duì)于不匹配的殘基對(duì)的罰分，總小于0)來計(jì)算出累積得分。對(duì)于氨基酸序列，可以使用打分矩陣來計(jì)算出累積得分。字串向各方向的延長在下述情況下終止累積比對(duì)得分由其最大達(dá)到值(maximumachievedvalue)下降了量X時(shí)，由于一個(gè)或多個(gè)負(fù)分殘基比對(duì)的累積而使累積得分為0或其以下時(shí)，或者到達(dá)任何一個(gè)序列的終點(diǎn)時(shí)。BLAST算法中的參數(shù)W、T和X決定比對(duì)的靈敏度和速度。BLASTN程序(用于核苷酸序列)作為缺省值使用字串長(W)11、期望值(E)10、截留值(cutoff)100、M=5、N=4以及兩條鏈的比較。對(duì)于氨基酸序列，BLASTP程序作為缺省值使用字串長(W)3、期望值(E)10和BLOSUM62打分矩陣(參見Henikoff&Henikoff(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:10915)。另一個(gè)有用的序列比對(duì)算法是PILEUP。PILEUP使用循序逐對(duì)比對(duì)(progressivepairwisealignment)由一組相關(guān)序列制作多序列比對(duì)。PILEUP它還可以繪制顯示在比對(duì)的制作中使用的聚類關(guān)系的樹圖(tree)。PILEUP使用Feng&Doolittle,(1987)J.Mol.Evol.35:351-60的循序比對(duì)方法的簡易版本。所采用的方法與Higgins&Sharp,(1989)CABIOS5:151-3描述的方法類似。該程序例如，最多可以比對(duì)300個(gè)最長為5000個(gè)字符的序列。多重比對(duì)的過程始于通過2個(gè)最相似序列的逐對(duì)比對(duì)來生成2個(gè)對(duì)比序列的聚類。接著，可以將該聚類與次最相關(guān)序歹'J(nextmostrelatedsequence)或比對(duì)序列的聚類進(jìn)行比對(duì)。2個(gè)序列聚類可以通過2個(gè)單獨(dú)序列的逐對(duì)比對(duì)的簡單延伸進(jìn)行比對(duì)。通過一系列循序逐對(duì)比對(duì)可以實(shí)現(xiàn)最終比對(duì)。該程序還用于繪制顯示聚類關(guān)系得樹狀圖(dendogram)或樹圖。通過將一定序列及其氨基酸或核苷酸的坐標(biāo)指定為序列比較區(qū)域，可以執(zhí)行該程序。例如，可以比對(duì)本發(fā)明的序列或編碼核酸，使其提供結(jié)構(gòu)-功能信息，以確定單體域家族中的保守氨基酸，或者比4交家族內(nèi)的單體域的序列。本發(fā)明的反義核酸通過如下方式作用于產(chǎn)生由SCLC相關(guān)標(biāo)志基因編碼的蛋白的細(xì)胞結(jié)合編碼該蛋白^DNA或mRNA，抑制它們的轉(zhuǎn)錄或翻譯，促進(jìn)mRNA降解，并抑制蛋白的表達(dá)，由此導(dǎo)致蛋白功能的抑制。通過與合適的基質(zhì)混合，可以將本發(fā)明的反義核酸制成外用制劑，如搽劑(liniment)或罨劑(poultice),其中所述合適的基質(zhì)對(duì)核酸是無活性的。并且根據(jù)需要，通過添加賦形劑、等滲劑(isotonicagents)、增溶劑、穩(wěn)定劑、防腐劑、鎮(zhèn)痛劑等，可以將本發(fā)明的反義核酸配制成例如片劑、粉末、顆粒、膠嚢、脂質(zhì)體膠嚢、注射劑、溶液、滴鼻劑和凍干劑。這些劑型可通過如下的公知方法制備。給患者施用本發(fā)明的反義核酸，可以直接將其施于患處，也可以將其輸入血管以使其到達(dá)患處。使用反義封固介質(zhì)(antisense-mountingmedium)可以提高持久性和膜通透性。所述反義封固介質(zhì)的例子包括但不限于脂質(zhì)體、聚-L-賴氨酸、脂質(zhì)、膽固醇、聘質(zhì)轉(zhuǎn)染試劑或它們的衍生物。本發(fā)明的反義核酸衍生物的劑量，可以根據(jù)患者的狀況適當(dāng)調(diào)整，并以所需的量使用。例如，可以施用的劑量范圍為0.1至100mg/kg，優(yōu)選O.l至50mg/kg。本發(fā)明的反義核酸抑制本發(fā)明蛋白的表達(dá)，因而可以用于抑制本發(fā)明4蛋白的生物活性。此外，含有本發(fā)明的反義核酸的表達(dá)抑制劑也可以用于抑制本發(fā)明的蛋白的生物活性。本發(fā)明的方法可以用于改變上調(diào)的SCLC相關(guān)基因在細(xì)胞中的表達(dá)，所述基因表達(dá)上調(diào)的原因例如細(xì)胞的惡性轉(zhuǎn)化。在靶細(xì)胞中，siRNA與對(duì)應(yīng)于表3中所列SCLC相關(guān)基因之一的轉(zhuǎn)錄物結(jié)合，導(dǎo)致細(xì)胞蛋白產(chǎn)生減少。本發(fā)明的反義核酸包括經(jīng)修飾的寡核苷酸。例如，可以使用硫羰酸化(thioated)寡核苷酸賦予寡核苦酸核酸酶抗性。而且，可以使用針對(duì)標(biāo)志基因的siRNA以降低標(biāo)志基因的表達(dá)水平。本文中，術(shù)語"siRNA"指阻止靶mRNA翻譯的雙鏈RNA分子?？梢圆捎脤iRNA導(dǎo)入細(xì)胞的標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)，這其中包括以DNA為RNA轉(zhuǎn)錄的模板的技術(shù)。在本發(fā)明的上下文中，siRNA含有有義核酸序列，以及針對(duì)上調(diào)標(biāo)志基因，包括表3中所列的SCLC相關(guān)基因的反義核酸序列。構(gòu)建siRNA以使其單一轉(zhuǎn)錄物具有來自靶基因的有義序列和互補(bǔ)的反義序列，例如為發(fā)夾結(jié)構(gòu)。如表3中所列的SCLC相關(guān)基因的siRNA與靶mRNA雜交，并由此通過與通常為單鏈的mRNA轉(zhuǎn)錄物結(jié)合，并藉此干擾蛋白的翻譯和表達(dá)，從而減少或抑制由表3中所列的SCLC相關(guān)基因編碼的多肽的產(chǎn)生。因此，本發(fā)明的siRNA分子可以根據(jù)其在嚴(yán)緊條件下與表3中所列的mRNA或cDNA特異性雜交的能力來定義。就本發(fā)明而言，術(shù)語"雜交"或"特異性雜交，，用來指兩種核酸分子在"嚴(yán)緊雜交條件"下雜交的能力。短語"嚴(yán)緊雜交條件，，指如下條件，在該條件下核酸分子，通常在核酸的復(fù)雜混合物中，與其靶序列雜交，但不與其它序列發(fā)生可檢測(cè)的雜交。嚴(yán)緊條件依賴于序列，并且在不同情況中是不同的。較長序列在較高溫度下特異性雜交。關(guān)于核酸雜交的全面指南見于Tijssen，rec/m々wS/o/ogy—外6nWz加.oww油iVwc/efcPraZ)as，"Overviewofprinciplesofhybridizationandthestrategyofnucleicacidassays"(1993)。一般;也,選4%的嚴(yán)緊條件為比在限定的離子強(qiáng)度、pH下具體序列的熱解鏈溫度(TJ低約定的離子強(qiáng)度、pH和核酸濃度下)的溫度(由于靶序列過量，Tm溫度下，有50%的探針在平衡狀態(tài)下被占用)。此外，通過添加去穩(wěn)定劑，如甲酰胺，也可以實(shí)現(xiàn)嚴(yán)緊條件。對(duì)選擇性或特異性的雜交而言，陽性信號(hào)為至少2倍于背景，優(yōu)選為10倍于背景雜交。示例性的嚴(yán)緊雜交條件可為如下在50%曱酰胺、5xSSC、1%SDS中于42。C保溫，或者在5xSSC、1%SDS中于65°C保溫，然后用0.2xSSC、0.1%SDS于50。C進(jìn)行洗滌。在本發(fā)明的上下文中，siRNA的長度優(yōu)選為少于500、200、100、50或25個(gè)核苷酸。更優(yōu)選地，siRNA的長度為約19-約25個(gè)核苷酸。為了增強(qiáng)siRNA的抑制活性，可以將一個(gè)或多個(gè)核苷酸"u"添加到靶序列的反義鏈的3，端。待添加的"u"的數(shù)目為至少2，通常為2-10,優(yōu)選2-5個(gè)。添加的"u，，在siRNA的反義鏈的3'端形成單鏈。SCLC相關(guān)基因(包括表3所列的那些)的siRNA,可以以能與mRNA轉(zhuǎn)錄物結(jié)合的形式直接導(dǎo)入細(xì)胞。在這些實(shí)施方案中，本發(fā)明的siRNA分子典型地如上述反義分子相關(guān)描述那樣進(jìn)行修飾。而其它的修飾也是可能的，例如膽固醇偶聯(lián)的siRNA顯示了改善的藥理學(xué)性質(zhì)。Songetal.NatureMed.9:347-51(2003):或者，編碼siRNA的DNA可以攜帶于載體中。例如，通過將SCLC相關(guān)基因靶序列以兩條鏈均能表達(dá)的方式(通過DNA分子的轉(zhuǎn)錄)克隆到表達(dá)載體中來制備上述載體，其中所述表達(dá)載體具有位于該耙序列側(cè)翼的、可操作連接的調(diào)控序列(Lee,N.S.,"a/.，(2002)NatureBiotechnology20:500-5.)。作為SCLC相關(guān)基因mRNA反義鏈的RNA分子由第一啟動(dòng)子(例如位于所克隆的DNA3'側(cè)的啟動(dòng)子序列)轉(zhuǎn)錄，作為SCLC相關(guān)基因mRNA的有義鏈的RNA分子由第二啟動(dòng)子(例如位于所克隆的DNA5，側(cè)的啟動(dòng)子序列)轉(zhuǎn)錄。所述有義鏈和反義鏈在體內(nèi)雜交，產(chǎn)生用于沉默SCLC相關(guān)基因的siRNA構(gòu)建體?；蛘?，可以利用兩個(gè)構(gòu)建體制備siRNA構(gòu)建體的有義鏈和反義鏈。克隆的SCLC相關(guān)基因可編碼具有二級(jí)結(jié)構(gòu)(例如發(fā)夾)的構(gòu)建體，其中，單一轉(zhuǎn)錄物具有來自靶基因的有義序列和互補(bǔ)的反義序列。為了形成發(fā)夾環(huán)結(jié)構(gòu)，可在有義序列和反義序列之間放置由任意核苷酸序列組成的環(huán)序列(loopsequence)。因此，本發(fā)明還提供具有通式5'-[A]-[B]-[A，]-3，的siRNA,其中，[A]為核糖核苷酸序列，其對(duì)應(yīng)于與表3所列的mRNA或cDNA特異性雜交的序列。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，[A]為對(duì)應(yīng)于選自表3的基因之序列的核糖核苷酸序列，[B]為由約3~約23個(gè)核苷酸組成的核糖核苷酸序列，和[A，]是由[A]的互補(bǔ)序列組成的核糖核苷酸序列。區(qū)域[A]和[A，]雜交，然后形成由區(qū)域[B]構(gòu)成的環(huán)。所述環(huán)序列的長度優(yōu)選為3-23個(gè)核苦酸。所述環(huán)序列，例如，可以選自由如下序列組成的組(在可見于萬維網(wǎng)http:〃www.ambion.com/techlib/tb/tb—506.html)。jt匕夕卜，由23個(gè)核苷酸組成的環(huán)序列也4是供活性siRNA(Jacque,J,M.，&a/.，(2002)Nature418:435-8.)。CCC，CCACC或CCACACC:Jacque，J.M.,ea/"(2002)Nature418:435-8。UUCG:Lee,N.S.，&a/.,(2002)NatureBiotechnology20:500-5.Fruscoloni，P"""/"(2003)Proc.Natl.Acad.Sci.USA100(4):1639-44.UUCAAGAGA:Dykxhoorn，D.M.，"a/"(2003)NatureReviewsMolecularCellBiology4:457-67.例如，具有本發(fā)明的發(fā)夾環(huán)結(jié)構(gòu)的優(yōu)選siRNA如下所示。相應(yīng)地，在一些實(shí)施方式中，環(huán)序列[B]可以選自CCC，UUCG,CCACC,CCACACC和UUCAAGAGA。優(yōu)選的環(huán)結(jié)構(gòu)是UUCAAGAGA(DNA中為"ttcaagaga")。對(duì)于ZIC5-siRNA:UCAAGCAGGAGCUCAUCUG-[B]-CAGAUGAGCUCCUGCUUGA(耙序列為SEQIDNO:171時(shí))。適當(dāng)?shù)膕iRNA的核苷酸序列可4吏用從Ambion網(wǎng)站(http:〃www,ambion.com/techlib/misc/siRNA一finder.html)可4尋到的siRNA"i殳計(jì)計(jì)算機(jī)程序來設(shè)計(jì)。所述計(jì)算機(jī)程序基于如下規(guī)程選擇核苷酸序列用于siRNA合成。選才奪siRNA靶位點(diǎn)1.從目標(biāo)轉(zhuǎn)錄物的AUG起始密碼子開始向下游掃描，尋找AA二核苷酸序列。記錄每個(gè)AA的出現(xiàn)及其3'側(cè)鄰近的19個(gè)核苷酸作為潛在的siRNA靶位點(diǎn)。Tuschl等在(1999)GenesDev13(24):3191-7中，不推薦針對(duì)5'和3'非翻譯區(qū)(UTRs)和鄰近起始密碼子的區(qū)域(75個(gè)堿基之內(nèi))設(shè)計(jì)siRNA,因?yàn)樯鲜鰠^(qū)域可能富含調(diào)控蛋白結(jié)合位點(diǎn)。UTR結(jié)合蛋白和/或翻譯起始復(fù)合物可干擾與siRNA內(nèi)切核酸酶復(fù)合物的結(jié)合。2.將所述潛在靶位點(diǎn)與人基因組數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比較，不考慮與其它編碼序列具有顯著序列同一性的任何靶序列?？刹捎肂LAST(AltschulSF,etal.,(1997)NucleicAcidsRes.25(17):3389-402.;(19卯)JMolBiol,215(3):403-10.)進(jìn)行序列同一性搜索，該程序可見于NCBI服務(wù)器www.ncbi.nlm.nih.gov/BLASIY。3.選擇合格的靶序列用于合成。使用Ambion算法，可優(yōu)選沿待評(píng)價(jià)的基因的長度選擇幾個(gè)把序列。包含靶序列例如SEQIDNO:171的核苷酸的核酸序列的分離的核酸分子、或與SEQIDNO:171的核苷酸的核酸序列互補(bǔ)的核酸分子也包括在本發(fā)明中。在本文中，"分離的核酸"是被從其固有環(huán)境(例如，當(dāng)天然存在是為天然環(huán)境)中取出的核酸分子，因而是從其天然狀態(tài)被以人工(synthetically)的方式改變的核酸分子。在本發(fā)明中，分離的核酸包括DNA、RNA及它們的衍生物。在本發(fā)明中，當(dāng)分離的核酸為RNA或其書t生物時(shí)，應(yīng)在核苷酸序列中將-威基"t"替換為"u，，。本文中，術(shù)語"互補(bǔ)的"指核酸分子的核苷酸單位之間形成Watson-Crick或Hoogsteen堿基配對(duì)，而術(shù)語"結(jié)合"指兩種核酸或化合物、或者相關(guān)核酸或化合物、或者其組合之間的物理或化學(xué)相互作用。互補(bǔ)的核酸序列在適宜條件下雜交，以形成幾乎不含或不含錯(cuò)配的穩(wěn)定雙鏈體。用于本發(fā)明的目的時(shí)，兩個(gè)序列的錯(cuò)配不超過5個(gè)即認(rèn)為互補(bǔ)。此外，本發(fā)明的分離的核苦酸的有義鏈和反義鏈可以通過雜交形成雙鏈核苷酸或發(fā)夾環(huán)結(jié)構(gòu)。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，這樣的雙鏈體的平均每IO個(gè)配對(duì)中出現(xiàn)的錯(cuò)配不超過1個(gè)。在特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，雙鏈體的鏈完全互補(bǔ)，即這樣的雙鏈不含錯(cuò)配。核酸分子少于4612個(gè)核苷酸(對(duì)于ZIC5)。例如，核酸分子的長度為少于約500、約200、或約75個(gè)核苷酸。本發(fā)明還包括包含一種或多種本文中描述的核酸的載體，以及包含該載體的細(xì)胞。對(duì)于針對(duì)ZIC5的siRNA或者編碼這些siRNA的DNA而言，本發(fā)明的分離的核酸是有用的。將這些核酸用于siRNA或編碼該siRNA的DNA時(shí)，有義鏈優(yōu)選為長于約19個(gè)核苦酸，更優(yōu)選長于約21個(gè)核香酸。本發(fā)明部分基于下述發(fā)現(xiàn)與非癌性肺細(xì)胞相比，編碼ZIC5的基因在小細(xì)胞肺癌(SCLC)中過高表達(dá)。ZIC5的cDNA長4612個(gè)核苷酸。ZIC5的核酸序列及多肽序列示于SEQIDNO:175和SEQIDNO:176。轉(zhuǎn)染含SEQIDNO:171的siRNA造成SCLC細(xì)胞系的生長抑制。Z/C5被鑒定為在SCLC中上調(diào)的基因，其是在大部分SCLC中活化的癌-睪丸抗原，在細(xì)胞的生長/生存中起核心作用，如northern印跡分析和siRNA實(shí)驗(yàn)所證實(shí)的。該基因編碼663個(gè)氨基酸的蛋白，其包含5個(gè)C2H2ZNF域。從結(jié)構(gòu)上，該分子為核酸結(jié)合型鋅離子結(jié)合蛋白(nucleicacidbindingZincionbindingprotein)。siRNA組合物的結(jié)構(gòu).本發(fā)明提供通過抑制ZIC5的表達(dá)來抑制細(xì)胞生長，即癌細(xì)胞生長的方法。例如，通過特異性以ZIC5基因?yàn)榘覙?biāo)的一種或多種小干擾RNA(siRNA)寡核普酸來抑制ZIC5的表達(dá)。ZIC5靶標(biāo)包括例如SEQIDNO:171的核苦酸。SCLC相關(guān)基因序列側(cè)翼的調(diào)節(jié)序列可以相同也可以不同，使得這些基因地表達(dá)應(yīng)能夠獨(dú)立地，或者以時(shí)間性或空間性方式得到調(diào)控。通過將SCLC相關(guān)基因的模板分別克隆到載體上，在細(xì)胞內(nèi)轉(zhuǎn)錄siRNA,其中所述載體含有例如來自小核RNA(snRNA)U6的RNA聚合酶III轉(zhuǎn)錄單元或人HIRNA啟動(dòng)子。為了將載體導(dǎo)入細(xì)胞，可以使用轉(zhuǎn)染增強(qiáng)劑(transfection-enhancingagent)。FuGENE(Rochediagnostices)，Lipofectamine2000(Invitrogen)，Oligofectamine(Invitrogen)和Nucleofactor(WakopureChemical)可以用作轉(zhuǎn)染增強(qiáng)劑。根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)方法，在體外檢測(cè)ZIC5mRNA的多個(gè)部分的寡核苷酸或者與這些部分互補(bǔ)的寡核苷酸的降低腫瘤細(xì)胞(例如，使用肺癌細(xì)胞系例如小細(xì)胞肺癌細(xì)胞系)中ZIC5產(chǎn)生的能力。使用ZIC5特異性抗體或其它檢測(cè)策略，檢測(cè)與不存在候選siRNA組合物的情況下培養(yǎng)的細(xì)胞相比，與所述候選siRNA組合物接觸的細(xì)胞中ZIC5轉(zhuǎn)錄物產(chǎn)物的減少。對(duì)于在體外基于細(xì)胞的測(cè)定或無細(xì)胞測(cè)定中減少ZIC5產(chǎn)生的序列，進(jìn)一步試驗(yàn)其對(duì)細(xì)胞生長的抑制作用。對(duì)于在體外基于細(xì)胞的試驗(yàn)或無細(xì)胞試驗(yàn)中抑制細(xì)胞生長的序列，在大鼠或小鼠中進(jìn)行體內(nèi)試驗(yàn)，以確認(rèn)ZIC5產(chǎn)生的減少和患有惡性腫瘤的動(dòng)物中腫瘤細(xì)胞生長的減少。惡性腫瘤的治療方法通過施用ZIC5的siRNA，可以治療具有以ZIC5過高表達(dá)為特征的腫瘤的患者。siRNA治療用于例如抑制含有小細(xì)胞肺癌(SCLC)或存在其發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)的患者中的ZIC5的表達(dá)。采用針對(duì)特定腫瘤類型的標(biāo)準(zhǔn)方法可以鑒定這樣的患者。采用例如計(jì)算機(jī)斷層攝影術(shù)(CT)、磁共振成象(MRI)、內(nèi)鏡逆行胰膽管造影術(shù)(ERCP)、磁共振胰膽管造影術(shù)(MRCP)或超聲波法，可以診斷小細(xì)胞肺癌(SCLC)。當(dāng)治療導(dǎo)致受試者體內(nèi)ZIC5表達(dá)減少或腫瘤的大小、患病率(prevalence)或轉(zhuǎn)移潛力降低等臨床效益時(shí)，其是有效的。當(dāng)預(yù)防性施用所述的治療時(shí)，"有效的"意味著治療延遲或防止腫瘤的形成，或者延遲、防止或減輕腫瘤的臨床癥狀?？梢耘c任何已知的診斷或治療特定腫瘤類型的方法相結(jié)合來判別有效性。參見/^廳"o"/V/wci^/asA/e<iz'c/we，Kasper，ef"/.,eds，2005，McGraw-Hill。siRNA治療是通過對(duì)患者施用一種或多種siRNA寡核苷酸來進(jìn)行的，施用是利用編碼本發(fā)明的siRNA的標(biāo)準(zhǔn)載體，和/或通過基因送遞系統(tǒng)，例如送遞合成siRNA分子。典型地，對(duì)合成性siRNA分子進(jìn)行化學(xué)穩(wěn)定化，以防止在體內(nèi)被核酸酶降解?；瘜W(xué)穩(wěn)定化RNA分子的制備方法是本
技術(shù)領(lǐng)域：
公知的。典型地，這樣的RNA分子包含經(jīng)修飾的骨架和核苷酸，以防止核糖核酸酶作用。而其它的修飾也是可能的，例如膽固醇偶聯(lián)的siRNA顯示改善的藥理學(xué)性質(zhì)(Songetal.(2003)NatureMed.9:347-51)。特別是這其中，適宜的基因送遞系統(tǒng)可包括脂質(zhì)體、受體介導(dǎo)的送遞系統(tǒng)或病毒載體包括皰滲病毒、逆轉(zhuǎn)錄病毒、腺病毒、腺伴隨病毒等。治療用核酸組合物可以配制在藥學(xué)可接受的載體中。治療組合物還可以包含諸如上述的基因送遞系統(tǒng)。藥學(xué)可接受的載體是適于給動(dòng)物施用的生物相容性媒介物(vehicles),例如生理鹽水?；衔锏闹委熡行Я渴强梢栽谑苤委煹膭?dòng)物中取得滿意的醫(yī)療結(jié)果的量，例如減少ZIC5基因產(chǎn)物的產(chǎn)生、減少細(xì)胞生長例如增殖，或減少腫瘤生長。非消化道給藥，包括靜脈內(nèi)、皮下、肌肉內(nèi)和腹腔內(nèi)送遞途徑，可以用于送遞ZIC5的siRNA組合物。對(duì)于肺腫瘤的治療，向肺動(dòng)脈中直接輸注是有用的。對(duì)于任何一位患者的劑量依賴于多種因素，例如患者的身材(size)、體表面積、年齡、施用的具體核酸、性別、給藥時(shí)間及給藥途徑、總體健康情況以及同時(shí)施用的其它藥物。核酸的靜脈內(nèi)施用劑量為約106~1022拷貝的核酸分子。多核苷酸采用標(biāo)準(zhǔn)方法施用，例如，注射到肌肉、皮膚等組織間隙中、導(dǎo)入循環(huán)系統(tǒng)或體腔、或者吸入或吹入。多核苷酸與水性或部分水性的藥學(xué)可接受的液體載體一起注射到或者其它方式送遞到動(dòng)物體內(nèi)。多核苷酸可以與脂質(zhì)體(例如陽離子或陰離子脂質(zhì)體)結(jié)合。多核苷酸包含在靶細(xì)胞中表達(dá)所必需的基因信息，例如啟動(dòng)子。本發(fā)明的抑制性寡核苷酸抑制一種或多種本發(fā)明的多肽的表達(dá)，因而有用于抑制一種或多種本發(fā)明多肽的生物活性。此外，包含本發(fā)明的反義寡核苦酸或siRNA的表達(dá)抑制劑可以抑制一種或多種本發(fā)明的多肽的生物活性，因而是有用的。因此，包含一種或多種本發(fā)明的反義寡核苷酸或siRNA的組合物可以用于治療小細(xì)胞肺癌。抗體或者，可以通過施用與基因產(chǎn)物結(jié)合或以其它方式抑制基因產(chǎn)物功能的化合物，來抑制在SCLC中過高表達(dá)的基因的一種或多種基因產(chǎn)物的功能。例如，所述化合物是與一種或多種過高表達(dá)的基因產(chǎn)物結(jié)合的抗體。本發(fā)明涉及抗體特別是針對(duì)由上調(diào)的標(biāo)志基因所編碼的蛋白的抗體、或所述抗體的片段的用途。如本文中使用的，術(shù)語"抗體"指一種具有特定結(jié)構(gòu)的免疫球蛋白分子，其僅與用于合成該抗體的抗原(即上調(diào)標(biāo)記的基因產(chǎn)物)或與其緊密相關(guān)的抗原相互作用(即結(jié)合)。此外，抗體可以是抗體片段或修飾的抗體，只要其可以結(jié)合一種或多種標(biāo)志基因編碼的蛋白。例如，所述抗體片段可以是Fab、F(ab，)2、Fv、或?qū)碜訦鏈和L鏈的Fv片段通過合適的接頭連接而成的單鏈Fv(scFv)(Hustonaa/.,(1988)ProcNatlAcadSciUSA85:5879-83)。更具體地，可以用酶包括木瓜蛋白酶或胃蛋白酶處理抗體以產(chǎn)生抗體片段。或者，'可以構(gòu)建編碼該抗體片段的基因，將其插入合適的表達(dá)載體，并在適合的宿主細(xì)胞中表達(dá)(參見例如CoM.S."o/.，(1994)JImmunol152:2968-76;BetterM.andHorwitzA.H.(1989)MethodsEnzymol178:476-96;PluckthunA.andSkerraA.(1989)MethodsEnzymol178:497-515;LamoyiE.(1986)MethodsEnzymol121:652-63;Rousseauxda/.，(1986)MethodsEnzymol121:663-9;BirdR.E.andWalker,B.W.(1991)TrendsBiotechnol9:132-7)?？贵w可以通過與各種分子如聚乙二醇(PEG)偶聯(lián)來加以修飾。本發(fā)明提供這樣的修飾抗體?？赏ㄟ^將抗體進(jìn)行化學(xué)修飾來獲得修飾抗體。這些修飾方法是本領(lǐng)域常規(guī)的。50人抗體的恒定區(qū)之間的嵌合抗體，或者作為含有來源于非人抗體的互補(bǔ)決定區(qū)(CDR)、來源于人抗體的框架區(qū)(FR)及恒定區(qū)的人源化抗體。所述抗體可利用已知技術(shù)制備。人源化可通過用嚙齒類的CDRs或CDR序列取代人抗體的相應(yīng)序歹寸的方式進(jìn)4亍(見例如Verhoeyen"<a/.，(1988)Scz'e"ce239:1534-1536)。因而，這樣的人源化抗體是嵌合抗體，其中實(shí)質(zhì)上小于完整人可變域的區(qū)域已被來自非人物種的相應(yīng)序列取代。除人框架區(qū)和恒定區(qū)外還包含人可變區(qū)的完整人抗體也是可以利用的。這樣的抗體可利用本領(lǐng)域已知的各種技術(shù)制備。例如，體外方法包括使用在噬菌體上展示的人抗體片段的重組文庫(例如，Hoogenboom&Winter(1992)J.Mol.Biol.227:381-8)。類似地，可通過將人免疫球蛋白基因座引入轉(zhuǎn)基因動(dòng)物，例如內(nèi)源性免疫球蛋白基因部分或完全失活的小鼠，來制備人抗體。該方法描述于例如美國專利Nos.6,150,584;5，545，807;5,545,806;5,569,825;5,625,126;5,633,425;5,661,016。指向癌細(xì)胞中發(fā)生的特異性分子變化的癌癥療法已經(jīng)通過下述抗癌藥的臨床開發(fā)和管理機(jī)構(gòu)的批準(zhǔn)得到了驗(yàn)證用于治療晚期小細(xì)胞肺癌的曲妥單抗(trastuzumab)(Herceptin)，用于治療慢性髓性白血病的甲磺酸伊馬替尼(imatinibmethylate)(Gleevec)，用于治療非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)的gefitinib(Iressa)和用于B細(xì)胞淋巴瘤和外膜細(xì)胞(mantlecdl)淋巴瘤的rituximab(抗CD20mAb)(CiardielloFandTortoraG.(2001)ClinCancerRes.;7(10):2958-70.Review.;SlamonDJ,da/.,(2001)NEnglJMed.;344(11):783-92.;RehwaldU,da/.,(2003)Blood.;101(2):420-4.;FangG，da/.,(2000).Blood，96,2246-53.)。這些藥物臨床上是有效的，并且比傳統(tǒng)抗癌劑具有更好的耐受性，因?yàn)樗鼈儍H僅靶向轉(zhuǎn)化的細(xì)胞。因此，這些藥物不僅改善了癌癥患者的存活率和生活質(zhì)量，而且證明了分子靶向癌癥療法理念的合理性。另外，當(dāng)耙向藥物與標(biāo)準(zhǔn)化療組合使用時(shí)，可以增強(qiáng)標(biāo)準(zhǔn)化療的效力(GianniL.(2002).Oncology,63Suppl1，47-56.;KlejmanA，da/.,(2002).Oncogene,21，5868-76.)。因此，未來的癌癥治療將很可能涉及將常規(guī)藥物與針對(duì)腫瘤細(xì)胞不同特性如血管生成(angiogenesis)和浸潤性(invasiveness)的靶特異性試劑組合。這些調(diào)節(jié)方法可以離體OxvzVo)、體外(例如通過在藥物的存在下培養(yǎng)細(xì)胞)或體內(nèi)(例如通過給受試者施用藥物)進(jìn)行。所述方法包括作為對(duì)抗(counteract)差異表達(dá)基因的異常表達(dá)或其基因產(chǎn)物的異?；钚缘寞煼?，施用蛋白或蛋白的組合、或者核酸分子或核酸分子的組合?？梢杂棉卓?即降低或抑制)一種或多種過高表達(dá)基因之活性的治療劑來治療以所述基因和基因產(chǎn)物的表達(dá)水平或生物活性(相對(duì)于未患有疾病或病癥的受試者)分別增加為特征的疾病和病癥。可以治療性或預(yù)防性地施用拮抗活性的治療劑。因此，可以用于本發(fā)明上下文中的治療劑包括例如(i)過高表達(dá)或過低表達(dá)的一種或多種基因的多肽或其類似物、衍生物、片段或同源物；(ii)抗過高表達(dá)基因或基因產(chǎn)物的抗體；(iii)編碼過高表達(dá)或過低表達(dá)的一種或多種基因的核酸；(iv)反義核酸或"功能障礙(dysfimctional)性"核酸(即，由于在一種或多種過高表達(dá)基因的核酸內(nèi)的異源插入所致)；(v)小干擾RNA(siRNA);或(vi)調(diào)節(jié)劑(即，改變過高表達(dá)或過低表達(dá)多肽與其結(jié)合配偶物(bindingpartner)之間的相互作用的抑制劑、激動(dòng)劑和拮抗劑)。使用功能障礙性反義分子，通過同源重組來"敲除"多肽的內(nèi)源性功能(參見例如Capecchi，(1989)Science244:1288-92)。以生物活性下降(相對(duì)于未患有疾病或病癥的受試者)為特征的疾病和病癥，可以使用提高活性(即，對(duì)該活性是激動(dòng)劑)的治療劑進(jìn)行治療。上調(diào)活性的治療劑可以以治療或預(yù)防的方式施用。可用的治療劑包括但不限于提高生物利用度(bioavailability)的激動(dòng)劑或多肽(或其類似物、衍生物、片段或同源物)。通過獲取患者組織樣品(例如從活;險(xiǎn)組織)，并在體外4企測(cè)其RNA或肽水平、表達(dá)的肽(或表達(dá)有所改變的基因的mRNA)的結(jié)構(gòu)和/或活性，來定量肽和/或RNA，^v而可以容易地;險(xiǎn)測(cè)出水平的上升或下降。本領(lǐng)域<^知的方法包括但不限于免疫測(cè)定法(例如在Western印跡分析、免疫沉淀后進(jìn)行十二烷基磺酸鈉(SDS)聚丙烯酰胺凝膠電泳、免疫細(xì)胞化學(xué)等)和/或檢測(cè)mRNA表達(dá)的雜交測(cè)定(例如Northern測(cè)定、點(diǎn)印跡、原位雜交等)。預(yù)防性施用在出現(xiàn)疾病的明顯臨床癥狀之前進(jìn)行，以阻止疾病或病癥的出現(xiàn)或者延遲其進(jìn)程。本發(fā)明的療法可以包括使細(xì)胞與調(diào)節(jié)劑接觸的步驟，所述調(diào)節(jié)劑調(diào)節(jié)一種或多種差異表達(dá)基因的基因產(chǎn)物的活性。蛋白活性調(diào)節(jié)劑的例子包括但不限于核S吏、蛋白、這些蛋白的天然存在的關(guān)連配體(naturally-occurringcognateligands)、肽、肽模擬物及其它小分子。例如，合適的試劑可以刺激一種或多種差異性過低表達(dá)基因的一種或多種蛋白的活性。針對(duì)小細(xì)胞肺癌的預(yù)防接種(vaccinate)本發(fā)明還涉及治療或預(yù)防受試者中的小細(xì)胞肺癌的方法，該方法包括如下步驟對(duì)所述受試者施用疫苗，其中所述疫苗包含由選自表3中所列的SCLC相關(guān)基因(即上調(diào)基因)的一種或多種核酸編碼的一種或多種多肽、所述多肽的免疫活性片段(即表位)或者編碼所述多肽或其片段的多核香酸。施用所述一種或多種多肽在受試者中誘導(dǎo)抗腫瘤免疫。為了誘導(dǎo)抗肺瘤免疫，給有需要的受試者施用由選自表3中所列的SCLC相關(guān)基因的一種或多種核酸編碼的一種或多種多肽，所述多肽的免疫活性片段或者編碼所述多肽或其片段的多核苦酸。多肽或其免疫活性片段可以用作針對(duì)SCLC的疫苗。在一些情況下，蛋白或其片段可以以結(jié)合于T細(xì)胞受體(TCR)或由抗原呈遞細(xì)胞(APC)，包括巨噬細(xì)胞、樹突狀細(xì)胞(DC)或B細(xì)胞呈遞的形式進(jìn)行施用。由于DC具有強(qiáng)抗原呈遞能力，所以在APC中使用DC是最優(yōu)選的。免疫學(xué)活性片段(即表位)的鑒定是本
技術(shù)領(lǐng)域：
公知的。B細(xì)胞表位是由鄰近氨基酸或通過蛋白質(zhì)的三維折疊而并置的非鄰近氨基酸所形成的。典型地，由鄰近氨基酸形成的表位即使暴露在變性溶劑中仍能得以維持，而通過三維折疊形成的(即由立體構(gòu)象決定的)表位，則典型地會(huì)在變性溶劑處理時(shí)喪失。典型地，在表位的特有空間立體構(gòu)象中包含至少3個(gè)，更通常為至少5個(gè)或810個(gè)氨基酸。確定表位的空間構(gòu)象的方法有例如X射線晶體學(xué)及二維核磁共振法。參見例如五p/topeMap//"g尸ratoco/sfwMeAodsz'"ilfo/ecw/ar5z.o/ogy,Vol.66,GlennE.Morris,Ed.(1996)。通過簡單的免疫測(cè)定(例如竟?fàn)幗Y(jié)合ELISA或固相ii射免疫測(cè)定法(SPRIA))可以鑒定識(shí)別相同表位的抗體，其中所述免疫測(cè)定顯示一種抗體具有阻止另一抗體與靶抗原結(jié)合的能力。T細(xì)胞對(duì)于CD8細(xì)胞而言識(shí)別約9個(gè)氨基酸的連續(xù)表位，對(duì)于CD4細(xì)胞而言識(shí)別約1315個(gè)氨基酸的連續(xù)表位。通過測(cè)量抗原依賴性增殖的體外測(cè)定可以鑒定識(shí)別這些表位的抗原，所述抗原依賴性增殖可以通過受刺激的T細(xì)胞應(yīng)答于表位的3H-胸苷攝取(Burke"a/.,/170,1110-9(1994))、抗原依'賴性殺傷(細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞測(cè)定，Tiggesda/"http:///wmmo/.(1996)156:3901-10)或細(xì)胞因子的分泌來確定。免疫原'1"生表4立的確定方法見例^口Reineke,efaZ"Cwr7bp_Mfcra&o/im附w"o/(1999)243:23-36;Mahler，da/.,C7z.w/www"o/(2003)107:65-79;AnthonyandLehmann,M"Ws(2003)29:260-9;ParkerandTomer,Mo/脂(2000)146:185-201;DeLisser,MdWsM/脂(1999)96:11-20;VandeWater,da/.,/畫歸//畫,;a^zo/(1997)85:229-355Carter,Md/zc^M/B/o/(1994)36:207-23;和Pettersson,Mo/歷o/i印(1992)16:149-53的描述。在本發(fā)明中，針對(duì)SCLC的疫苗是指具有接種于動(dòng)物后誘導(dǎo)抗腫瘤免疫之能力的物質(zhì)。根據(jù)本發(fā)明，由表3中所列的SCLC相關(guān)基因編碼的多肽或其片段被認(rèn)為是HLA-A24或HLA-A*0201限制性表位肽，它們可誘導(dǎo)針對(duì)表達(dá)表3中所列的SCLC相關(guān)基因的SCLC細(xì)胞的強(qiáng)力且特異的免疫反應(yīng)。因此，本發(fā)明還包括使用多肽誘導(dǎo)抗腫瘤免疫的方法。一般而言，抗腫瘤免疫包括諸如以下的免疫應(yīng)答-誘導(dǎo)抗腫瘤的細(xì)胞毒性淋巴細(xì)胞，-誘導(dǎo)識(shí)別腫瘤的抗體，和-誘導(dǎo)抗腫瘤細(xì)胞因子的產(chǎn)生。因此，當(dāng)某蛋白接種動(dòng)物后誘導(dǎo)上述任一種免疫應(yīng)答時(shí)，確定該蛋白具有抗腫瘤免疫誘導(dǎo)效果。由蛋白誘導(dǎo)的抗腫瘤免疫可以通過在體內(nèi)或體外觀察宿主中的免疫系統(tǒng)針對(duì)該蛋白的應(yīng)答來加以檢測(cè)。例如，檢測(cè)細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞的誘導(dǎo)的方法是公知的。具體地，進(jìn)胞。以抗原特異性方式應(yīng)答于APC所呈遞抗原的T細(xì)胞由于該抗原的刺激而分化為細(xì)胞毒性T細(xì)胞(或細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞；CTL),然后增殖(這稱為T細(xì)胞活化)。因此，某個(gè)肽的CTL誘導(dǎo)可以通過將該肽經(jīng)由APC呈遞于T細(xì)胞，然后檢測(cè)CTL的誘導(dǎo)，來進(jìn)行評(píng)估。此外，APC具有激活CD4+T細(xì)胞，CD8+T細(xì)胞，巨噬細(xì)胞，嗜酸粒細(xì)胞(eosin叩hil)和NK細(xì)胞的功效。由于CD4+T細(xì)胞和CD8+T細(xì)胞在抗腫瘤免疫中也是重要的，可使用這些細(xì)胞的激活效應(yīng)作為指標(biāo)來評(píng)價(jià)肽的抗腫瘤免疫誘導(dǎo)作用。參見Coligan，CwrewfiVotoco/sTwmwwo/ogy,同前。使用樹突狀細(xì)胞(DC)作為APC評(píng)價(jià)CTL誘導(dǎo)作用的方法在本領(lǐng)域中是眾所周知的。在APC中，DC是具有最強(qiáng)CTL誘導(dǎo)作用的代表性APC。在該方法中，首先使受試多肽與DC接觸，然后使這些DC與T細(xì)胞接觸。在與DC接觸后，如果檢測(cè)出具有針對(duì)目標(biāo)細(xì)胞的細(xì)胞毒性作用的T細(xì)胞，則表示該受試多肽具有誘導(dǎo)細(xì)胞毒性T細(xì)胞的活性。CTL的抗腫瘤活性可以例如采用"Cr標(biāo)記的腫瘤細(xì)胞的裂解(lysis)作為指標(biāo)來進(jìn)行^r測(cè)。或者，采用3&胸苷攝取活性或LDH(乳糖脫氫酶)釋放作為指標(biāo)來評(píng)價(jià)腫瘤細(xì)胞損傷程度的方法也是眾所周知的。除DC外，外周血單核細(xì)胞(PBMC)也可用作APC。已報(bào)道通過在存在GM-CSF和IL-4的情況下培養(yǎng)PBMC來增強(qiáng)CTL的誘導(dǎo)。相似地，已顯示在存在鑰孔戚血藍(lán)蛋白(KLH)和IL-7的條件下培養(yǎng)PBMC可誘導(dǎo)CTL。通過這些方法確定為具有CTL誘導(dǎo)活性的受試多肽視為具有DC激活效應(yīng)和隨后的CTL誘導(dǎo)活性的多肽。因此，誘導(dǎo)針對(duì)腫瘤細(xì)胞的CTL的多肽可用作抗腫瘤的疫苗。此外，通過與所述多肽接觸而獲得誘導(dǎo)針對(duì)腫瘤的CTL的能力的APC也可用作抗腫瘤的疫苗。此外，通過APC呈遞多肽抗原而獲得細(xì)胞毒性的CTL也可用作抗腫瘤的疫苗。利用由APC和CTL產(chǎn)生的抗肺瘤免疫的這些腫瘤治療方法稱為細(xì)胞免疫療法。一般來說，當(dāng)細(xì)胞免疫療法使用多肽時(shí)，已知通過組合多種具有不同結(jié)構(gòu)的多肽并使它們與DC接觸可增加CTL誘導(dǎo)的效率。因此，當(dāng)用蛋白片段刺激DC時(shí)，使用多種類型的片段的混合物是有利的?；蛘撸嚯膶?duì)抗肺瘤免疫的誘導(dǎo)可以通過觀察針對(duì)腫瘤的抗體產(chǎn)生的誘導(dǎo)來進(jìn)行確認(rèn)。例如，當(dāng)用多肽免疫的實(shí)驗(yàn)動(dòng)物中誘導(dǎo)產(chǎn)生抗該多肽的抗體并且這些抗體抑制腫瘤細(xì)胞生長時(shí)，所述多肽視為具有誘導(dǎo)抗胂瘤免疫的能力。施用本發(fā)明的疫苗誘導(dǎo)抗腫瘤免疫，而該抗腫瘤免疫的誘導(dǎo)為治療和預(yù)防SCLC提供了可能?？拱┲委熁?qū)Π┌Y發(fā)病的預(yù)防可以包括任何下述步驟，包括癌性細(xì)胞生長的抑制，癌癥的退縮(involution)以及癌發(fā)生的抑制。癌癥的治療或預(yù)防還包括患有癌癥的個(gè)體死亡率和發(fā)病率降低、血液中腫瘤標(biāo)志水平減少、癌癥伴發(fā)的可^r測(cè)癥狀的緩解等。所述治療性和預(yù)防性效果優(yōu)選是統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著的。例如，在觀察中顯著性水平為5%或更低，其進(jìn)行比較。例如，可將Student'st-檢驗(yàn)，Mann-WhitneyU-檢驗(yàn)或ANOVA用于統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。上述具有免疫活性的蛋白或編碼該蛋白的載體可與佐劑組合。佐劑是指當(dāng)與具有免疫活性的蛋白共同(或相繼)施用時(shí)能增強(qiáng)針對(duì)該蛋白的免疫應(yīng)答的化合物。例示性的佐劑包括但不限于霍亂毒素(choleratoxin)、沙門氏菌毒素(salmonellatoxin)、明礬(alum)等。此外，本發(fā)明的疫苗可適宜地與藥學(xué)可接受的載體組合。這樣的載體的例子包括但不限于無菌水、生理鹽水、磷酸鹽緩沖液、培養(yǎng)液等。此外，疫苗可根據(jù)需要包含穩(wěn)定劑，懸浮劑，防腐劑，表面活性劑等。疫苗可全身或局部地進(jìn)行施用，例如通過真皮內(nèi)、肌肉內(nèi)、皮下、經(jīng)皮、含服或鼻內(nèi)途徑。疫苗施用可以通過單次給藥進(jìn)行，或者通過多次給藥來強(qiáng)化(boost)。當(dāng)使用APC或CTL作為本發(fā)明的疫苗時(shí)，可以例如通過離體方法治療或預(yù)防腫瘤。更具體地，可以收集接受治療或預(yù)防的受試者的PBMC，佳_細(xì)胞與多肽在離體條件下接觸，-秀導(dǎo)APC或CTL,然后將該細(xì)胞施用于受試者。也可通過將編碼多肽的載體在離體條件下導(dǎo)入PBMC中來誘導(dǎo)APC。體外誘導(dǎo)的APC或CTL可以在施用前進(jìn)行克隆。通過克隆和培養(yǎng)具有高靶細(xì)胞破壞活性的細(xì)胞，可以更有效地實(shí)施細(xì)胞免疫治療。此外，以該方式分離的APC和CTL不僅可以用于針對(duì)提供細(xì)胞的受試者進(jìn)行細(xì)胞免疫治開發(fā)疫苗的一4殳方'法侈'J^口Fiacc/"e/Votoco/s，RobinsonandCranage,Eds"2003,HumanaPress;Marshall,Z/aw^ooA:.-^尸raWc"/Gw油/b/-C7/m'c/am1，2003,LippincottWilliams&Wilkins;andFacc/weDe/fve^y5Vra&g/ey，Dietrich,"<a/.，Eds"2003,SpringerVerlag中的描述。用于抑制SCLC的藥物組合物進(jìn)一步提供含有藥學(xué)有效量的本發(fā)明的多肽的藥物組合物，其用于治療或預(yù)防包括例如SCLC等癌癥在內(nèi)的細(xì)胞增殖性疾病。該藥物組合物可以用于引發(fā)抗腫瘤免疫。本發(fā)明中，適宜的藥物制劑包括適于口服、直腸、鼻、局部(包括含服或舌下)、陰道或非消化道(包括肌內(nèi)、皮下和靜脈內(nèi))施用的制劑，或者適于通過p及入或吹入(insufflation)施用的制劑。優(yōu)選靜脈內(nèi)施用。制劑可以任選包裝在離散的劑量單位(dosageunit)中。適于口服施用的藥物制劑包括膠嚢劑、扁嚢劑(cachet)或片劑，它們各含有預(yù)定量的活性成分。適合的制劑還包括粉末、顆粒，溶液，懸浮液或乳液?；钚猿煞挚梢匀芜x以大丸藥糖劑(boluselectuary)或糊劑(paste)的形式施用。用于口服給藥的片劑和膠嚢劑可含有常規(guī)賦形劑，包括粘合劑、填充劑、潤滑劑、崩解劑或濕潤劑。片劑可通過壓縮或成型來制備，其中任選含有一種或多種配方成分。壓縮片劑可通過如下方法制備將活性成分以自由流動(dòng)的形式(如粉末或顆粒)任選地與粘合劑、潤滑劑、惰性稀釋劑、潤滑劑、表面活性劑和/或分散劑混合，在適當(dāng)?shù)臋C(jī)器中進(jìn)行壓縮。成型片劑可通過如下方法制備在適當(dāng)?shù)臋C(jī)器中對(duì)利用無活性液體稀釋劑濕潤的粉末化合物的混合物進(jìn)行成型。所述片劑可根據(jù)本領(lǐng)域已知的方法進(jìn)行包衣(coated)。口服液體制備物可以是例如水性或油性的懸濁液、溶液、乳液、糖漿或酏劑的形式，或者也可以作為干燥產(chǎn)物提供，在使用前用水或其它適宜溶媒構(gòu)建。所述液體制備物可含有常規(guī)添加劑，包括懸浮劑，乳化劑，非水性溶媒(可包括食用油)和/或防腐劑。片劑可任選地配制以提供其中活性成分的緩釋或控釋。片劑的包裝中可以包含每月服用的一片藥物。適于非消化道施用的制劑包括水性和非水性的無菌注射溶液，其中任選地含有抗氧化劑、緩沖劑、抑菌劑(bacteriostat)和使得制劑與目標(biāo)受體的血液等張的(isotonic)溶質(zhì)；以及水性和非水性的無菌懸浮液，其中含有懸浮劑和/或增稠劑。所述制劑可以在單位劑量或多劑量容器中提供，例如作為密封的安瓿和小瓶；還可以在冷凍-干燥(凍干的)條件下保存，這樣僅需要在即將使用前添加無菌液體載體例如鹽水、注射用水。或者，可提供所述制劑用于連續(xù)輸注(continuousinfUsion)。即配即用的注射溶液和懸浮液可由前述的無菌粉末、顆粒及片劑的類型制備。適于直腸給藥的制劑包括栓劑(suppository)及標(biāo)準(zhǔn)載體如可可脂或聚乙二醇。適于口內(nèi)局部給藥，例如口腔或舌下給藥的制劑包括錠劑(lozenge)和軟錠劑(pastille),其中錠劑在調(diào)味基質(zhì)，如蔗糖和阿拉伯膠(acacia)或黃蓍膠中包含活性成分，而軟錠劑在基質(zhì)，如明膠和甘油或蔗糖和阿拉伯膠中包含活性成分。鼻內(nèi)給藥時(shí)，本發(fā)明的化合物可以用作液體噴霧劑、可分散粉末，或以滴鼻劑(drop)的形式。滴劑可用水性或非水性基質(zhì)配制，該基質(zhì)中也含有一種或多種分散劑、增溶劑或懸浮劑。吸入給藥時(shí)，可以由吹入器、霧化器、加壓包裝(pressurizedpack)或其它輸送氣溶膠噴霧的便利裝置方便地送遞化合物。加壓包裝可含有適宜的噴射劑，如二氯二氟甲烷、三氯氟曱烷，二氯四氟乙烷、二氧化碳或其它適宜氣體。在加壓氣溶膠的情況下，可通過提供輸送計(jì)量量(meteredamount)的閥門來確定劑量單位?；蛘?，通過吸入或吹入給藥時(shí)，化合物可以是干粉組合物的形式，例如該化合物與適宜粉末基質(zhì)(如乳糖或淀粉)的粉末混合物。粉末組合物可以以單位劑型提供，例如作為膠嚢、藥筒(cartridge),凝膠(gelatin)或發(fā)泡包(blisterpack)，借助吸入器或吹入器，可由上述劑型施用所述粉末。其它的制劑包含可釋放治療劑的可植入裝置及粘性貼片(adhesivepatches)。需要時(shí)，可以采用適于緩釋活性成分的上述制劑。藥物組合物中還可以含有其它活性成分，諸如抗微生物劑，免疫抑制劑和/或防腐劑。應(yīng)當(dāng)理解除上述具體提及的成分外，本發(fā)明的制劑可含有本
技術(shù)領(lǐng)域：
對(duì)于所述制劑類型常規(guī)的其它試劑，例如適于口服給藥的制劑可以含有調(diào)味劑。優(yōu)選的單位劑型制劑含有如下述有效量的有效成分或其適宜的部分。對(duì)于前述的各種情況，可以以約0.1-約250mg/kg每天的劑量范圍口服或通過注射施用所述組合物，例如多肽和有機(jī)化合物。成人的劑量范圍通常為約5mg-約17.5g/天，優(yōu)選為約5mg-約10g/天，更優(yōu)選為約100mg-約3g/天。片劑或其它以分散單元提供的單位劑型可適宜地含有以這樣的劑量或者作為多個(gè)這樣的劑量有效的量，例如含有約5mg-約500mg，更通常為約100mg-約500mg。所用劑量依賴于多種因素，包括受試者的年齡和性別，治療的確切疾患及其嚴(yán)重程度。此外，施用途徑也依賴于病癥及其嚴(yán)重程度而變化。然而無論怎樣，本領(lǐng)域技術(shù)人員都能在考慮上述因素的基礎(chǔ)上常規(guī)地計(jì)算出合適的最佳劑量。下面的實(shí)施例中記載了本發(fā)明的實(shí)施方式，這些實(shí)施例并不意圖限制權(quán)利要求書中記載的本發(fā)明的范圍。下面的實(shí)施例例將對(duì)在SCLC細(xì)胞中差異表達(dá)的基因的鑒定及表征進(jìn)行說明。實(shí)施例材料與方法細(xì)月包系本實(shí)施例中使用的人SCLC細(xì)胞系如下DMS114,DMS273,SBC-3,SBC-5，NCI-H196和NCI-H446。所有的細(xì)胞均在添加了10%胎牛血清(FCS)的合適的培養(yǎng)基中進(jìn)行單層培養(yǎng)，并于37。C,在含5。/。C02的濕潤空氣的氣氛中維持?；颊呒敖M織樣品晚期SCLC組織樣品(IV期)是在知情同意(informedconsent)的情況下由死者材料(post-mortemmaterial)(15個(gè)個(gè)體)獲得的。本研究及全部臨床材料的使用均經(jīng)各自機(jī)構(gòu)倫理委員會(huì)認(rèn)可。全部癌組織均經(jīng)病理學(xué)學(xué)者確認(rèn)為組織學(xué)意義上的SCLC。患者生活型(patientprofile)得自醫(yī)療記錄。病理學(xué)階,殳才艮據(jù)UnionInternationaleContreleCancer的分類(TravisWDWa/"WorldHealthOrganizationInternationalHistologicalclassificationoftumours1999)確定。臨床階段才艮據(jù)由VeteransAdministrationLungStudyGroup(ZelenM，(1973)CancerChemotherRep3.;4:31-42)引入的分期系統(tǒng)確定。15個(gè)病例中的14例接受過化學(xué)療法治療。全部樣品立即冷凍，包埋在TissueTekOCT介質(zhì)(Sakura，Tokyo,Japan)中，于-80。C保存直到用于微陣列分析。激光微束顯微解剖、RNA提取和基于T7的RNA擴(kuò)增采用激光微束顯微解剖從保存的樣品中選擇性地采集癌細(xì)胞(KakiuchiS&a/"HumMolGenet2004;-13(24):3029畫43&MolCancerRes.2003;l(7):485-99)。為了檢查RNA的品質(zhì)，將由各病例的殘留組織提取的總RNA在變性(degenerative)瓊脂糖凝膠上進(jìn)行電泳，通過核糖體RNA條帶的存在確認(rèn)了其品質(zhì)。按先前的描述(KakiuchiSWa/.，(2004)HumMolGenet.;13:3029-43&(2003)MolCancerRes.2003;l:485-99)進(jìn)行了總RNA提取和基于T7的RNA擴(kuò)增。作為對(duì)照探針，采用同樣方法擴(kuò)增了正常人肺的poly(A)RNA(CLONTECH);將2.5嗎等份的從各癌性組織和對(duì)照擴(kuò)增出的RNA(aRNA)在Cy5-dCTP和Cy3-dCTP的存在下分別進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。cDNA孩i陣列在本分析中使用了"全基因組"(genomewide)cDNA微陣列系統(tǒng)，其包含從美國國立生物技術(shù)信息中心(NCBI)的UniGene數(shù)據(jù)庫中選出的32256種cDNA。按先前的描述進(jìn)行了微陣列制備、雜交、洗滌和信號(hào)強(qiáng)度^r測(cè)(KikuchiTWa/.，(2003)Oncogene.;22:2192-205，KakiuchiSWa/.，(2004)HumMolGenet;13:3029-43&(2003)MolCancerRes.;1:485-99,OchiKWa/.，(2004)IntJOncol.;24:647-55.)。數(shù)據(jù)分析對(duì)來自32256個(gè)點(diǎn)的Cy3和Cy5的信號(hào)強(qiáng)度進(jìn)行定量，并利用ArrayVision軟件(ImagingResearch,Inc.,St.Catharines,Ontario,Canada)通過替換背景來分析信號(hào)。隨后，調(diào)整各靶標(biāo)點(diǎn)(targetspot)的Cy5(腫瘤)和Cy3(對(duì)照)的熒光強(qiáng)度以使陣列上52個(gè)持家基因的平均Cy5/Cy3比等于1。因?yàn)橛傻托盘?hào)強(qiáng)度獲得的數(shù)據(jù)的可信度低，因此如前所述(KakiuchiS"a/.,(2003)MolCancerRes.;l:485-99)規(guī)定了各載玻片的截留值(cutoffvalue),如果Cy3和Cy5兩種染料產(chǎn)生的信號(hào)強(qiáng)度均低于截留值，則在進(jìn)一步的分析中排除該基因。對(duì)于其它基因，我們使用各樣品的原始數(shù)據(jù)計(jì)算出了Cy5/Cy3比。半定量RT-PCR我們選擇了高度上調(diào)基因，通過半定量RT-PCR實(shí)驗(yàn)考察了^^們的表達(dá)水平。使用隨機(jī)引物(Roche)和SuperscriptII(Invitrogen)將來自各樣品的總共3pgaRNA的等分試樣逆轉(zhuǎn)錄為單鏈cDNA。對(duì)各cDNA混合物進(jìn)行了稀釋，以進(jìn)行其后的PCR擴(kuò)增，所述PCR擴(kuò)增使用為與靶標(biāo)DNA或(3-肌動(dòng)蛋白(^CT8)特異性反應(yīng)而制備的引物組(表1)。使用^CT5的表達(dá)作為內(nèi)部對(duì)照。PCR反應(yīng)中循環(huán)數(shù)經(jīng)過了優(yōu)化，以確保的產(chǎn)物強(qiáng)度(productintensity)在線性擴(kuò)增階段內(nèi)。表l半定量RT-PCR用引物序列<table>tableseeoriginaldocumentpage60</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage61</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage62</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage63</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage64</column></row><table>選擇的neo盒一起克隆到該基因特異性序列(來自靶轉(zhuǎn)錄物的19個(gè)核苷酸的序列，通過短間隔區(qū)TTCAAGAGA與該序列的反向互補(bǔ)鏈相分隔)的上游。用于RNAi的合成寡核苷酸的靶序列如下對(duì)照1(螢光素酶(LUC):尸/7o""^滎光素酶基因)，5，-CGTACGCGGAATACTTCGA-3，(SEQIDNO:163);對(duì)照2(亂序(SCR):編碼5S和16SrRNA的葉綠體小眼蟲(Euglenagracilis)基因)，5，隱GCGCGCTTTGTAGGATTCG畫3，(SEQIDNO:167);si隱ZIC5，5'-TCAAGCAGGAGCTCATCTG-3'(SEQIDNO:171)。插入序列如下LUC對(duì)照CGTACG(SEQIDNO:164)，和CGTACG(SEQIDNO:165);SCR對(duì)照TCCCGCGCGCTTTGTAGGATTCGTTCAAGAGACGAATCCTACAAAGCGCGC(SEQIDNO:168),和GCGCGC(SEQIDNO:169);ZIC5:GCTTGA(SEQIDNO:172),和AAAATCAAGCAGGAGCTCATCTGTCTCTTGAACAGATGAGCTCCTGCTTGA(SEQIDNO:173)。將LC319細(xì)胞接種于10-cm皿(1.5xl(^細(xì)胞/皿)，按生產(chǎn)商的說明書使用Lipofectamine2000(Invitrogen)使用包含LUC、SCR和ZIC5的靶序列的psiHlBX載體進(jìn)行了轉(zhuǎn)染。將細(xì)胞在含1mg/ml遺傳霉素(Invitrogen)的培養(yǎng)基中進(jìn)行7天選擇，4天后回收細(xì)胞，通過RT-PCR分析考察各基因的敲低效果。這些RT-PCR的引物與前述的引物相同。溫育7天后，用Giemsa溶液對(duì)轉(zhuǎn)染細(xì)胞進(jìn)行染色以評(píng)價(jià)集落形成，通過3-(4，5-二曱基噻唑-2-基)-2，5-二苯基溴化四唑(MTT)測(cè)定確定細(xì)胞數(shù)。聚類分析及區(qū)分SCLC與NSCLC(腺癌)的基因的鑒定我們對(duì)于基因和腫瘤均采用了等級(jí)聚類(hierarchicalclustering)法。為了獲得重現(xiàn)性的聚類用于15例SCLC和一個(gè)62例NSCLC(20例早期ADC、15例早期SCC和27例晚期ADC)樣品的獨(dú)立群體的分類，我們從它們中選擇了這樣的基因在80%的實(shí)驗(yàn)中可以為它們獲得有效數(shù)據(jù)，且它們的表達(dá)比變化的標(biāo)準(zhǔn)差超過1.7;其中，上述62例NSCLC樣品先前已經(jīng)使用包含我們現(xiàn)有微陣列系統(tǒng)中32256種基因的子集(27648種基因)的cDNA微陣列進(jìn)行了分析(數(shù)據(jù)得自KikuchiT，"a/.,(2003)Oncogene22:2192-205.;KakiuchiS,a(2004)HumMolGenet13:3029-43的數(shù)據(jù)，以及我們關(guān)于同一35例早期SCLC群組中的4608種基因表達(dá)的未發(fā)表數(shù)據(jù))。本分析使用由M.Eisen(http:〃rana.lbl.gov/index.htm)編寫的、可從互聯(lián)網(wǎng)獲得的軟件("Cluster"和"TreeView")(BallCA,etal"NucleicAcidsRes.2005;33(Databaseissue):D580-2，GollubJ,Wa/.，NucleicAcidsRes.2003;31(l):94-6，SherlockG,"a/.，NucleicAcidsRes.2001;29(l):152-5)。在應(yīng)用聚類算法之前，我們對(duì)各點(diǎn)的熒光比進(jìn)行了對(duì)數(shù)變換(logtransform),并對(duì)各樣品的數(shù)據(jù)進(jìn)行了中值中心化(median-center)以排除實(shí)驗(yàn)偏差。結(jié)果使用LMM分離SCLC細(xì)胞為了獲得SCLC細(xì)胞的準(zhǔn)確表達(dá)模式，我們使用了LMM以避免樣品中混入非癌性細(xì)胞。圖l顯示了顯微解剖前(A、B)、顯微解剖后(C、D)的兩個(gè)代表性癌癥，以及經(jīng)解剖的癌細(xì)胞(E、F)的顯微鏡圖像。SCLC中普遍下調(diào)/上調(diào)的基因的鑒定我們根據(jù)以下標(biāo)準(zhǔn)鑒定了SCLC中普遍下調(diào)/上調(diào)的基因(1)在超過50%(15個(gè)病例中的至少8個(gè))的受檢癌癥中，我們可以獲得其表達(dá)數(shù)據(jù)；并且(2)在至少50%的信息病例中，其在SCLC中的表達(dá)比超過5.0或不足0.2。SCLC中普遍下調(diào)的總共776種基因列于表2,普遍上調(diào)的779種基因列于表3。其中，83種基因通過半定量RT-PCR(圖2A)和/或Northern印跡分析(圖3)確認(rèn)了它們肺瘤和正常組織中的表達(dá)圖式。為了在蛋白水平進(jìn)一步證實(shí)這些數(shù)據(jù)，我們利用A6636(SCAMP5)或A0245(CDC20)的抗體，使用成對(duì)的(paired)肺瘤組織切片和正常組織切片進(jìn)行了免疫組織化學(xué)分析(圖2B)。經(jīng)確認(rèn)這兩種蛋白在SCLC中均大量表達(dá)，但在正常的肺中基本上無法檢出。Z/C5小干擾RNA對(duì)LC319細(xì)胞生長的效應(yīng)我們構(gòu)建了特異性針對(duì)在肺癌中高度表達(dá)的ZJC5的序列的siRNA表達(dá)載體，并將它們轉(zhuǎn)染到內(nèi)源性表達(dá)高水平Z/C5mRNA的LC319細(xì)胞中。當(dāng)我們使用si-27C5構(gòu)建體時(shí)，通過RT-PCR確認(rèn)了敲低效果(圖4A)。使用LC319的集落形成測(cè)定(圖4B)和MTT測(cè)定(圖4C)發(fā)現(xiàn)，轉(zhuǎn)染了si-ZIC5的細(xì)胞的數(shù)量急劇減少。表2SCLC中下調(diào)的基因<table>tableseeoriginaldocumentpage67</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage68</column></row><table>編號(hào)LMMIDGenBankID符號(hào)基因名41A5937BC028315GABARAPL1GABA(A)受體相關(guān)蛋白樣142A0417L03840FGFR4成纖維細(xì)胞生長因子受體443A0657U37283MFAP5微原纖維關(guān)聯(lián)蛋白544A0765BC004102ALDH3A1醛脫氬酶3家族，成員Al45A0878L13288VIPR1血管活性腸肽受體146A1387BC038588AEBP1AE結(jié)合蛋白147A1414畫001855COU5A1膠原，XV型，alpha148A1516U24488TNXB生腱蛋白XB49A1815麗002664PLEK普列克底物蛋白(Pleckstrin)50A1951AL833268MEF2CMADS框轉(zhuǎn)錄增強(qiáng)因子2,多肽C(肌細(xì)胞增強(qiáng)因子2C)51A2049BC062358IG腿免疫球蛋白重鏈恒定區(qū)mu52A2487D10923GPR109BG蛋白偶聯(lián)受體109B53A2811X00570APOC1載脂蛋白C-I54A2747NM004347CASP5胱天蛋白酶5，凋亡相關(guān)的半胱氨酸蛋白酶55A3250BC066956VIM波形蛋白56A3333AK223210CD79BCD79B抗原(免疫球蛋白相關(guān)的beta)57A3360畫031850AGTR1血管緊張素n受體，i型58A3154BC012160TNFRSF7肺瘤壞死因子受體超家族，成員759A3429M28696FCGR2BIgG的Fc片段，低親和力lib,受體(CD32)60A3631麗005908MANBA甘露糖香酶，betaA,溶酶體的61A6250NM—006144GZMA粒酶A(粒酶1,細(xì)胞毒T-淋巴細(xì)胞相關(guān)的絲氨酸酯酶3)62A3829NM002182IL1RAP白細(xì)胞介素1受體輔助蛋白63A4440畫182643DLC1在肝癌中缺失164A4579L29394HP觸珠蛋白65A4234AI079183IFI30干擾素，gamma誘導(dǎo)型蛋白3066A4641J02854MYL9肌球蛋白，輕鏈多肽9,調(diào)節(jié)性67A4890Ml6973C8B補(bǔ)體組分8，beta多肽編號(hào)LMMIDGenBankID符號(hào)基因名68A5154畫004120GBP2鳥苷酸結(jié)合蛋白2,干擾素誘導(dǎo)型69A5991BX537522FLJ3術(shù)7微弱地類似于鋅指蛋白19570A0212M77349TGFBI轉(zhuǎn)化生長因子，beta誘導(dǎo)的，68kDa71A0571X64652RBMS1RNA結(jié)合模體，單鏈的相互作用性蛋白172A1032M87790IGLC2免疫球蛋白lambda可變區(qū)3-2173A1455M58603NFKB1B細(xì)胞中kappa輕鏈多肽基因增強(qiáng)子的核因子1(pi05)74A2202A廳016RAMP3受體(降鉤素)活性修飾蛋白375A2408CR590167CD74CD74抗原(主要組織相容性復(fù)合物的不變多肽，n類抗原相關(guān))76A2467AF035752CAV2窖蛋白277A2182CR749540C1R補(bǔ)體組分1,r亞組分78A2418M96789GJA4間隙連接蛋白，alpha4,37kDa(連接蛋白37)79A2530CA310505APOD載脂蛋白D80A2644BC062476ADH1C醇脫氫酶1C(I類)，gamma多肽8A2852X83006LCN2脂籠蛋白2(癌基因24p3)82A3044BC092518IGHG3免疫球蛋白重鏈恒定區(qū)mu83A2802CR592117CASP1胱天蛋白酶l,凋亡相關(guān)的半胱氨酸蛋白酶(白細(xì)胞介素1,beta,轉(zhuǎn)化酶)84A2972X72475HRVFab027-VL85A3214XI7042PRG1蛋白聚糖1，分泌顆粒86A3324BC057792CA4碳酸酐酶IV87A3412NM000552VWFVonWillebrand因子88A3875BC025717CCRL2趨化因子(C-C模體)受體樣289A4601BCO16758H(XS1造血細(xì)胞特異性Lyn底物190A0084BC075838LAMB3層粘連蛋白，beta391A0694M91211AGER高度糖基化終產(chǎn)物特異性受體92A0970BX648382SLASrc樣-銜接頭(adaptor)93A0593NM002290LAMA4層粘連蛋白，alpha4<table>tableseeoriginaldocumentpage71</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage72</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage73</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage74</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage75</column></row><table>膜)氨肽酶(氨肽酶N,氨肽酶M,微粒體氨肽酶，CD13,pl50)216A3027M28827CD1CCD1C抗原，c多肽<table>tableseeoriginaldocumentpage76</column></row><table>編號(hào)LMMIDGenBankID符號(hào)基因名242A2822BQ015859CSTA抑半胱氨酸蛋白酶蛋白A(stefinA)243A3073NM—002192INHBA抑制素，betaA(激活素A,激活素ABalpha多肽)244A3338M93056SERP誰l絲氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制劑，分化體B(卵清蛋白)，成員1245A3127D29642ARHGAP25RhoGTP酶活化蛋白25246A3288BU626950TIMP1金屬蛋白酶的組織抑制劑1(紅系增能活性(erythroidpotentiatingactivity),膠原酶抑制劑)247A3730AB191261FN1纖連蛋白1248A6251M25460IFNB1干擾素，betal,成纖維細(xì)胞249A4111BC033040SLC1A1溶質(zhì)栽體蛋白家族l(神經(jīng)元/上皮高親和力谷氨酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，系統(tǒng)Xag)，成員1250A3738畫—002332LRP1低密度脂蛋白相關(guān)蛋白1(alpha-2-巨球蛋白受體)251A4202BC053578GSTA1谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶Al252A0184NM—000426LAMA2層粘連蛋白，alpha2(分區(qū)蛋白，先天性肌萎縮癥)253A0611BC037236DUSP6雙特異性磷酸酶6254A0931顧001774CD37CD37抗原255A1496NM000104CYP1B1細(xì)胞色素P450,家族l,亞家族B,多肽l256A1739J02761SFTPB表面活性劑，肺相關(guān)蛋白B257A2534M21119LYZ溶菌酶(腎淀粉樣變)258A3079J04599BGN雙糖鏈蛋白聚糖259A3416BC033583CD2CD2抗原(p50),綿羊紅細(xì)胞受體260A4608NM001814CTSC組織蛋白酶C261A4794AF064493LDB2LIM域結(jié)合2262A4830NM004557NOTCH4刻缺蛋白同源物4(果蠅)263A5083AK125193LIPA脂肪酶A,溶酶體酸，膽固醇酯酶(Wolman病)264A56卯AB028952SYNPO突觸足蛋白<table>tableseeoriginaldocumentpage78</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage79</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage80</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage81</column></row><table>編號(hào)LMMIDGenBankID符號(hào)基因名366A8744NM001233CAV2窖蛋白2367B4206CR594594STK17B絲氨酸/蘇氨酸激酶17b(凋亡-誘導(dǎo)的)368A2257NBC052998DDR2網(wǎng)柄菌凝素域受體家族，成員2369A3161NCR597101ZFP36鋅指蛋白36，C3H型，同源物(小鼠)370A3496BC028129HK3己糖激酶3(白細(xì)胞)371B4130BC059394LYNV-yes-l山口肉瘤(Yamaguchisarcoma)病毒相關(guān)的癌基因同源物372B4750NM004665VNN2血管非炎性蛋白2373B5421AA648414MS4A1跨膜4-域，亞家族A，成員1374B5842NAF545852MK2S4蛋白激酶底物MK2S4375B6305H03606NPLN-唾液酸丙酮酸裂合酶(二氫吡啶二羧酸合酶)376B7289NAF146761SLAMF8SLAM家族成員8377A1871N畫198235RNASE1核糖核酸酶，RNA酶A家族，1(胰腺的)378A2547NBMO17946S100A10S100鈣結(jié)合蛋白A10(膜聯(lián)蛋白II配體，依鈣蛋白I,輕鏈多肽(pll))379A4385NBC03卯31IL1R2白細(xì)胞介素1受體，II型380A0560N畫000618IGF1胰島素樣生長因子1(促生長因子C)381A3439NBM994174HBB血紅蛋白，beta382A7760NBC047390ARID5A富AT的相互作用域5A(MRF1樣)383B3893AY549722ITLN1Intelectin1(呋喃型半乳糖結(jié)合的)384B4440AB040120SLC39A8溶質(zhì)栽體蛋白家族39(鋅轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白)，成員8385B4597AK125090CDNAFLJ43100fis，克隆CTONG2003100386B7122AA480009DEPDC2含DEP域2387B2559CA426475HBE1血紅蛋白，印silon1388B4852NBC010954CX(XIO趨化因子(C-X-C模體)配體10389B5372BM995690YME1L1YME1樣1(釀酒酵母(S.cerevisiae))390B5699NM033515ARHGAP18RhoGTP酶活化蛋白18391B6688NM—003042SLC6A1溶質(zhì)載體蛋白家族6(神經(jīng)遞質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，GABA),成員1<table>tableseeoriginaldocumentpage83</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage84</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage85</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage86</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage87</column></row><table>編號(hào)LMMIDGenBankID符號(hào)基因名517C8846AL023657SH2D1ASH2域蛋白1A,鄧肯病(淋巴組織增生綜合征)518C9305AI080640AGR2前梯度(Anteriorgradient)2同源物(非洲爪蛙(Xenopuslaevis))519C9513AA094308MK2S4蛋白激酶底物MK2S4520C1412BX648776MSRB3曱辟L氨酸亞砜還原酶B3521CI603BQ446275HBD血紅蛋白，delta522CI660NM001001927MTUS1線粒體胂瘤抑制物1523C4979BC091497HLA-B主要組織相容性復(fù)合物，I類，B524C8228AK124641CXCX12趨化因子(C-X-C模體)配體12(基質(zhì)細(xì)胞來源的因子1)525C7997J03565CR2補(bǔ)體組分(3d/EpsteinBarr病毒)受體2526C8052U28977CASP4胱天蛋白酶4，凋亡相關(guān)的半胱氨酸蛋白酶527C8345NM006889CD86CD86抗原(CD28抗原配體2，B7-2抗原)528D0735AA740582被轉(zhuǎn)錄的座位529D1185AA451886CYP1B1細(xì)胞色素P450,家族l,亞家族B,多肽l530D1274BF435815MRNA;cDNADKFZp56400862(來自克隆DKFZp56400862)531C1019NM024997ATF7IP2活化轉(zhuǎn)錄因子7相互作用性蛋白2532C5025AA931221被轉(zhuǎn)錄的座位，強(qiáng)烈地類似于XP_531118.1PREDICTED:假設(shè)蛋白XP_531118[黑猩猩(Pantroglodytes)]533C7138BM678096TNAC-型凝集素域家族3，成員B534C7879NM000688ALAS1氨基酮戊酸，delta-，合酶l535C0629H16793C8orf4染色體8可讀框4536CI604AA044381537C4459NM—012276ILT7白細(xì)胞免疫球蛋白樣受體，亞家族A(無TM域)，成員4538C5014AI185804FN1纖連蛋白1539C5174AL832259LOC284749假設(shè)蛋白LOC284749<table>tableseeoriginaldocumentpage89</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage90</column></row><table>編號(hào)LMMIDGenBankID符號(hào)基因名589D8933BX538309MAMDC2含MAM域2590E0289AK098225R-spondin很可能為小鼠頂板特異性spondin的直向同源物591E0644畫000610CD44CD44抗原(歸巢功能和Indian血型系統(tǒng))592El622畫001753CAV1窖蛋白1，胞膜窖蛋白，22kDa593D3086AK123160MGC24133假設(shè)蛋白MGC24133594D3831AW978852被轉(zhuǎn)錄的座位595D4744AW504569被轉(zhuǎn)錄的座位，中度類似于XP—522527.1PREDICTED:類似于心室中表達(dá)的肉堿缺陷相關(guān)基因1[黑猩猩(Pantroglodytes)]596D5083BM673802ACE血管緊張素I轉(zhuǎn)化酶(肽基-二肽酶A)1597D8527CR613409CA2碳酸酐酶II598D9397BX360819KJSEC3IQ模體和Sec7域3599D3194AA634405被轉(zhuǎn)錄的座位，微弱地類似于NP—908973.1環(huán)指蛋白29同種型1;肌肉特異性環(huán)指2[人]600D4050C06094LRAP白細(xì)胞來源的精氨酸氨肽酶601D4885AI139813類似于多囊蛋白l樣3602D4980AA919126MHC2TAMHCII類反式激活蛋白603D7349AI016360FLJ40873假設(shè)蛋白FLJ40873604D8515畫002345LUM腔蛋白聚糖605D1767BC014357CCND2細(xì)胞周期蛋白D2606D6360NM021233DNASE2B脫氧核糖核酸酶IIbeta607D92卯麗022153PP2135染色體10可讀框54608E0706AW298180MMP7基質(zhì)金屬蛋白酶7(基質(zhì)溶解因子(matrilysin)，子宮的)609E0716BG012035NPC2Niemann-Pick病,C2型610D4128NM173060CAST鈣蛋白酶抑制蛋白611D4189W93113WNT2無翅型MMTV整合位點(diǎn)家族成員2612D4428BM992880NF1神經(jīng)纖維瘤蛋白1(神經(jīng)纖維瘤病，von<table>tableseeoriginaldocumentpage92</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage93</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage94</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage95</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage96</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage97</column></row><table>編號(hào)LMMIDGenBankID符號(hào)基因名765F6698麗001295CCR1趨化因子(C-C模體)受體1766G2317AL512703767F1371AJ271684CXECSF5C-型凝集素域家族5，成員A768G3132AL713738IL7R白細(xì)胞介素7受體769G3911AK097866CDH4鈣黏著蛋白4,型1,R-鈣黏著蛋白(視網(wǎng)膜的)770G6001H87471KYNU犬尿氨酸酶(L-犬尿氨酸水解酶)771G8416CR626671TFPI組織因子途徑抑制劑(脂蛋白相關(guān)的凝固抑制劑)772F0889AK022052EPHA6EPH受體A6773G1752AL390176FP6778774G2698CA306377ALOX5AP花生四烯酸5-脂加氧酶-活化蛋白775G3001雨003956CH25H膽固醇25-羥化酶776G8762AA778816CD36CD36抗原(膠原I型受體，血小^反反應(yīng)蛋白受體)表3SCLC中的上調(diào)基因編號(hào)LMM1DGenBankID付"T777A0289U46838MCM6MCM6微型染色體維持缺陷的6(MIS5同源物，粟酒裂殖酵母(S.pombe))(酉良酒酵母)778A0692X57548CDH2鈣黏著蛋白2,l型，N-鉤黏著蛋白(神經(jīng)元)779A0627NM一003185TAF4TAF4RNA聚合酶II,TATA框結(jié)合蛋白(TBP)相關(guān)的因子，135kDa780A0777M58583CBLN1小腦肽1前體781A1957U20979CHAF1A染色質(zhì)裝配因子l，亞基A(pl50)782A2361NM一003362UNG尿嗜咬-DNA糖基化酶783A6175AI967994LOC8薩外切核酸酶NEF-sp784A2955BM921123TFF3三葉因子3(腸)785A3526BQ423966RQCD1細(xì)胞分化所需的RCD11同源物(粟酒裂殖酵母)編號(hào)LMMIDGenBankID符號(hào)基因名786A3565L10678PFN2肌動(dòng)蛋白抑制蛋白2787A3700U87864NEURL神經(jīng)化的樣(果蠅)788A4513Z21488CNTN1接觸蛋白1789A4616A則7669FANCG范科尼貧血，互補(bǔ)群G790A4831D83017NEIX1NEL樣1(雞)791A5243AF070541LOC2842444艮設(shè)蛋白LOC284244792A5313BM462481KIF1A驅(qū)動(dòng)蛋白家族成員1A793A5821AI671006DKFZP564B167DKFZP564B167蛋白794AO167NM一0017卯CDC25C細(xì)胞分裂周期25C795A0238U01828MAP2微管相關(guān)蛋白2796A0748M76180DDC多巴脫羧酶(芳族L-氨基酸脫羧酶)797A6111NM—018105THAP1含THAP域，凋亡相關(guān)的蛋白1798A0833BC021085SORD山梨糖醇脫氫酶799A1286AF034633GPR39G蛋白偶聯(lián)受體39800A1589U97188IMP-3IGF-IImRNA-結(jié)合蛋白3801A1294BC041382CAPON神經(jīng)元氧化氮4、酶的C末端PDZ域配體802A2466AJ223728CDC45LCDC45細(xì)胞分裂周期45樣(酉良酒酵母)803A2755BCO11262PHGDH磷酸甘油酸脫氫酶804A3315BQ876913NPY神經(jīng)肽Y805A6223AF456477MAPT微管相關(guān)蛋白tau806A3477NM—000920PC丙酮酸羧化酶807A3717U93869POLR3F聚合酶(RNA)III(針對(duì)DNA的)多肽F,39kDa808A4024AK091336STMN2Stathmin樣2809A4873BC017723MAGEA4黑素瘤抗原家族A,4810A5324AI357641CDKN2C細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶抑制劑2C(pl8,抑制CDK4)811A6102R71596被轉(zhuǎn)錄的座位812A0547NM—001527HDAC2組蛋白脫乙酰酶2<table>tableseeoriginaldocumentpage100</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage101</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage102</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage103</column></row><table>編號(hào)LMMIDGenBankID符號(hào)基因名917A4383Z97029RNASEH2A核糖核酸酶H2,大亞基918A4417BC025381CUJU簇蛋白樣1(視網(wǎng)膜的)919A5207CA422300MAC30假設(shè)蛋白MAC30920A5157AF027153EST921A5579R41754KIAA1906KIAA1906蛋白922A5696BC050464MGC16824食管癌相關(guān)的蛋白923A0207M73812CCNE1細(xì)胞周期蛋白El924A0724NM一001520GTF3C1通用轉(zhuǎn)錄因子IIIC,多肽1,alpha220kDa925A1257BC006992RAD51AP1RAD51相關(guān)的蛋白1926A1641NM—002968SALL1Sal樣1(果蠅)927A簡U腿8ETV4Ets變體基因4(E1A增強(qiáng)子結(jié)合蛋白，E1AF)928A6152XM—376018KIAA1644KIAA1644蛋白929A2498L11932S畫T2絲氨酸羥甲基轉(zhuǎn)移酶2(線粒體的)930A2448AF010314ENC1外胚層-神經(jīng)皮質(zhì)(具有BTB樣域)931A2996U11287G腿2B谷氨酸受體，親離子型，N-甲基D-天冬氨酸2B932A4021D38081EST933A4563J04088TOP2A拓樸異構(gòu)酶(DNA)IIalpha170kDa934A4849NM—000555DCX雙重皮質(zhì)(doublecortex);無腦回，X連鎖(雙重皮質(zhì)激素(doublecortin))935A4946NM—005284GPR6G蛋白偶聯(lián)受體6936A5400AK122818BTBD11含BTB(POZ)域11937A6073AI290541CDNAFLJ11723fis,克隆HEMBA1005314938A5918BX648117ZNF6鋅指蛋白6(CMPX1)939A1787U30872CENPF著絲粒蛋白F,350M00ka(核分裂激素)940A1995Ml4745BCL2B-細(xì)胞CLL/'淋巴瘤2941A4259BC073991EN01烯醇化酶1,(alpha)942A4807AJ001515RYR3蘭諾定(Ryanodine)受體3943A4814NM—004209SYNGR3突觸循環(huán)蛋白3<table>tableseeoriginaldocumentpage105</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage106</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage107</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage108</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage109</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage110</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage111</column></row><table>編號(hào)LMMIDGenBankID符號(hào)基因名1120B8902AI280015FLJ25555假設(shè)蛋白FLJ255551121B9303AK129960LOC92558假設(shè)蛋白LOC925581122B3010BX537920SENP1SUMOl/sentrin特異性蛋白酶11123B3732BC014851LFNG狂熱(Lunaticfringe)同源物(果蠅)1124B3942AA191573SYNJ2突觸小泡磷酸酶21125B3971AF290612NUSAP1核仁和紡錘體相關(guān)的蛋白i1126B4030AK055793C20orfl29染色體20可讀框1291127B5434NNM一152329PPIL5肽酰脯氨酰異構(gòu)酶(親環(huán)蛋白)樣51128B5992NM一003045SLC7A1溶質(zhì)載體蛋白家族7(陽離子氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，y+系統(tǒng))，成員11129B8059BC011000CDCA5細(xì)胞分裂周期相關(guān)51130B8234AF070632克隆24405mRNA序列1131B9542AA001410DKFZP434I2117具有序列類似性的家族57，成員B1132B9855F10439EST1133A0907NNM—016083CNR1大麻素受體1(腦的)1134A2515XI6396MTHFD2亞曱基四氫葉酸脫氫酶(NADP+依賴性)2,次曱基四氫葉酸環(huán)化水解酶1135A6857NBC015152MGC33584假設(shè)蛋白MGC335841136B3950AK023245FLJ21144假設(shè)蛋白FLJ211441137B3876BG354581CDCA8細(xì)胞分裂周期相關(guān)81138B4587AB096683MGC57827類似于RIKENcDNA2700049P18基因1139B5013T90472TBC1D7TBC1域家族，成員71140B5281BC050525USP1遍在蛋白特異性蛋白酶l1141B6647XM一350880PPM1H蛋白質(zhì)磷酸酶1H(含PP2C域)1142B6柳AW968496PAX5成對(duì)框基因5(B-細(xì)胞譜系特異性活化物)1143B7367CR616479AMACRAlpha-曱基?；?CoA消旋酶1144B7889NAB051529DISP2Dispatched同源物2(果蠅)1145A4045NBE538546PMCH原-黑色素-濃縮'激素(pro-melanin-concentrating<table>tableseeoriginaldocumentpage113</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage114</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage115</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage116</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage117</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage118</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage119</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage120</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage121</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage122</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage123</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage124</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage125</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage126</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage127</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage128</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage129</column></row><table>與NSCLC相比在SCLC中差異表達(dá)的上調(diào)基因的鑒定為了鑒定表征SCLC的性質(zhì)并將其與NSCLC的區(qū)別開來的基因，我們比較了15例晚期SCLC病例與先前使用相同cDNA微陣列系統(tǒng)獲得的35例早期NSCLC(ADC和SCC)和27例晚期NSCLC(ADC)(P期；IIIB或IV)(KakiuchiSetal.,HumMolGenet.2004;13(24):3029-43，KikuchiTetal.,Oncogene2003;22:2192-2205)的表達(dá)模式(圖5A)。由于對(duì)所述62個(gè)NSCLC樣品已經(jīng)就我們現(xiàn)有微陣列系統(tǒng)上32256種基因中一個(gè)亞群(27648種基因)進(jìn)行了分析，因此，我們分析了該27648種基因的一個(gè)亞群，該亞群在超過80。/。的受^r病例中可獲得有效值。并且，我們排除了觀察到的標(biāo)準(zhǔn)差小于1.7的基因。對(duì)通過了該截留濾器(cut-offfilter)的475種基因進(jìn)行了進(jìn)一步分析。在圖5A的樣品軸(橫軸)上，將來自77個(gè)病例的81個(gè)樣品(為了證實(shí)我們的實(shí)驗(yàn)方法的重現(xiàn)性和可信性，其中的4個(gè)病例進(jìn)行了重復(fù)試驗(yàn))基于它們的表達(dá)模式聚類為兩大組。圖5上部所示的樹狀圖顯示了各個(gè)病例之間表達(dá)圖式上的相似性。樹枝越短相似性越大。在獨(dú)立實(shí)^r中^^皮標(biāo)記和雜交的四個(gè)重復(fù)的病例(No.13，20,K91和LC12)聚類于同一組中最接近的位置(圖5B)。點(diǎn)樣于載玻片上不同位置的相同基因也被聚類于鄰近的列中(圖5B)。這些結(jié)果支持我們的實(shí)驗(yàn)方法具有高重現(xiàn)性和可信性。在77例病例中，15例SCLC被聚類于一個(gè)大組中，20例早期ADC、15例SCC和27例晚期ADC被聚類于單獨(dú)的組中。這清楚地表明，SCLC與NSCLC顯示出具有不同的基因表達(dá)模式，這些表達(dá)模式反映了它們?cè)诓∫驅(qū)W和臨床病理學(xué)性質(zhì)上的差異。在本分析中，我們獲得了在SCLC中大量表達(dá)的34種基因，它們中的一些基因揭示了的特定神經(jīng)元功能(例如神經(jīng)發(fā)生和神經(jīng)保護(hù))的特征(圖5A，5B中的聚類-1;表4;即D尸KSZ2,^CW尸等)。表4與NSCLC相比在SCLC中上調(diào)的基因編號(hào)LMMIDGenBankID符號(hào)基因名1556AI341170P10-結(jié)合蛋白1557AA788924C5補(bǔ)體組分51558AL365454愿W胰島素受體1559AK054999CDNAFLJ30437fis，克隆BRACE20090451560A簡242轉(zhuǎn)錄因子CP2樣11561雨—172164崩S尸核自身抗原性精子蛋白(組蛋白結(jié)合)1562NM—001609?；?輔酶A脫氬酶，短的/支鏈1563NM一O15458MTM砂Myotubularin相關(guān)蛋白91564AA058578尸丄刀柳5CDNAFLJ34585fis，克隆KIDNE20087581565AA921341溶血磷脂酰甘油?；D(zhuǎn)移酶11566CA503163活性依賴性神經(jīng)保護(hù)蛋白1567BC042688W咖RAS,地塞米+>-誘導(dǎo)的11568AK096960RAD1同源物(粟酒裂殖酵母)1569AL832815跨膜蛋白30A1570CR596214異源核核糖核蛋白AO1571BQ016211假設(shè)蛋白FLJ101541572BX647115二氫嘧啶酶樣21573AL137572染色體1可讀框241574NM—133265贏orAngiomotin1575AA602499糖皮質(zhì)激素誘導(dǎo)轉(zhuǎn)錄物11576U337497777^/甲狀腺轉(zhuǎn)錄因子11577BQ002875/^柳聚(ADP-核糖)聚合酶家族，成員81578AK124953類似于假設(shè)蛋白FLJ361441579NM—033632F-框和WD-40域蛋白7(群島(archipelago)同源物，果蠅)1580AK096344假設(shè)蛋白FLJ35220<table>tableseeoriginaldocumentpage131</column></row><table>抗化療性相關(guān)基因的鑒定對(duì)癌癥治療而言，抗化療性是一個(gè)主要阻礙，而在從特定化學(xué)治療失敗的患者獲得的癌細(xì)胞中鑒定普遍上調(diào)的基因，則是理解抗化療性的機(jī)理、建立克服該問題的癌癥新療法有效途徑之一。我們獲得了68種基因，它們?cè)趶目够熜苑伟┗颊攉@得的晚期SCLC和晚期ADC中均大量表達(dá)(圖5A、C的聚類2，表5)"抗化療性肺癌患者，，指接受過一次或多次化療治療(盡管對(duì)這些患者所提供化學(xué)治療方案不同)的、存活或死亡的肺癌患者。它們中某些是公知的轉(zhuǎn)錄因子和/或基因表達(dá)調(diào)控因子，包括7^F兄、r尸CP2丄4、戶//尸20、丄7\^04、rCF20、iF^2禾口Z)XFZp547/04S。而且，表中還示出了一些編碼核香酸結(jié)合蛋白的基因，包括C9or/76,￡/ffi>3和G/M4尸4。進(jìn)一步，我們鑒定了作為抗化療性肺癌的治療靶標(biāo)的候選基因，與化療敏感性肺癌相比，這些候選基因在晚期SCLC中特異性上調(diào)(表6)。上述抗化療性肺癌相關(guān)基因是選擇如下基因而獲得的確定晚期SCLC和晚期NSCLC(表5)或晚期SCLC(表6)中的基因表達(dá)水平，并選擇其表達(dá)水平與化療敏感性肺癌中的對(duì)照表達(dá)水平相比有所增加的基因。對(duì)照表達(dá)水平可以參照已知的化學(xué)治療敏感性肺癌表達(dá)模式而獲得，也可以用從化療敏感性肺癌患者制備的對(duì)照樣品作為模板同時(shí)確定。<table>tableseeoriginaldocumentpage132</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage133</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage134</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage135</table討論肺癌是世界范圍內(nèi)最為常見的癌癥。對(duì)于所有SCLC患者而言，化學(xué)治療仍然是治療的核心要件，不論疾病階段(LD或ED)或表現(xiàn)狀態(tài)如何。對(duì)于LD，與單獨(dú)的化學(xué)治療相比，配合放射線治療可以改善生存率。通常，SCLC最初對(duì)化學(xué)治療和放射治療是敏感的，但這種響應(yīng)卻很少能夠持續(xù)。令人失望的是，大部分SCLC患者均復(fù)發(fā)高度抗治療性病情，患者最終結(jié)果4艮差，其5年生存率不足10%。因此，亟需開發(fā)纟全測(cè)原發(fā)癌癥和/或復(fù)發(fā)的早期階段的新診斷工具、包含基于小分子和抗體的方案的分子靶標(biāo)化學(xué)療法和以癌特異性抗原為靶標(biāo)的新免疫療法。因而，SCLC基因表達(dá)模式是甄別藥物耙標(biāo)的第一步。為了分析SCLC的基因表達(dá)模式，我們使用了包含32256種cDNA的全基因組cDNA微陣列。激光^f效束顯微解剖技術(shù)的出現(xiàn)大大改善了由間隙組織分離癌細(xì)胞的能力。據(jù)估計(jì)，采用本方法時(shí)，周圍非癌性細(xì)胞的混入率不到0.3%(YanagawaR"a/"(2001)Neoplasia.;3:395-401,Kakiuchia/"(2004)HumMolGenet.;13:3029-43&(2003)MolCancerRes.;1:485-99)，這與該數(shù)據(jù)表示高純度SCLC細(xì)胞群體的表達(dá)模式的結(jié)論相一致。我們構(gòu)建了關(guān)于在SCLC中差異表達(dá)的基因群的詳細(xì)全基因組數(shù)據(jù)庫。至今為止，我們鑒定了在癌癥中特異性上調(diào)的779種候選基因作為腫瘤標(biāo)志或治療靶標(biāo)(參照表3)。這些上調(diào)基因顯示了各種功能，包括神經(jīng)內(nèi)分泌功能相關(guān)基因或癌-睪丸抗原或編碼腫瘤胎兒抗原的基因，以及細(xì)胞生長、增殖、生存和轉(zhuǎn)化的重要基因。這些基因編碼具有各種功能的蛋白，包括跨膜型/分泌型蛋白、癌-睪丸抗原或編碼腫瘤胎兒抗原，以及細(xì)胞粘著、細(xì)胞骨架結(jié)構(gòu)、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)和細(xì)胞增殖的重要蛋白。它們中某些可以用作診斷/預(yù)后標(biāo)志，以及用作治療肺癌的新分子靶向藥物或免疫療法之開發(fā)的治療靶標(biāo)。腫瘤特異性的跨膜型/分泌型蛋白展示在細(xì)胞表面，這使得它們作為分子標(biāo)記和治療靶標(biāo)容易接近，因此是非常有利的。現(xiàn)在可以獲得的一些腫瘤特異性標(biāo)記，包括CYFRA或Pro-GRP,是跨膜型/分泌型蛋白(MiyakeY,"a/"(1994)CancerRes.;54:2136-斗0.;PujolJL，"a/"(1993)CancerRes.;53:61-6.)。rituximab(Rituxan)——種針對(duì)CD20陽性淋巴腫瘤的嵌合單克隆抗體一的例子證實(shí)了下述理念以特定細(xì)胞表面蛋白為靶標(biāo)可以使我們獲得巨大的臨床利益(HennessyBT，"a/.，(2004)LancetOncol.;5:341-53.)。另一方面，在目前鑒定的腫瘤抗原中，癌-睪丸抗原(CTA)是一群非常引人注意的癌疫苗靶標(biāo)。雖然其它因素，例如蛋白在體內(nèi)的免疫原性也是重要的，并且還需要進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)，但我們的候選基因中實(shí)際上包含TSGA14等公知的CTA。使用該表達(dá)模式進(jìn)行進(jìn)一步的研究，一定可以鑒定出新的CTA，作為SCLC的免疫治療的良好靶標(biāo)。這些靶標(biāo)可以用作診斷/預(yù)后標(biāo)志，及作為治療肺癌的新分子靶向藥物或開發(fā)免疫療法的治療靶標(biāo)。在上調(diào)基因中，我們選擇了83種基因用半定量RT-PCR加以證實(shí)，并確認(rèn)了它們的癌癥特異性表達(dá)(圖2A)。我們還發(fā)現(xiàn)正如northern印跡分析和siRNA實(shí)驗(yàn)所證實(shí)的那樣，鑒定為上調(diào)基因的Z/C5(編碼SEQIDNO:176的SEQIDNO:175)是在絕大部分SCLC中活化的癌-睪丸抗原，其在細(xì)胞的生長/生存中發(fā)揮核心作用。該基因編碼具有5個(gè)C2H2ZNF域的663個(gè)氨基酸的蛋白。在結(jié)構(gòu)上，該分子是核酸結(jié)合型鋅離子結(jié)合蛋白。在目前已鑒定的腫瘤抗原中，對(duì)癌疫苗而言，癌-睪丸抗原是一群非常引人注意的癌疫苗靶標(biāo)。雖然其它因素，例如該蛋白在體內(nèi)的免疫原性也是重要的，并且還需要進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)，但ZIC5是適合免疫療法的良好靶標(biāo)，同時(shí)也是適合新抗癌藥開發(fā)的良好靶標(biāo)。為了改善臨床晚期或末期癌癥患者的治療，抗化療性是我們需要克服的臨床上非常重要的問題。我們認(rèn)為，我們從15例尸檢樣本和經(jīng)化療的晚期ADC獲得的基因表達(dá)模式(圖5A,5C的聚類2;表5),反映了具有獲得性化學(xué)治療抗性的晚期肺癌的特征。通過這些亞群的無監(jiān)督聚類分析(unsupervisedclusteranalysis)鑒定'了上調(diào)基因，其中包括公知具有轉(zhuǎn)錄因子活性的7MF5丄、7FC尸2W、尸//尸20、丄M04、rCF20和^FZ2。據(jù)才艮道，一些轉(zhuǎn)錄因子與獲得性抗化療性有關(guān)。例如，與多種細(xì)胞過程相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子NF-kappaB的組成性活化，似乎可支持癌細(xì)胞的生存，并減少對(duì)于化學(xué)治療藥物的敏感性(ArltA&SchaferH.(2002)IntJClinPharmacolTher.;40:336-47.)。另一方面，本列表中的一些基因包含C9or/76,五/7D3和G/M4/M，這三者已被發(fā)現(xiàn)與核苷酸結(jié)合。已知一些DNA結(jié)合蛋白在DNA修復(fù)過程中擔(dān)負(fù)著重要任務(wù)，因此上面所示的基因還在DNA修復(fù)中具有某些功能，有可能增強(qiáng)抗化療性。該組中的基因的進(jìn)一步分析對(duì)于針對(duì)抗化療性腫瘤的新療法的開發(fā)是重要的。'肺的神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤包括從高度分化(典型的類癌)到中度分化(非典型癌)的神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤，或高浸潤性的低分化病灶(大細(xì)胞神經(jīng)內(nèi)分泌癌(LCNECO)及SCLC)。一般認(rèn)為，SCLC是肺的主要神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤，其引起一些富)J月中瘤性神經(jīng)內(nèi)分泌綜合征(paraneoplasticneuroendocrinesyndromes)。這些綜合征在SCLC患者中表現(xiàn)出不同的臨床癥狀。上調(diào)的基因中包括一些與神經(jīng)內(nèi)分泌功能有關(guān)的基因，例如胰島素瘤相關(guān)基因1(insulinoma-associated1/A/5M7)，嗜鉻粒蛋白A(曱狀旁腺分泌蛋白1;和achaete-scute復(fù)合物樣1(果蠅；ASC"),這些進(jìn)一步支持了SCLC與神經(jīng)內(nèi)分泌綜合征在分子水平密切相關(guān)的觀點(diǎn)。我們的基因列表中還包含了一些與惡病質(zhì)等癌癥相關(guān)綜合征有關(guān)的基因?？偟膩碚f，我們的與LMM系統(tǒng)組合的cDNA微陣列分析，闡明了上調(diào)基因所涉及的SCLC的最全面的基因表達(dá)模式，這些上調(diào)基因編碼具有細(xì)胞周期/生長及信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)功能的蛋白、或具有未知功能的產(chǎn)物、以及跨膜型/分泌型蛋白及CTA。進(jìn)一步使用動(dòng)物模型分析，將縮小可能的肺癌治療靶標(biāo)和診斷靶標(biāo)的范圍。人癌癥和正常器官組織的綜合基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫與siRNA的聯(lián)合使用，不僅用于27C5等候選基因的選擇，還為個(gè)人化治療的靶分子的迅速鑒定和進(jìn)一步評(píng)估提供了強(qiáng)有力的策略。工業(yè)實(shí)用性本文中描述的小細(xì)胞肺癌的基因表達(dá)分析是通過激光捕獲解剖(laser-capturedissection)和全基因組cDNA微陣列的組合獲得的，利用該基因表達(dá)分析鑒定了特定基因作為治療和預(yù)防癌癥的靶標(biāo)。基于這些差異表達(dá)基因中的一個(gè)亞群的表達(dá)，本發(fā)明提供用于鑒定和檢測(cè)小細(xì)胞肺癌的分子診斷標(biāo)志。本文中所述的方法還用于鑒定其它用來預(yù)防、診斷和治療小細(xì)胞肺癌的分子靶標(biāo)。本發(fā)明中報(bào)導(dǎo)的數(shù)據(jù)增加了對(duì)小細(xì)胞肺癌的全面理解，促進(jìn)新型診斷策略的開發(fā)，提供用于鑒定治療藥物和預(yù)防藥物的分子靶標(biāo)的線索。這樣的信息有助于對(duì)膀胱腫瘤發(fā)生的更深的理解，為開發(fā)用于診斷、治療和最終預(yù)防d、細(xì)胞肺癌的新戰(zhàn)略提供了指示。本發(fā)明人還提示，特異性以ZIC5基因?yàn)榘袠?biāo)的小干擾RNA(siRNA)可以抑制細(xì)胞生長。因而，對(duì)抗癌藥物開發(fā)而言，這些新的siRNA是有用的靶標(biāo)。例如，阻斷ZIC5的表達(dá)或抑制其活性的藥物具有作為抗癌劑的治療用途，具體而言是作為治療肺癌包括小細(xì)胞肺癌的抗癌劑的治療用途。進(jìn)一步，對(duì)隨機(jī)置換檢驗(yàn)鑒定的34種基因的表達(dá)數(shù)據(jù)應(yīng)用了聚類算法，簡便地區(qū)分了肺癌的兩種主要組織類型即非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)和SCLC。這些數(shù)據(jù)為鑒定針對(duì)此類癌癥的新診斷系統(tǒng)和治療靶標(biāo)分子提供了有價(jià)值的信息。對(duì)于小細(xì)胞肺癌和非小細(xì)胞肺癌，肺癌的化學(xué)治療是完全不同的。因而，為了確定肺癌的治療策略，識(shí)別SCLC與NSCLC是重要的。但是，傳統(tǒng)的病理組織學(xué)診斷方法要求識(shí)別它們的專門技術(shù)。因此，本發(fā)明中鑒定的基因在肺癌的治療中是非常有用的。本發(fā)明還提供鑒定的抗化療性肺癌相關(guān)基因或SCLC相關(guān)基因。這些基因在抗化療性肺癌或SCLC中是上調(diào)的。因而，抗化療性肺癌或SCLC可以使用這些基因的表達(dá)水平作為診斷標(biāo)志進(jìn)行預(yù)測(cè)。其結(jié)果，可以避免無效化學(xué)治療產(chǎn)生的任何不良作用，而選擇更適合且有效的治療策略。本文？1證并入本文提及的所有專利、專利申請(qǐng)和出版物的全部內(nèi)容。另外，盡管已經(jīng)詳細(xì)地并且參考本發(fā)明的具體實(shí)施方案描述了本發(fā)明，其優(yōu)選實(shí)施方案。通過常規(guī)的實(shí)驗(yàn)，本領(lǐng)域技術(shù)人員將容易地認(rèn)識(shí)到，可對(duì)本發(fā)明進(jìn)行各種變化和修飾而不背離本發(fā)明的精神和范圍。因此，本發(fā)明并不意欲受到上述說明的限定，而由如下權(quán)利要求及其等同物限定。權(quán)利要求1.一種診斷受試者中的小細(xì)胞肺癌或小細(xì)胞肺癌發(fā)病傾向性的方法，該方法包括測(cè)定來自該受試者的生物樣品中小細(xì)胞肺癌相關(guān)基因的表達(dá)水平，其中，該樣品中表達(dá)水平與該基因的正常對(duì)照水平相比增加或減少表明該受試者患有小細(xì)胞肺癌或存在發(fā)生小細(xì)胞肺癌的危險(xiǎn)。2.權(quán)利要求1所述的方法，其中所述小細(xì)胞肺癌相關(guān)基因選自SCLCNos.777-1555所示基因，且其中所述樣品中的表達(dá)水平與正常對(duì)照水平相比增加表明該受試者患有小細(xì)胞肺癌或存在發(fā)生小細(xì)胞肺癌的危險(xiǎn)。3.權(quán)利要求2所述的方法，其中所述樣品表達(dá)水平比所述正常對(duì)照水平高至少10%。4.權(quán)利要求1所述的方法，其中所述小細(xì)胞肺癌相關(guān)基因選自SCLCNos.l-776所示基因，且其中所述樣品表達(dá)水平與正常對(duì)照水平相比減少表明該受試者患有小細(xì)胞肺癌或存在發(fā)生小細(xì)胞肺癌的危險(xiǎn)。5.權(quán)利要求4所述的方法，其中所述樣品表達(dá)水平比所述正常對(duì)照水平低至少10%。6.權(quán)利要求l所述的方法，其中該方法還包括測(cè)定多個(gè)小細(xì)胞肺癌相關(guān)基因的表達(dá)水平。7.權(quán)利要求1所述的方法，其中基因表達(dá)水平用選自下組的方法測(cè)定(a)檢測(cè)小細(xì)胞肺癌相關(guān)基因的mRNA;(b)檢測(cè)小細(xì)胞肺癌相關(guān)基因編碼的蛋白；以及(c)檢測(cè)小細(xì)胞肺癌相關(guān)基因編碼的蛋白的生物活性。8.權(quán)利要求7所述的方法，其中所述檢測(cè)在DNA陣列上進(jìn)行。9.權(quán)利要求l所述的方法，其中所述生物樣品包含上皮細(xì)胞。10.權(quán)利要求l所述的方法，其中所述生物樣品包含小細(xì)胞肺癌細(xì)胞。11.權(quán)利要求1所述的方法，其中所述生物樣品包含來自小細(xì)胞肺癌細(xì)胞的上皮細(xì)胞。12.—種小細(xì)胞肺癌參照表達(dá)模式，其包含選自SCLCNos.l-1555所示基因中兩個(gè)以上小細(xì)胞肺癌相關(guān)基因的基因表達(dá)圖式。13.—種小細(xì)胞肺癌參照表達(dá)^f莫式，其包含選自SCLCNos.l-776所示基因中兩個(gè)以上小細(xì)胞肺癌相關(guān)基因的基因表達(dá)圖式。14.一種小細(xì)胞肺癌參照表達(dá)沖莫式，其包含選自SCLCNos.777-1555所示基因中兩個(gè)以上小細(xì)胞肺癌相關(guān)基因的基因表達(dá)圖式。15.—種篩選用于治療或預(yù)防小細(xì)胞肺癌的化合物的方法，該方法包括下列步驟(a)使受試化合物與選自SCLCNos.l-1555所示基因的多核苷酸編碼的多肽接觸；(b)檢測(cè)所述多肽與受試化合物之間的結(jié)合活性；以及(c)選擇與所述多肽結(jié)合的受試化合物。16.篩選用于治療或預(yù)防小細(xì)胞肺癌的化合物的方法，該方法包括下列步驟(a)使候選化合物與表達(dá)一種或多種標(biāo)志基因的細(xì)胞接觸，其中所述一種或多種標(biāo)志基因選自SCLCNos.l-1555所示基因；以及(b)選擇下述候選化合物與沒有該候選化合物時(shí)檢測(cè)到的表達(dá)水平相比，所述候選化合物降低選自SCLCNos.777-1555所示基因的一種或多種標(biāo)志基因的表達(dá)水平，或提高選自SCLCNos.l-776所示基因的一種或多種標(biāo)志基因的表達(dá)水平。17.權(quán)利要求16所述的方法，其中所述細(xì)胞包括小細(xì)胞肺癌細(xì)胞。18.—種篩選用于治療或預(yù)防小細(xì)胞肺癌的化合物的方法，該方法包括下列步驟(a)使受試化合物與選自SCLCNos.l-1555所示基因的多核苷酸編碼的多肽接觸；(b)檢測(cè)步驟(a)的多肽的生物活性；以及(c)選擇下述受試化合物與沒有該受試化合物時(shí)檢測(cè)到的所述多肽的生物活性相比，所述受試化合物抑制選自SCLCNos.777-1555所示基因的多核香酸編碼的多肽的生物活性，或者，與沒有該受試化合物時(shí)檢測(cè)到的所述多肽的生物活性相比，所述受試化合物增強(qiáng)選自SCLCNos.l-776所示基因的多核芬酸編碼的多肽的生物活性。19.篩選用于治療或預(yù)防小細(xì)胞肺癌的化合物的方法，該方法包括下列步驟(a)使候選化合物與導(dǎo)入了載體的細(xì)胞接觸，所述載體含有一種或多種標(biāo)志基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)以及在所述轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)控制下表達(dá)的報(bào)道基因，其中所述一種或多種標(biāo)志基因選自SCLCNos.1-1555所示基因；(b)測(cè)定所述報(bào)道基因的表達(dá)或活性；以及(c)選擇下述候選化合物與沒有該受試化合物時(shí)檢出的所述報(bào)道基因的表達(dá)水平或活性水平相比，當(dāng)所述標(biāo)志基因是選自SCLCNos.777-1555所示基因的上調(diào)標(biāo)志基因時(shí)，所述候選化合物降低所述報(bào)道基因的表達(dá)或活性，或者，當(dāng)所述標(biāo)志基因是選自SCLCNos.l-776所示基因的下調(diào)標(biāo)志基因時(shí)，所述候選化合物提高所述報(bào)道基因的表達(dá)水平或活性水平。20.—種試劑盒，包含檢測(cè)試劑，其中所述檢測(cè)試劑與(a)選自SCLCNos.1-1555所示基因的2種以上核酸序列，或者與(b)由其編碼的多肽結(jié)合。21.—種陣列，其含有與選自SCLCNos.1-1555所示基因的l種或多種核酸序列結(jié)合的2種以上核酸。22.—種治療或預(yù)防受試者中的小細(xì)胞肺癌的方法，其包括對(duì)所述受試者施用反義組合物，其中所述反義組合物包含與選自SCLCNos.777-1555所示基因的編碼序列互補(bǔ)的核苷酸序列。23.—種治療或預(yù)防受試者中的小細(xì)胞肺癌的方法，其包括對(duì)所述受試者施用siRNA組合物，其中所述siRNA組合物減少選自SCLCNos.777-1555所示基因的核酸序列的表達(dá)。24.—種治療或預(yù)防受試者中的小細(xì)胞肺癌的方法，其包括對(duì)所述受試者施用藥學(xué)有效量的抗體或其免疫學(xué)活性片段的步驟，其中，所述抗體或其免疫學(xué)活性片段與由選自SCLCNos.777-1555所示基因的任一基因編碼的蛋白結(jié)合。25.—種治療或預(yù)防受試者中的小細(xì)胞肺癌的方法，其包括對(duì)所述受試者施用疫苗，所述疫苗包含(a)由選自SCLCNos.777-1555所示基因的核酸編碼的多肽；(b)所述多肽的免疫學(xué)活性片段；或(c)編碼所述多肽的多核苷酸。26.—種誘導(dǎo)抗腫瘤免疫的方法，所述方法包括使抗原呈遞細(xì)胞與多肽、編碼該多肽的多核苷酸或者含有該多核苷酸的載體接觸的步驟，其中，所述多肽是選自SCLCNos.777-1555所示基因的基因所編碼的多肽或其片段。27.權(quán)利要求26的誘導(dǎo)抗腫瘤免疫的方法，所述方法進(jìn)一步包括對(duì)受試者施用抗原呈遞細(xì)胞的步驟。28.—種治療或預(yù)防受試者中的小細(xì)胞肺癌的方法，所述方法包括施用根據(jù)權(quán)利要求15-19中任一項(xiàng)的方法獲得的化合物的步驟。29.—種治療或預(yù)防受試者中的小細(xì)胞肺癌的方法，其包括對(duì)所述受試者施用藥學(xué)有效量的藥物，所述藥物含有(a)選自SCLCNos.l-776所示基因的多核苷酸，或者(b)由該多核苷酸編碼的多肽。30.—種治療或預(yù)防小細(xì)胞肺癌的組合物，所述組合物含有藥學(xué)有效量的反義多核苷酸或siRNA,所述反義多核苷酸或siRNA針對(duì)選自SCLCNos.777-1555所示基因的多核香酸。31.—種治療或預(yù)防小細(xì)胞肺癌的組合物，所述組合物含有藥學(xué)有效量的抗體或其片段，所述抗體或其片段與由選自SCLCNos.777-1555所示基因的基因編碼的蛋白結(jié)合。32.—種治療或預(yù)防小細(xì)胞肺癌的組合物，所述組合物含有藥學(xué)有效量的通過權(quán)利要求15-19中任一項(xiàng)的方法選擇的化合物作為有效成分，和藥學(xué)可接受的載體。33.—種區(qū)別小細(xì)胞肺癌和非小細(xì)胞肺癌的方法，該方法包括以下步驟(a)檢測(cè)采集自待診斷受試者的標(biāo)本中一種或多種標(biāo)志基因的表達(dá)水平，其中所述一種或多種標(biāo)志基因選自SCLCNos.l556-1589所示基因；(b)將所述一種或多種標(biāo)志基因的表達(dá)水平與非小細(xì)胞肺癌的表達(dá)水平進(jìn)行比較，其中，與非小細(xì)胞肺癌相比，所述標(biāo)志基因的表達(dá)水平提高指示小細(xì)胞肺癌。34.—種治療或預(yù)防受試者中的小細(xì)胞肺癌的方法，其包括對(duì)所述受試者施用組合物，所述組合物含有抑制Z/C5的表達(dá)的小干擾RNA(siRNA)。35.權(quán)利要求34的方法，其中所述siRNA包含有義核酸序列和與來自Z/C5的序列特異性雜交的反義核酸序列。36.權(quán)利要求35的方法，其中所述siRNA包含對(duì)應(yīng)于由SEQIDNO:171構(gòu)成的序列的核糖核苷酸序列作為耙序列。37.權(quán)利要求36的方法，其中所述siRNA具有通式5，-[A]-[B]-[A，]-3，，式中[A]為對(duì)應(yīng)于由SEQIDNO:171所示核苷酸構(gòu)成的序列的核糖核苷酸序列，[B]為由3-23個(gè)核苷酸組成的核糖核普酸環(huán)序列，和[A，]為由[A]的互補(bǔ)序列組成的核糖核苷酸序列。38.權(quán)利要求34的方法，其中所述組合物包含轉(zhuǎn)染增強(qiáng)劑。39.—種雙鏈分子，包含有義鏈和反義鏈，其中所述有義鏈含有對(duì)應(yīng)于由SEQIDNO:171構(gòu)成的靶序列的核糖核苷酸序列，且其中所述反義鏈含有與所述有義鏈互補(bǔ)的核糖核苷酸序列，其中所述有義鏈和所述反義鏈相互雜交形成所述雙鏈分子；且其中將所述雙鏈分子導(dǎo)入表達(dá)Z/C5基因的細(xì)胞時(shí)，所述雙鏈分子抑制所述基因的表達(dá)。40.權(quán)利要求39的雙鏈分子，其中所述靶序列含有來自SEQIDNO:175所示核苷酸序列的至少約IO個(gè)連續(xù)的核苷酸。41.權(quán)利要求40的雙鏈分子，其中所述靶序列含有來自SEQIDNO:175所示核苷酸序列的約19~約25個(gè)連續(xù)的核苷酸。42.權(quán)利要求41的雙鏈分子，其中所述雙鏈分子為單一核糖核苷酸轉(zhuǎn)錄物，包含通過單鏈核糖核苷酸序列連接的有義鏈和反義鏈。43.權(quán)利要求40的雙鏈分子，其中所述雙鏈分子為長度少于約100個(gè)核苷酸的寡核苦酸。44.權(quán)利要求43的雙鏈分子，其中所述雙鏈分子為長度少于約75個(gè)核苷酸的寡核苷酸。45.權(quán)利要求44的雙鏈分子，其中所述雙鏈分子為長度少于約50個(gè)核苷酸的寡核苦酸。46.權(quán)利要求45的雙鏈分子，其中所述雙鏈分子為長度少于約25個(gè)核香酸的寡核苷酸。47.權(quán)利要求46的雙鏈寡核苷酸，其中所述雙鏈分子為長度約19約25個(gè)核普酸的寡核苦酸。48.—種載體，其編碼權(quán)利要求40的雙鏈分子。49.權(quán)利要求48的載體，其中該載體編碼具有二級(jí)結(jié)構(gòu)的轉(zhuǎn)錄物，并且包含有義鏈和反義鏈。50.權(quán)利要求49的載體，其中所述轉(zhuǎn)錄物進(jìn)一步包括連接所述有義鏈和所述反義鏈的單鏈核糖核苷酸序列。51.—種載體，其含有多核苷酸，所述多核苷酸包含有義鏈核酸和反義鏈核酸的組合，其中所述有義鏈核酸包含SEQIDNO:171所示核香酸序列，所述反義鏈核酸由與所述有義鏈互補(bǔ)的序列構(gòu)成。52.權(quán)利要求51的載體，其中所述多核普酸具有通式5，-[A]-[B]-[A，]-3',式中[A]為SEQIDNO:171所示的核香酸序列，[B]為由3-23個(gè)核苦酸組成的核苷酸序列，[A，]為與[A]互補(bǔ)的核苷酸序列。53.—種治療或預(yù)防小細(xì)胞肺癌的藥物組合物，其含有藥學(xué)有效量的抑制27C5表達(dá)的小干擾RNA(siRNA)作為活性成分，和藥學(xué)可接受的載體。54.權(quán)利要求53的藥物組合物，其中所述siRNA包含由SEQIDNO:171構(gòu)成的核苷酸序列作為靶序列。55.權(quán)利要求54的組合物，其中，所述siRNA具有通式5，-[A]-[B]-[A，]-3，，式中[A]為對(duì)應(yīng)于SEQIDNO:171所示核苷酸序列的核糖核香S吏序列，[B]為由3-23個(gè)核苷酸組成的核糖核香酸序列，和[A，]為與[A]互補(bǔ)的核糖核普酸序列。56.—種診斷受試者中抗化療性肺癌或抗化療性肺癌發(fā)病傾向性的方法，該方法包括測(cè)定來自患者的生物學(xué)樣品中選自表5所列基因的抗化療性肺癌相關(guān)基因的表達(dá)水平，其中，與該基因的對(duì)照水平相比，所述樣品表達(dá)水平增加表示所述受試者患有抗化療性肺癌或存在發(fā)生抗化療性肺癌的危險(xiǎn)。57.權(quán)利要求56的方法，其中所述樣品表達(dá)水平比所述對(duì)照水平高至少10%。58.權(quán)利要求56的方法，其中所述抗化療性肺癌為小細(xì)胞肺癌，所述抗化療性肺癌相關(guān)基因選自表6所列的基因。59.權(quán)利要求56的方法，其中該方法還包括測(cè)定多個(gè)抗化療性肺癌相關(guān)基因的表達(dá)水平.60.權(quán)利要求56的方法，其中所述基因表達(dá)水平用選自下組的方法測(cè)定(a)4企測(cè)抗化療性肺癌相關(guān)基因的mRNA，(b)檢測(cè)抗化療性肺癌相關(guān)基因編碼的蛋白，以及(c)檢測(cè)抗化療性肺癌相關(guān)基因編碼的蛋白的生物活性。61.權(quán)利要求60的方法，其中所述檢測(cè)在DNA陣列上進(jìn)行。62.權(quán)利要求56的方法，其中所述生物樣品包括肺癌細(xì)胞。63.權(quán)利要求56的方法，其中所述生物樣品包括來源于肺癌細(xì)胞的上皮細(xì)胞。64.—種抗化療性肺癌參照表達(dá)模式，其包含選自表5所列基因的兩種以上抗化療性肺癌相關(guān)基因的基因表達(dá)圖式。65.權(quán)利要求64的表達(dá)模式，其中所述抗化療性肺癌為小細(xì)胞肺癌，所述抗化療性肺癌相關(guān)基因選自表6所列的基因。66.—種篩選用于治療或預(yù)防抗化療性肺癌的化合物的方法，該方法包括下列步驟(a)使受試化合物與選自表5所列基因的多核苷酸編碼的多肽接觸；(b)檢測(cè)所述多肽與受試化合物之間的結(jié)合活性；以及(c)選擇與所述多肽結(jié)合的受試化合物。67.—種篩選用于治療或預(yù)防抗化療性肺癌的化合物的方法，該方法包括下列步驟(a)使候選化合物與表達(dá)一種或多種標(biāo)志基因的細(xì)胞接觸，所述一種或多種標(biāo)志基因選自表5所列的基因；(b)選擇下述候選化合物與沒有該候選化合物時(shí)檢測(cè)到的表達(dá)水平相比，所述候選化合物減少選自表5所列基因的一種或多種標(biāo)志基因的表達(dá)水平。68.權(quán)利要求67所述的方法，其中所述細(xì)胞包括抗化療性肺癌細(xì)胞。69.—種篩選用于治療或預(yù)防抗化療性肺癌的化合物的方法，該方法包括下列步驟(a)使受試化合物與選自表5所列基因的多核苷酸編碼的多肽接觸；(b)檢測(cè)步驟(a)的多肽的生物活性；以及(c)選擇下述受試化合物與沒有該受試化合物時(shí)檢測(cè)到的所述多肽的生物活性相比，所述受試化合物抑制選自表5所列基因的多核苷酸編碼之多肽的生物活性。70.—種篩選用于治療或預(yù)防抗化療性肺癌的化合物的方法，該方法包括下列步驟(a)使候選化合物與導(dǎo)入了載體的細(xì)胞接觸，所述載體含有一種或多種標(biāo)志基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)以及在所述轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)控制下表達(dá)的報(bào)道基因，其中，所述一種或多種標(biāo)志基因選自表5所列的基因；(b)測(cè)定所述報(bào)道基因的表達(dá)或活性；以及(c)選擇下述候選化合物與沒有該受試化合物時(shí)檢測(cè)到的所述報(bào)道基因的表達(dá)水平或活性水平相比，所述候選化合物減少所述報(bào)道基因的表達(dá)或活性。71.權(quán)利要求6670任一項(xiàng)的方法，其中，所述抗化療性肺癌為小細(xì)胞肺癌，所述抗化療性肺癌相關(guān)基因選自表6所列的基因。72.—種用于>^測(cè)抗化療性肺癌的試劑盒，該試劑盒包含^f全測(cè)試劑，所述檢測(cè)試劑與(a)選自表5所列基因的2種以上核酸序列，或者與(b)由其編碼的多肽結(jié)合。73.權(quán)利要求72的試劑盒，其中，所述抗化療性肺癌為小細(xì)胞肺癌，所述抗化療性肺癌相關(guān)基因選自表6所列的基因。74.—種用于檢測(cè)抗化療性肺癌的陣列，其含有與選自表5所列基因的1種或多種核酸序列結(jié)合的2種以上核酸。75.權(quán)利要求74的陣列，其中，所述抗化療性肺癌為小細(xì)胞肺癌，所述抗化療性肺癌相關(guān)基因選自表6所列的基因。76.—種治療或預(yù)防受試者中抗化療性肺癌的方法，其包括對(duì)所述受試者施用反義組合物，所述反義組合物包含與選自表5所列基因的編碼序列互補(bǔ)的核苷酸序列。77.—種治療或預(yù)防受試者中抗化療性肺癌的方法，其包括對(duì)所述受試者施用siRNA組合物，其中所述siRNA組合物減少選自表5所列基因的核酸序列的表達(dá)。78.—種治療或預(yù)防受試者中抗化療性肺癌的方法，包括對(duì)所述受試者施用藥學(xué)有效量的抗體或其免疫學(xué)活性片段的步驟，其中所述抗體或其免疫學(xué)活性片段與由選自表5所列基因的任一基因編碼的蛋白結(jié)合。79.—種治療或預(yù)防受試者中抗化療性肺癌的方法，其包括對(duì)所述受試者施用疫苗，其中所述疫苗包含(a)由選自表5所列基因的核酸編碼的多肽；(b)所述多肽的免疫學(xué)活性片段；或(c)編碼所述多肽的多核苦酸。80.—種誘導(dǎo)抗腫瘤免疫的方法，所述方法包括使抗原呈遞細(xì)胞與多肽、編碼該多肽的多核芬酸或者含有該多核苷酸的載體接觸，其中，所述多肽為由選自表5所列基因的基因編碼的多肽或其片段。81.權(quán)利要求80的誘導(dǎo)抗腫瘤免疫的方法，所述方法進(jìn)一步包括對(duì)受試者施用所述抗原呈遞細(xì)胞的步驟。82.權(quán)利要求7581任一項(xiàng)的方法，其中所述抗化療性肺癌為小細(xì)胞肺癌，所述抗化療性肺癌相關(guān)基因選自表6所列的基因。83.—種治療或預(yù)防受試者中抗化療性肺癌的方法，所述方法包括施用根據(jù)權(quán)利要求66~70中任一項(xiàng)的方法獲得的化合物的步驟。84.—種治療或預(yù)防受試者中抗化療性小細(xì)胞肺癌的方法，該方法包括施用通過權(quán)利要求71所述的方法獲得的化合物的步驟。85.—種治療或預(yù)防抗化療性肺癌的組合物，所述組合物含有藥學(xué)有效量的反義多核苷酸或siRNA，所述反義多核苷酸或siRNA針對(duì)選自表5所列基因的多核苷酸。86.—種治療或預(yù)防抗化療性肺癌的組合物，所述組合物含有藥學(xué)有效量的抗體或其片段，所述抗體或其片段與由選自表5所列基因的基因編碼的蛋白結(jié)合。87.權(quán)利要求85或86所述的組合物，其中所述抗化療性肺癌為小細(xì)胞肺癌，所述抗化療性肺癌相關(guān)基因選自表6所列的基因。88.—種治療或預(yù)防抗化療性肺癌的組合物，所述組合物含有藥學(xué)有效量的通過權(quán)利要求66-70中任一項(xiàng)的方法選擇的化合物作為活性成分，和藥學(xué)可接受的載體。89.—種治療或預(yù)防抗化療性肺癌的組合物，所述組合物含有藥學(xué)有效量的通過權(quán)利要求71的方法選擇的化合物作為活性成分，和藥學(xué)可接受的載體。全文摘要本發(fā)明公開了旨在檢測(cè)和診斷小細(xì)胞肺癌(SCLC)的客觀方法。在一個(gè)實(shí)施方案中，本診斷方法包括測(cè)定區(qū)分SCLC細(xì)胞與正常細(xì)胞的SCLC相關(guān)基因的表達(dá)水平的步驟。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本診斷方法包括測(cè)定區(qū)分肺癌的兩種主要組織類型即非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)和SCLC的SCLC相關(guān)基因的表達(dá)水平的步驟。最后，本發(fā)明提供用于小細(xì)胞肺癌治療的治療劑的篩選方法、小細(xì)胞肺癌的治療方法及為受試者進(jìn)行抗小細(xì)胞肺癌接種的方法。進(jìn)一步，本發(fā)明還提供抗化療性肺癌相關(guān)基因或SCLC相關(guān)基因作為抗化療性肺癌的診斷標(biāo)志和/或針對(duì)這些癌癥的治療劑的分子靶標(biāo)。這些基因在抗化療性肺癌或SCLC中是上調(diào)的。因而，抗化療性肺癌或SCLC可以以這些基因的表達(dá)水平作為診斷標(biāo)志進(jìn)行預(yù)測(cè)。結(jié)果，可以避免無效化學(xué)治療產(chǎn)生的任何有害作用，而選擇更為適合且有效的治療策略。文檔編號(hào)C12N15/113GK101283106SQ20068003574公開日2008年10月8日申請(qǐng)日期2006年7月26日優(yōu)先權(quán)日2005年7月27日發(fā)明者中村佑輔,中鶴修一,醍醐彌太郎申請(qǐng)人:腫瘤療法科學(xué)股份有限公司